首先介紹fastq的格式和fasta的格式： fastq是測序所得的文件，其內部含有對每一個堿基進行質量評估的值： 第一行：測序的index；第二行：該index下測出的序列...
IP屬地：天津
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Perl語言---批量將fastq格式轉換為fasta格式 -
如何快速下載NCBI上的各個物種參考基因組我們用普通的瀏覽器的方法下載非常慢： 此時下載速度非常慢，而且很容易下載中斷，報錯。 那怎么快速下載呢？ 我們只需要進入NCBI的FTP： 我們只需要復制鏈接地址到迅雷等專業(yè)...
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批量下載文獻的參考文獻
1、復制參考文獻信息，每條參考文獻單獨列一段。 2、借助citation-finder網(wǎng)站（http://git.macropus.org/citation-finder/[...
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Awk的一般功能2---Read數(shù)的篩除Awk作為linux內置的文本數(shù)據(jù)處理工具，具有簡單迅速的特點，在處理上萬行數(shù)據(jù)時，其相對于EXCEL具有優(yōu)勢突出，因此我們在轉錄組數(shù)據(jù)分析的最后一步，將Read count...
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如何保證發(fā)表SCI文章中的圖片分辨率？一、在進行組學測序以后，公司會將分析后的數(shù)據(jù)的表格以及對應的圖片如火山圖、熱圖、維恩圖以及因子圖等打包發(fā)給你，如這樣： 二、然而當你發(fā)表文章的時候，雜志社針對圖片又給了你這樣...
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生活中的一些小發(fā)現(xiàn)1-鍵盤打字不知道大家打字的時候有沒有遇到過右手明顯沒有左手靈活的情況 特別是在鍵入鍵盤符號那一部分內容的時候，輸入用的右手很容易脫離標準輸入手型而轉為“二指禪”。 其實出現(xiàn)這方面問題主...
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不好意思，事物繁忙，已將label free的全部參數(shù)文件.xml上傳并分享。
蛋白組分析---用Maxquant探明一線工作者在干什么？
蛋白組：大批量的對樣本中的蛋白質進行定量分析。 一、原理： 1. 目標蛋白樣本： 1.1. 蛋白水解 將蛋白樣本用蛋白酶進行水解，生成肽段混合物。 1.2. 離子破碎 肽段混...
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@梓_f473 請到軟件官網(wǎng)，查看軟件說明，下機后符合軟件的loading file應該都可以用吧，這個我真不知道。
蛋白組分析---用Maxquant探明一線工作者在干什么？
蛋白組：大批量的對樣本中的蛋白質進行定量分析。 一、原理： 1. 目標蛋白樣本： 1.1. 蛋白水解 將蛋白樣本用蛋白酶進行水解，生成肽段混合物。 1.2. 離子破碎 肽段混...
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你是指提交以后的.sh文件會報錯，運行不下去嗎？那大概率是你還不熟悉軟件命令和參數(shù)，你寫在.sh文件中的軟件的命令和參數(shù)不對，注意空格、-以及各種細節(jié)。
1、你可以新建一個.sh文件，這個文件共5行，編輯成：
#!/bin/bash
#SBATCH -p amd_256
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 64
print “hello world\n”
2、使用命令sbatch test.sh提交。
3、使用命令tail -f slurm-xxx.out查看slurm-xxx.out文件中是否有hello world出現(xiàn)，如果有，那么證明你提交作業(yè)的方式沒問題
4、如果你將軟件的命令替換了print “hello world\n”而運行不下去的話，則說明你軟件的命令和參數(shù)輸入有問題
PS：
1、這里你要注意你用的超算的作業(yè)管理系統(tǒng)是否和我寫的一樣，不同的作業(yè)管理系統(tǒng)的命令也不一樣，不正確的提交方式，會報錯。當驗證完你的作業(yè)提交方式沒問題后；
2、你可以先在你自己的電腦上安裝一個linux虛擬機，在虛擬機中安裝自己使用的軟件，驗證軟件的命令是否正確，然后再在超算上運行。linux常規(guī)操作簡明手冊(基于北京超級云計算中心)
1. 查看Linux內核版本命令： 2. 查看Linux系統(tǒng)版本的命令 3. 新建文件和新建文件夾、移動文件、打開目錄 4. 查看文件夾 5. 刪除文件夾、文件以及md5值檢...
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關于數(shù)據(jù)為什么取log作圖？這里給出三張圖可以直觀的看出： 1. 不做處理 **2. 進行l(wèi)og2(FPKM+1) ** 無論是取log還是+1都是為了作圖方便，更好的表示數(shù)據(jù)內容。
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Linux工具之awk的一般功能awk對于我來說強大的功能在于：當處理超過5萬行的EXCEL數(shù)據(jù)，Windows頻繁卡死的情況下，在基于linux上的awk處理只需要兩秒。它可以跨越一些EXCEL的短板，鑒...
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perl語言---從參考蛋白庫中提取指定序列需求： PS：綠色部分為蛋白的名稱等信息，后面的黑色部分為對應序列 我想把其中的某個蛋白信息連同它的序列提取出來，變成這樣： 我想要的蛋白序列 這里介紹兩種方法： 第一個方法...
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@Cheung_b9ae 「mqpar.xml」https://www.aliyundrive.com/s/J2vb15Xat9a 提取碼: ez04
蛋白組分析---用Maxquant探明一線工作者在干什么？
蛋白組：大批量的對樣本中的蛋白質進行定量分析。 一、原理： 1. 目標蛋白樣本： 1.1. 蛋白水解 將蛋白樣本用蛋白酶進行水解，生成肽段混合物。 1.2. 離子破碎 肽段混...
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蛋白組分析---用Persues進行后續(xù)分析1. 上文中，我們用Maxquant軟件分析了.raw數(shù)據(jù)，最終得到了個txt命名的文件，長這樣： 2. 接下來，我們下載并打開Persues軟件： 3. 我們導入剛剛的文件...
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蛋白組分析---用Maxquant探明一線工作者在干什么？蛋白組：大批量的對樣本中的蛋白質進行定量分析。 一、原理： 1. 目標蛋白樣本： 1.1. 蛋白水解 將蛋白樣本用蛋白酶進行水解，生成肽段混合物。 1.2. 離子破碎 肽段混...
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MaxQuant的Linux試運行
前言 MaxQuant免費不開源，相對其他各大廠商壟斷的軟件來說，實在是良心軟件，尤其對labelfree數(shù)據(jù)準確性和蛋白鑒定數(shù)都有較好的優(yōu)勢。缺點也是很明顯，Linux不友...
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關于組學分析中的各種P值的一些見解說起P值，我們首先需要知道： 一. 什么檢驗方法能得到P值？ 各種檢驗方法如：方差分析、卡方分布、t檢驗以及Z檢驗等 二. 檢驗方法是用來干什么的？ 假設檢驗是用來判斷樣本與...
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全基因組重測序基礎及高級分析知識匯總
轉自：http://www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_728563847.shtml 全基因組重測序是通過對已有參考序列（...
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linux常規(guī)操作簡明手冊(基于北京超級云計算中心)1. 查看Linux內核版本命令： 2. 查看Linux系統(tǒng)版本的命令 3. 新建文件和新建文件夾、移動文件、打開目錄 4. 查看文件夾 5. 刪除文件夾、文件以及md5值檢...