MLST（multilocus sequence typing）：多位點序列分型CG（ clonal group）：克隆群CC（clonal complex）：克隆復(fù)合體CT...
發(fā)簡信
IP屬地：重慶
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如何基于物種MLST分型獲得CG克隆群 -
如何根據(jù)馬爾可夫鏈序列反推轉(zhuǎn)移概率
如果你已經(jīng)有一個模擬的馬爾可夫鏈序列，并且希望根據(jù)這些模擬數(shù)據(jù)估計轉(zhuǎn)移概率，可以使用頻率法或最大似然估計來計算狀態(tài)之間的轉(zhuǎn)移概率。 1. 獲取模擬序列 假設(shè)你已經(jīng)有了一個模擬...
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python中使用collections的defaultdict創(chuàng)建字典和直接建立空字典有什么區(qū)別？
使用 sample_sequences = defaultdict(list) 和 sample_sequences = {} 創(chuàng)建字典有以下主要區(qū)別： defaultdic...
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conda安裝時選擇哪種安裝方式好？
我們知道conda在環(huán)境環(huán)境的時候一般采用的方法是： 但其實使用conda安裝環(huán)境并不限于create -n (或 --name)一種方法，還有一種 -p (或 --pre...
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擴增子建庫時，如果不加入phix文庫，而是在barcode位置增加幾個錯位堿基，為什么可以和只加入phix文庫時達到同樣的效果
在擴增子建庫過程中，如果不加入PhiX文庫，而是在barcode（條形碼）位置增加幾個錯位堿基（即引入少量的隨機堿基），可以達到與加入PhiX文庫類似的效果。這主要是通過以下...
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有放回抽樣和無放回抽樣的區(qū)別
在計算置信區(qū)間時，使用引導(dǎo)法（Bootstrap）可以采用不同的抽樣方法。主要有兩種方式：總體數(shù)據(jù)的有放回抽樣和無放回抽樣。這兩種方法在計算引導(dǎo)法置信區(qū)間時有不同的效果和適用...
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git 如何刪除本地分支、遠端倉庫分支
一個 Git 倉庫常常有不同的分支，開發(fā)者可以在各個分支處理不同的特性，或者在不影響主代碼庫的情況下修復(fù) bug。倉庫常常有一個 master 分支，表示主代碼庫。開發(fā)人員創(chuàng)...
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git 中新增加了一個分支，如何將該分支推送到遠端倉庫
在 Git 中，當你新建了一個本地分支后，需要將該分支推送到遠端倉庫，以便其他協(xié)作者可以訪問該分支。以下是具體的步驟： 新建本地分支假設(shè)你已經(jīng)在本地新建了一個分支，例如，名為...
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解決阿里云服務(wù)器內(nèi)存不足量的問題
阿里云服務(wù)器安裝 Centos 系統(tǒng)后使用 free 命令查看內(nèi)存大小往往會發(fā)現(xiàn)比所購買配置的標稱內(nèi)存要小很多，2G 內(nèi)存的查出來只有 1756M 左右。 如下圖所示（2G ...
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GFF關(guān)于Telomere、Regulatory Region、centromere的解釋
在 GFF（General Feature Format）文件中，基因組特征（features）通常用特定的術(shù)語來描述，這些術(shù)語定義了特征的類型及其在基因組中的功能。兩個常見...
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如何在酵母的基因組中區(qū)分左右臂(arm)，并將序列拆成左右臂的序列(arm)
在酵母（Saccharomyces cerevisiae）基因組中，每條染色體都有兩個臂（arm）：左臂（left arm, L）和右臂（right arm, R）。這些臂是...
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組間差異分析后的多重比較
在統(tǒng)計學(xué)中，進行單因素方差分析 (one-way ANOVA) 或 Kruskal-Wallis 檢驗后，通常需要進行多重比較分析以確定不同組別之間的顯著差異。 以下是常見的...
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git刪除遠端倉庫上文件，不修改本地文件的方法
要刪除遠程倉庫上的某個文件而不影響本地文件，可以按以下步驟操作： 在本地分支上刪除文件：首先，確保你在一個干凈的工作目錄上（沒有未提交的更改）。然后在本地分支上刪除文件： 這...
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共有OTU占比 ?；鶊D繪制小試背景 ?；鶊D（Sankey diagram），即?；芰糠至鲌D，也叫?；芰科胶鈭D。它是一種特定類型的流程圖，右圖中延伸的分支的寬度對應(yīng)數(shù)據(jù)流量的大小，通常應(yīng)用于能源[htt...
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如何繪制帶置信區(qū)間的物種積累曲線背景 稀釋曲線（Rarefaction curves）是從樣品中隨機抽取一定測序量的數(shù)據(jù)（序列條數(shù)），統(tǒng)計它們所對應(yīng)的OTUs種類（代表物種），并以抽取的測序數(shù)據(jù)量與對應(yīng)的代...
