作者你好，我查看這個(gè)軟件的說(shuō)明文檔后發(fā)現(xiàn)，如果不確定該等位基因是衍生的還是祖先的時(shí)候，布爾值應(yīng)設(shè)為1。 幫助文檔原話：”Note that at this row we set folded to 1 because we were not sure whether the allele was derived or ancestral.“
Sweepfinder2 檢測(cè)正選擇信號(hào)SweepFinder2 使用一種基于Composite Likelihood Ratio (CLR)的方法來(lái)檢測(cè)正選擇。CLR 是一種統(tǒng)計(jì)量，通過(guò)比較基因組中特定區(qū)域的觀察...
關(guān)于該軟件的計(jì)算可選參數(shù)以及結(jié)果文件的解讀，見(jiàn)前三篇分享： 序列比對(duì)軟件 MUMmer 快速上手（一）[http://www.itdecent.cn/writer#/not...
R語(yǔ)言的主成分分析（PCA）詳解和帶聚類的PCA圖繪制 最近有個(gè)老師在整理文章數(shù)據(jù)，由于分組較多，想展示PCA圖，說(shuō)明不同分組的差異，公司默認(rèn)給出的PCA圖比較樸素，想做的好...
本文介紹的方法都是基于Extended Haplotype Homozygosity (EHH)概念，由SABETI 等人在 2002年提出。簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)，根據(jù)selective...
@一一_fa1c 不害意思哈，好久沒(méi)登陸啦~ 跑出來(lái)就行，棒！
Orthofinder運(yùn)行結(jié)果文件解讀OrthoFinder結(jié)果文件 運(yùn)行標(biāo)準(zhǔn)OrthoFinder會(huì)產(chǎn)生一系列文件：直系同源組、直系同源、基因樹(shù)、物種樹(shù)、基因復(fù)制事件、比較基因組學(xué)數(shù)據(jù)。結(jié)果文件在所分析物種的....
寫(xiě)在前面 前段時(shí)間，師姐讓爬取一些LncRNA的一些信息，具體在下面的網(wǎng)站中：LncBook：https://ngdc.cncb.ac.cn/lncbook/lncrnas[...
Processes 在Nextflow中，process 是執(zhí)行用戶腳本的基本處理primitive。 進(jìn)程定義以關(guān)鍵字 process開(kāi)始，接著是進(jìn)程名，最后是用花括號(hào)分隔...
Nextflow scripting Nextflow腳本語(yǔ)言是Groovy編程語(yǔ)言的擴(kuò)展。Groovy是用于Java虛擬機(jī)的強(qiáng)大編程語(yǔ)言。Nextflow語(yǔ)法專門(mén)用于以聲明...
基礎(chǔ)概念 Nextflow是一個(gè)響應(yīng)式工作流框架和編程DSL[https://en.wikipedia.org/wiki/Domain-specific_language]，...
系統(tǒng)要求 Nextflow可以用于任何POSIX兼容系統(tǒng)(Linux, OS X等)。它需要安裝Bash 3.2(或更高版本)和Java 8(或更高版本，最多15)。在計(jì)算機(jī)...
ffmpeg官網(wǎng)指路：https://ffmpeg.org/download.html[https://ffmpeg.org/download.html]
@major簡(jiǎn) 多謝多謝，問(wèn)題已經(jīng)解決了。兩個(gè)因素都會(huì)導(dǎo)致，一個(gè)是LAST的版本問(wèn)題（conda安裝的版本較老），另外一個(gè)就是文件格式了，這兩個(gè)我都碰上了??
「JCVI教程」如何繪制CNS級(jí)別的共線性圖（上）本教程借鑒https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version). 我們先從http://plants...
前言 首先，對(duì)3個(gè)R包進(jìn)行簡(jiǎn)單介紹。methylkit：用于高通量亞硫酸氫鹽測(cè)序的DNA甲基化分析和注釋的R包。該包的目的是處理RRBS以及WGBS的測(cè)序數(shù)據(jù)。此外，也可以處...
CpG CHG CHH含義p代表磷酸二酯鍵，CpG指的是甲基化的C的下游是1個(gè)G堿基。H代表除了G堿基之外的其他堿基，即A, C, T中的任意一種，CHG代表甲基化的C下游...
@Gabriel_0a3d 請(qǐng)問(wèn)你解決這個(gè)問(wèn)題了嗎？ValueError: A total of 0 anchor was found. Aborted.
「JCVI教程」如何繪制CNS級(jí)別的共線性圖（上）本教程借鑒https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version). 我們先從http://plants...
請(qǐng)問(wèn)解決了嗎？我也遇到這個(gè)情況了
「JCVI教程」如何繪制CNS級(jí)別的共線性圖（上）本教程借鑒https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version). 我們先從http://plants...
方法一 這個(gè)方法適合1個(gè)key對(duì)應(yīng)多個(gè)value的情況，也適合1個(gè)key對(duì)應(yīng)1個(gè)value的情況。簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)就是你的文檔有多列或者只有兩列數(shù)據(jù)。 方法二 這個(gè)方法僅適合1個(gè)ke...
