0.軟件的安裝略1.物種樹(shù)的構(gòu)建參見(jiàn) http://www.itdecent.cn/p/336b65ca1b67[http://www.itdecent.cn/p/336...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：江西
-
基因家族的收縮與擴(kuò)張 與 物種分歧時(shí)間的估計(jì)
-
使用wgd進(jìn)行全基因組復(fù)制分析這篇教程是我在2019年9月左右分析WGD時(shí)的筆記。目前來(lái)看，背景介紹和軟件使用說(shuō)明都基本沒(méi)啥問(wèn)題。但是現(xiàn)在更建議大家使用wgdi進(jìn)行比較基因組學(xué)中相關(guān)分析，教程見(jiàn)如何用WG...
-
基因結(jié)構(gòu)注釋?zhuān)?）：整合預(yù)測(cè)結(jié)果參考鏈接 如何對(duì)基因組進(jìn)行注釋[http://www.itdecent.cn/p/931e9821c45a] 從頭預(yù)測(cè)，同源注釋和轉(zhuǎn)錄組整合都會(huì)得到一個(gè)預(yù)測(cè)結(jié)果，相當(dāng)于收集...
-
基因結(jié)構(gòu)注釋?zhuān)?）：同源注釋同源預(yù)測(cè)(homology prediction)利用近緣物種已知基因進(jìn)行序列比對(duì)，找到同源序列。然后在同源序列的基礎(chǔ)上，根據(jù)基因信號(hào)如剪切信號(hào)、基因起始和終止密碼子對(duì)基因結(jié)...
-
如何對(duì)基因組序列進(jìn)行注釋基因組組裝完成后，或者是完成了草圖，就不可避免遇到一個(gè)問(wèn)題，需要對(duì)基因組序列進(jìn)行注釋。注釋之前首先得構(gòu)建基因模型，有三種策略： 從頭注釋(de novo prediction...
-
T2T基因組組裝（一）：Hifiasm ONT-only初步組裝
歡迎訪問(wèn)我的博客[https://yuntaobioinformatics.wordpress.com/]！https://yuntaobioinformatics.word...
-
修復(fù)eggNOGmapper的數(shù)據(jù)庫(kù)下載問(wèn)題
真的繃不住了要 正常來(lái)說(shuō)eggnog下載數(shù)據(jù)庫(kù)是使用download_eggnog_data.py，但是這個(gè)py里面是硬編碼的下載地址 然后下載地址換了，作者一直沒(méi)修復(fù)，gi...
-
修復(fù)Racon的Illegal instruction（非法指令）錯(cuò)誤
每天都能見(jiàn)到新的花樣的bug 用Racon進(jìn)行polish的時(shí)候直接在sh中提示非法指令 (genomics) tl5024@iyun50:~/genome/work$ ra...
-
AGAT處理基因組gff3/gtf文件
最近在對(duì)大型植物基因組進(jìn)行分析，36GB，最長(zhǎng)的染色體長(zhǎng)度為4.3GB 這樣的話，如果使用gffread將gff3文件轉(zhuǎn)換為gtf文件的話，將會(huì)出現(xiàn)負(fù)數(shù)坐標(biāo)的嚴(yán)重bug 結(jié)果...
-
WGCNA分析，簡(jiǎn)單全面的最新教程本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程，參考了最新的文檔。第一全的還在路上，會(huì)出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號(hào)組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析實(shí)戰(zhàn)班上，歡迎點(diǎn)擊鏈接了解更多。 WGC...
-
轉(zhuǎn)錄組分析：RNA-seq pipeline through kallisto or salmon
RNA-seq pipeline through kallisto or salmon kallisto 和salmon相比含有hisat2和STAR等軟的RNA-seq流程...
-
RNA-seq 分析流程（一）linux部分
基于miniconda3進(jìn)行l(wèi)inux部分分析,由于很多軟件是基于Python3.7寫(xiě)成的，建議使用Py3.7版本的miniconda3miniconda3安裝及注意事項(xiàng)見(jiàn)：...
-
生信 | 構(gòu)建物種的OrgDb寫(xiě)在前面 本文主要參考生信小白2018[http://www.itdecent.cn/p/bb4281e6604e]與多啦A夢(mèng)的時(shí)光機(jī)[https://www.jiansh...
-
超大型基因組的轉(zhuǎn)錄本提取
我說(shuō)真的，在我寫(xiě)這篇以前我從來(lái)沒(méi)有想過(guò)「提取轉(zhuǎn)錄本」這種東西有什么好寫(xiě)的 直到我遇到了百合，這個(gè)破事也能卡我一整天 1 失敗的嘗試 岷江百合（L. regale）的1號(hào)染色體...
-
【生信實(shí)戰(zhàn)】最詳細(xì)的非模式物種的GO/KEGG富集分析全攻略
有時(shí)候不得不感慨，時(shí)間已經(jīng)來(lái)到了2024年的尾聲，但是對(duì)于許多非模式的物種來(lái)說(shuō)，各種工具、數(shù)據(jù)集、參考等等依然還在寒冬。今天帶大家手動(dòng)的構(gòu)建屬于小眾物種的富集分析全攻略。 1...
-
Linux下載Figshare上的文件
歡迎訪問(wèn)我的博客My blog site:https://yuntaobioinformatics.wordpress.com/[https://yuntaobioinfor...
-
使用Docker的Trinity進(jìn)行無(wú)參轉(zhuǎn)錄組分析
我的博客地址： https://yuntaobioinformatics.wordpress.com/2025/06/18/%e4%bd%bf%e7%94%a8docker%...
-
解讀基因組Survey的k-mer分析曲線我的博客主頁(yè)https://wordpress.com/home/yuntaobioinformatics.wordpress.com[https://wordpress.c...
個(gè)人介紹