前情提要: SPATA:基因集驅(qū)動(dòng)的空間轉(zhuǎn)錄組分析框架[http://www.itdecent.cn/p/81ce67b27529]enrichplot||基因富集結(jié)果可視...
單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析常用到建立trajectory和pseudoTime,擬時(shí)序分析可以用 Diffusion( Destiny R package) 給每個(gè)細(xì)胞添加注釋信息,如這...
SCENIC是一種基于單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)及其相關(guān)細(xì)胞狀態(tài)的工具 這里介紹的步驟方法是針對在R環(huán)境中(GENIE3),主要是GENIE3/GRNBoost...
本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程,參考了最新的文檔。第一全的還在路上,會(huì)出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號(hào)組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測序分析實(shí)戰(zhàn)班上,歡迎點(diǎn)擊鏈接了解更多。 WGC...
單細(xì)胞測序有著漫長的過去,卻只有短暫的歷史---誰說的! 說她漫長是因?yàn)榈饺缃褚灿惺畮啄甑臍v史了,說她段短暫是因?yàn)獒槍渭?xì)胞的分析工具越來越有意義開發(fā)周期卻越來越短。一般生物...
更新R 更新R包 更新所有R包如果用的是Rstudio,要更新library里所有包,一種方法是點(diǎn)擊Tools,選擇Check for Package Updates即可。 ...
在做10X單細(xì)胞免疫組庫分析的是往往是做一部分BCR、TCR做一部分5‘轉(zhuǎn)錄組,那么怎樣才能把兩者結(jié)合到一起呢? 今天我們嘗試用我們的趁手工具做一下整合分析。 首先是下載數(shù)據(jù)...
常見錯(cuò)誤: 說找不到Barcode文件,但明明存在Barcode: Error in Read10X() : Barcode file missing那很有可能是因?yàn)槿齻€(gè)10...
關(guān)于用getGEO下載數(shù)據(jù)后,會(huì)得到一個(gè)list,取出第一個(gè)列表中的元素后,再查看這第一個(gè)元素的數(shù)據(jù)類型后,發(fā)現(xiàn)他是一個(gè)對象("ExpressionSet"),然后我們就會(huì)用...
當(dāng)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)分析時(shí),會(huì)發(fā)現(xiàn)有兩種數(shù)據(jù)。一種被稱為芯片數(shù)據(jù)(Microarray data),另一種是下一代測序技術(shù)(NGS)得到的數(shù)據(jù)(eg,二代測序,三代測序)。 目...
在小丫畫圖交付的一個(gè)代碼項(xiàng)目中,需要先從XENA下載一個(gè)表達(dá)量數(shù)據(jù):https://toil.xenahubs.net/download/tcga_RSEM_gene_tpm...
什么是R? 廣義地定義,R是允許用戶編輯算法并使用其他可編程工具的一種計(jì)算機(jī)語言。借助R你可以編寫函數(shù),進(jìn)行計(jì)算,應(yīng)用很多可獲得的統(tǒng)計(jì)技術(shù),生成簡單或者復(fù)雜的圖形,甚至編寫你...
============================================寫在前面:可以參考另外一篇《得到差異基因后怎么做?[https://www.jians...
TCGA數(shù)據(jù)庫中含有的癌癥名稱,簡寫和中文名稱 Abbr英文名稱中文名稱ACCAdrenocortical carcinoma腎上腺皮質(zhì)癌BLCABladder Urothe...