Neighbor Joining是一種bottom-up的聚類方法，常被用于系統(tǒng)發(fā)育樹(phylogenetic tree)的構(gòu)建當(dāng)中。 Naruya Saitou[http...
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算法 | Neighbor Joining法建樹淺析 -
bioinfo100-第18題 高通量比對的質(zhì)量MAPQHello 大家好！ 我們又見面了！ 今天我們接著昨天的內(nèi)容，為大家介紹一下比對的質(zhì)量MAPQ。 在我們BBQ100的第1問中，我們就問了大家一個(gè)問題FASTQ格式中的第4行...
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NGS的變異檢測高效工具Sentieon使用體驗(yàn)
安裝 以目前的20180806為例，下載并解壓縮 之后需要將軟件的安裝位置加入到環(huán)境變量PATH中。 此外需要申請一個(gè)許可證文件，并且輸出一個(gè)環(huán)境變量SENTIEON_LIC...
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GATK：HaplotypeCaller變異檢測本文是閱讀一個(gè)做算法的文章，有些收獲和想法，作為一種記錄我們在使用gatk call snp的時(shí)候，常常使用HaplotypeCaller這個(gè)參數(shù)，這個(gè)參數(shù)的目的是檢測出用來...
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16S rRNA16s rRNA結(jié)構(gòu) 大體結(jié)構(gòu)如下： 不同物種高變區(qū)域起始和終止位置稍有不同。 16s rRNA序列提取 根據(jù)gff，基因類型只保留rRNA，剔除exon和CDS。githu...
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失業(yè)后如何快速找到下一份工作
針對剛畢業(yè)的小伙伴，好不容易憑著應(yīng)屆生身份找到一份心儀不錯(cuò)的工作，結(jié)果沒想到實(shí)習(xí)期還沒過，就被公司裁員（ps：此處大聲哭泣??????） 這時(shí)候焦慮以及自我否定的感覺會占據(jù)我們的大...
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用泊松分布解釋 NGS 測序數(shù)據(jù)的 duplication 問題
tags： NGS duplication 不管從哪個(gè)角度看我們都希望測序儀產(chǎn)出的數(shù)據(jù)中 duplicate 率盡量低。怎樣降低 duplicate 率？ 構(gòu)建文庫時(shí)，核酸提...
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7-【bioconda】的安裝和使用（2021.2.10）
安裝時(shí)間：2021.2.10 1. conda簡介 conda是一個(gè)開源的軟件包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng)，主要解決了軟件在安裝過程中需要的依賴包和環(huán)境的問題。conda分為an...
