在從零開始學(xué)Circos繪制圈圖（一）我們已經(jīng)繪制出一個(gè)比較丑的circos圖，這一部分是講解一些細(xì)節(jié)。 這一部分會從上一步的兩個(gè)文件開始，分別是 karyotype.tai...
發(fā)簡信
IP屬地：海南
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從零開始學(xué)CIRCOS繪制圈圖(二) -
Phenotype : 大規(guī)模表型數(shù)據(jù)處理工具
表型數(shù)據(jù)的處理，一直是困擾許多同學(xué)的問題。面對大規(guī)模的表型數(shù)據(jù)，如果不會編程，純用Excel的話，往往會消耗大量精力。為了解決大規(guī)模表型數(shù)據(jù)難以處理的問題，小編開發(fā)了R包"P...
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西澳大學(xué)生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因組與群體基因組學(xué)的挖掘<br><br>簡信不回答問題，有問題發(fā)至<br>lakeseafly50@gmail.com
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群體遺傳學(xué)習(xí)筆記-基礎(chǔ)知識
群體遺傳學(xué)介紹 傳統(tǒng)群體遺傳學(xué)是基于觀察到的等位基因頻率與預(yù)期頻率的分析。例如，在Wright-Fisher模型下，你可能會看到有性繁殖的二倍體個(gè)體群體，而且這些種群沒有重疊...
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群體遺傳學(xué)-選擇清除分析一、中性學(xué)說 分子水平上，生物的演化或物種的進(jìn)化并不是自然選擇引起的，而是由中性/近中性的突變等位基因經(jīng)過遺傳漂變引起的，從而形成分子水平上的進(jìn)化性變化或種內(nèi)變異。分子演化的...
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關(guān)于Tajima's D和Watterson estimator序言 在前幾篇的文章中，我們講到了一個(gè)用來檢測受到選擇后表現(xiàn)異常的loci （outlier）的系數(shù)Tajima's D，但是當(dāng)講到它的計(jì)算公式時(shí)，發(fā)現(xiàn)其中涉及到了比較復(fù)雜的...
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R包發(fā)布在CRAN上我最近開發(fā)的一個(gè)R包被CRAN接收了，發(fā)布在：https://cran.rstudio.com/web/packages/chromseq/index.html 主要參考的文...
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廈大本科，清華生科院博士生在讀，對表觀遺傳，計(jì)算生物學(xué)，發(fā)育生物學(xué)領(lǐng)域感興趣
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TCGA轉(zhuǎn)錄組差異分析后多種基因功能富集分析：從GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID轉(zhuǎn)換）測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
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測序了，然后呢（四）有了OrgDb才能進(jìn)行富集分析劉小澤寫于19.1.20-21要進(jìn)行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每個(gè)基因?qū)?yīng)什么樣的GO/KEGG分類，OrgDb就是存儲不同數(shù)據(jù)庫基因ID之間對應(yīng)關(guān)系，以及基因與G...
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應(yīng)該是最好的eggnog-mapper功能注釋教程eggnog-mapper實(shí)現(xiàn)功能注釋 eggNOG-Mapper介紹 通常功能注釋的思路都是基于序列相似性找直系同源基因，常見的方法就是BLAST+BLAST2GO， 或者...
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