深度（depth）與覆蓋度（coverage） 假想實驗 對長100bp的目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行捕獲測序：采用單端測序，每個read長5bp；總共得到了200個reads；把所有的re...
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計算測序深度和覆蓋度
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用clusterProfile進(jìn)行非模式物種且沒有參考基因組的GO和KEGG富集分析
新組裝的基因組并沒有上傳和生成RefSeq基因組信息。而且一系列需要or.db或者構(gòu)建or.db的步驟嘗試構(gòu)建數(shù)據(jù)庫都不成功，要么缺乏物種信息，要么缺乏gene symbol...
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一起學(xué)畫圖：氣泡圖—常用于富集分析
公眾號原文點我[https://mp.weixin.qq.com/s/sVWseQoyxL5tEM5PDf-iuQ] Part 1 ：氣泡圖 氣泡圖是散點圖的一種變體，一般的...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中的秩和檢驗與t檢驗在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的過程中，尋找差異基因的過程需要用到對基因統(tǒng)計的假設(shè)檢驗（例如函數(shù)FindAllMarkers中的test.use參數(shù)），我們這里來深入了解一下假設(shè)檢驗的方法...
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R語言ggplot2一幅好看的頻率分布直方圖實例推文內(nèi)容來自于鏈接 https://www.andrewheiss.com/blog/2021/12/18/bayesian-propensity-scores-weight...
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使用fastp進(jìn)行數(shù)據(jù)質(zhì)控
fastp是一款較新的數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件，接觸這個軟件也是由于目前市場的軟件各有功能但是功能都不是很全，譬如最近接觸到一個RNAseq數(shù)據(jù)，質(zhì)量較差，需要去除接頭而且含N較多，序列...
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BSA分析：GATK4的使用(包括bwa)
注意：版本不同，命令會不一致。一定要用對應(yīng)的版本。 需要登錄google賬戶 GATK3的下載地址[https://console.cloud.google.com/stor...
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samtools使用大全
samtools是一個用于操作sam和bam文件（通常是短序列比對工具如bwa,bowtie2,hisat2,tophat2等等產(chǎn)生的，具體格式可以在消息框輸入“SAM”查看...
