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【代謝組學(xué)】1.代謝組學(xué)簡介
基本概念 代謝物：所有分子量小于1500Da的小分子物質(zhì)，包括糖類、核苷、有機(jī)酸、酮類化合物、多肽、氨基酸、有機(jī)胺類、醛類化合物、脂質(zhì)、萜類、類固醇、生物堿、小分子藥物等等。...
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5. 基于OTUs的alpha多樣性指數(shù)計算和可視化簡介 1. 物種豐富度指數(shù)(Species richness)：群落中豐度大于0的物種數(shù)之和，一般用Observed OTU(observed species)表示，只有物種...
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生物信息學(xué)
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免疫學(xué)相關(guān)多樣性指數(shù)
1. Chao1多樣性指數(shù)[http://blog.sciencenet.cn/blog-2970729-1074963.html] chao1是度量物種豐富度的指標(biāo)，它和豐...
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行船于海，望眼星辰
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多樣性指數(shù)：辛普森指數(shù)和香農(nóng)-維納指數(shù)【導(dǎo)讀】多樣性指數(shù)是一種量化指標(biāo)，可反映數(shù)據(jù)集中有多少種不同類型，并且可以同時考慮到這些種類的個體分布之間的系統(tǒng)性關(guān)系，例如豐富性，差異性或均勻性。常用的多樣性指數(shù)有辛普森多...
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三代組裝之flye
方案1: 不糾錯直接組裝。輸入數(shù)據(jù)分為兩種情況，一種是用所有的原始數(shù)據(jù)（包括長度過濾2K/5K以下），一種則是選擇最長的30X, 40X作為輸入。 miniasm: http...
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linux下的find文件查找命令與grep文件內(nèi)容查找命令
linux下的find文件查找命令與grep文件內(nèi)容查找命令 在使用linux時，經(jīng)常需要進(jìn)行文件查找。其中查找的命令主要有find和grep。兩個命令是有區(qū)的。 區(qū)別：(1...
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kmer分析的幾款軟件介紹1.jellyfish 運行jellyfish 2.使用 GCE 進(jìn)行基因組大小評估 GCE 軟件包中主要包含 kmer_freq_hash 和 gce 兩支程序。前者用于進(jìn)...
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主要分享一些自己的學(xué)習(xí)過程，以菜鳥干貨為主，大家有問題可以在我的博客交流(打賞也是)<br><br>
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基因結(jié)構(gòu)注釋（2）：同源注釋同源預(yù)測(homology prediction)利用近緣物種已知基因進(jìn)行序列比對，找到同源序列。然后在同源序列的基礎(chǔ)上，根據(jù)基因信號如剪切信號、基因起始和終止密碼子對基因結(jié)...
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4、RNAseq(4)--Hisat2進(jìn)行序列比對及Samtools格式轉(zhuǎn)化概況：使用處理后的fastq文件和基因組與轉(zhuǎn)錄組比對，確定在轉(zhuǎn)錄組或者基因組中的關(guān)系。在轉(zhuǎn)錄組和基因組的比對采取的方案不同。分別是ungapped alignment to ...
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linux sed 替換（整行替換，部分替換）、刪除delete、新增add、選取
sed是一個很好的文件處理工具，本身是一個管道命令，主要是以行為單位進(jìn)行處理，可以將數(shù)據(jù)行進(jìn)行替換、刪除、新增、選取等特定工作，下面先了解一下sed的用法 sed命令行格式為...
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Biopython之gbff轉(zhuǎn)gff格式 2020-04-27gbff是NCBI基因組數(shù)據(jù)庫常見的基因組genebank格式文件，在實際分析中，常常需要gff格式或者gtf格式，所以就存在gbff轉(zhuǎn)換gff格式的需求image.png ...
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HISAT2,StringTie，Ballgown處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)
HISAT2,StringTie，Ballgown處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)思路如下： 數(shù)據(jù)質(zhì)控 將RNA-seq的測序reads使用hisat2比對 samtools將sam文件轉(zhuǎn)成b...
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8年生物信息學(xué)經(jīng)驗。曾參與腫瘤檢測與微生物項目，現(xiàn)為 Biotech AIDD工程師。分享硬核技術(shù)、行業(yè)洞察和學(xué)習(xí)路徑，助你掌握生物信息學(xué)前沿！
