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ReactomeGSA：高效的單細(xì)胞通路分析工具前情提要： SPATA：基因集驅(qū)動(dòng)的空間轉(zhuǎn)錄組分析框架[http://www.itdecent.cn/p/81ce67b27529]enrichplot||基因富集結(jié)果可視...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)擬時(shí)序分析-destiny單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析常用到建立trajectory和pseudoTime，擬時(shí)序分析可以用 Diffusion（ Destiny R package） 給每個(gè)細(xì)胞添加注釋信息，如這...
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SCENIC—Single Cell rEgulatory Network Inference and ClusteringSCENIC是一種基于單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)及其相關(guān)細(xì)胞狀態(tài)的工具 這里介紹的步驟方法是針對在R環(huán)境中（GENIE3），主要是GENIE3/GRNBoost...
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WGCNA分析，簡單全面的最新教程本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程，參考了最新的文檔。第一全的還在路上，會(huì)出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號(hào)組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測序分析實(shí)戰(zhàn)班上，歡迎點(diǎn)擊鏈接了解更多。 WGC...
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10X單細(xì)胞測序分析軟件:Cell ranger單細(xì)胞測序有著漫長的過去，卻只有短暫的歷史---誰說的！ 說她漫長是因?yàn)榈饺缃褚灿惺畮啄甑臍v史了，說她段短暫是因?yàn)獒槍渭?xì)胞的分析工具越來越有意義開發(fā)周期卻越來越短。一般生物...
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R及R包安裝、更新、卸載、刪除
更新R 更新R包 更新所有R包如果用的是Rstudio，要更新library里所有包，一種方法是點(diǎn)擊Tools，選擇Check for Package Updates即可。 ...
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單細(xì)胞免疫組庫數(shù)據(jù)分析||Seurat整合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組與VDJ數(shù)據(jù)在做10X單細(xì)胞免疫組庫分析的是往往是做一部分BCR、TCR做一部分5‘轉(zhuǎn)錄組，那么怎樣才能把兩者結(jié)合到一起呢？ 今天我們嘗試用我們的趁手工具做一下整合分析。 首先是下載數(shù)據(jù)...
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Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz
常見錯(cuò)誤： 說找不到Barcode文件，但明明存在Barcode： Error in Read10X() : Barcode file missing那很有可能是因?yàn)槿齻€(gè)10...
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GEO數(shù)據(jù)分析中exprs提取表達(dá)矩陣，pData提取臨床信息
關(guān)于用getGEO下載數(shù)據(jù)后，會(huì)得到一個(gè)list，取出第一個(gè)列表中的元素后，再查看這第一個(gè)元素的數(shù)據(jù)類型后，發(fā)現(xiàn)他是一個(gè)對象（"ExpressionSet"），然后我們就會(huì)用...
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轉(zhuǎn)錄組學(xué)基礎(chǔ)——什么是RNA-seq當(dāng)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)分析時(shí)，會(huì)發(fā)現(xiàn)有兩種數(shù)據(jù)。一種被稱為芯片數(shù)據(jù)（Microarray data)，另一種是下一代測序技術(shù)（NGS）得到的數(shù)據(jù)（eg，二代測序，三代測序）。 目...
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「R基礎(chǔ)」如何讀取大文件的部分內(nèi)容在小丫畫圖交付的一個(gè)代碼項(xiàng)目中，需要先從XENA下載一個(gè)表達(dá)量數(shù)據(jù):https://toil.xenahubs.net/download/tcga_RSEM_gene_tpm...
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【R】1.R語言初入門——什么是R？如何下載R？什么是R？ 廣義地定義，R是允許用戶編輯算法并使用其他可編程工具的一種計(jì)算機(jī)語言。借助R你可以編寫函數(shù)，進(jìn)行計(jì)算，應(yīng)用很多可獲得的統(tǒng)計(jì)技術(shù)，生成簡單或者復(fù)雜的圖形，甚至編寫你...
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RNA-seq(7): DEseq2篩選差異表達(dá)基因并注釋(bioMart)============================================寫在前面：可以參考另外一篇《得到差異基因后怎么做？[https://www.jians...
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TCGA / 癌癥簡稱 / 縮寫 / TCGA癌癥中英文對照
TCGA數(shù)據(jù)庫中含有的癌癥名稱，簡寫和中文名稱 Abbr英文名稱中文名稱ACCAdrenocortical carcinoma腎上腺皮質(zhì)癌BLCABladder Urothe...
