Circos是數(shù)據(jù)展示的一個(gè)極佳方式。是每一個(gè)男人都應(yīng)該學(xué)會(huì)的必備技能! 如果按照我這個(gè)教程都搞不定的話,還是建議先別看別人的高階教程了。 Circos安裝及測(cè)試 首先,下載...
構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹主要有四種方法:ML、NJ、MP和BI。 與ML和NJ相比,BI的方法效率更高,已有的研究結(jié)果顯示,對(duì)于同一組數(shù)據(jù)的分析,貝葉斯方法分析結(jié)果中的節(jié)點(diǎn)支持率高于其...
dn/ds又叫ka/ks,具體的概念,意義百度上都有?,F(xiàn)主要介紹最近用到的三種計(jì)算途徑,分別是maga7,datamonkey,paml。 做選擇壓力分析的序列文件,需要先c...
1.genome survey 數(shù)據(jù)過濾去除測(cè)序原始數(shù)據(jù)中可能包含低質(zhì)量、接頭污染以及含 N 過高的 reads NT比對(duì)通過BLAST對(duì)下機(jī)數(shù)據(jù)過濾后的有效數(shù)據(jù)進(jìn)行 NT ...
基因組組裝完成后,或者是完成了草圖,就不可避免遇到一個(gè)問題,需要對(duì)基因組序列進(jìn)行注釋。注釋之前首先得構(gòu)建基因模型,有三種策略: 從頭注釋(de novo prediction...
Google的chrome莫名其妙突然所有頁面都顯示“喔唷 崩潰啦”,各種插件在右下角彈出報(bào)錯(cuò)!這個(gè)問題我之前遇到過一次,后來通過改快捷方式的名字解決了??墒沁@次,隔離回來上...
比如MFannot返回的文件中的trnW(cca)是什么意思呢?W若是氨基酸一子母簡(jiǎn)稱則為色氨酸,而括號(hào)里的反密碼子cca對(duì)應(yīng)mRNA中GGU編碼的則是甘氨酸哇⊙ω⊙那這種t...
ORF(開放閱讀框)最好被視為蛋白質(zhì)編碼區(qū)的假設(shè)。它是起始密碼子和下一個(gè)終止??密碼子之間的DNA片段。它不是真核生物中整個(gè)蛋白質(zhì)編碼區(qū)的假設(shè)(由于內(nèi)含子)。CDS應(yīng)該是整個(gè)...
在線工具一般具有“功能強(qiáng)大、操作簡(jiǎn)單、無需安裝、用完就走”的特點(diǎn),輕松實(shí)現(xiàn)“用別人的服務(wù)器分析自己的數(shù)據(jù)”。 基因結(jié)構(gòu)繪制 1.Exon-Intron Graphic Mak...
MEGA7軟件下載及安裝 http://www.megasoftware.net/ 支持建樹類型 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 TIR.fasta 導(dǎo)入文件 選擇Align 導(dǎo)入成功 選擇比對(duì)方...
序列比較 認(rèn)識(shí)序列 FASTA 格式,第一行是一個(gè)大于號(hào)“>”開頭,后面緊接注釋信息 序列相似性 相似的序列》相似的結(jié)構(gòu)》相似的功能 一致度如果兩個(gè)序列長(zhǎng)度相同,那么它們的一...