找到nextflow_wrapper.py這個(gè)文件的這幾行： 然后根據(jù)自己的服務(wù)器情況進(jìn)行修改；如果服務(wù)器有單次提交任務(wù)數(shù)限制，增加一行executor.queueSize ...
IP屬地：江蘇
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make lastz chain的slurm配置
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匡さん消えてのせかいえ
First, extract the longest transcript from GFF3 annotation files. Here, we use AGAT by ...
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NCBI下載一個(gè)BIOPROJECT的數(shù)據(jù)
下載edirect:為了從 NCBI 的 SRA 數(shù)據(jù)庫(kù)中批量檢索和下載樣本信息，我們首先需要使用 NCBI 提供的命令行工具集 Entrez Direct (edirect...
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使用Agora/ANGEs構(gòu)建祖先核型0.部分參考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/molbev/msae239] 用了...
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利用三代數(shù)據(jù)（ONT or HiFi）進(jìn)行PSMC群體歷史分析
PSMC模型主要利用二代重測(cè)序的比對(duì)結(jié)果進(jìn)行構(gòu)建，看到第一篇用三代構(gòu)建群體歷史的文章，發(fā)表在MBE上，名字叫“Genome Assembly of a Living Foss...
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GPU加速二代測(cè)序比對(duì)（Deepvariant + GLnexus）
使用原有的BWA+GATK進(jìn)行SNP calling存在嚴(yán)重的時(shí)長(zhǎng)慢問(wèn)題；無(wú)論是比對(duì)，還是gvcf calling，還是joint calling 都是嚴(yán)重的限速步驟。 可以...
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@深山夕照深秋雨OvO VIVO50
基因組注釋 從頭預(yù)測(cè)到合并流程
本攻略最早更新在https://github.com/gotouerina/Annotation[https://github.com/gotouerina/Annotati...
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基因組共線性分析繪圖
主要利用mummer和NgenomeSyn進(jìn)行，可以同時(shí)繪制多個(gè)基因組 首先準(zhǔn)備基因組文件（fasta）用于比對(duì)使用mummer4.0進(jìn)行比對(duì)操作，mummer的配置參見(jiàn)ht...
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@榮_e687 EVM有個(gè)腳本叫miniprot_GFF_2_EVM_alignment_GFF3.py可以做這個(gè)
EVM基因組注釋合并，你真的做對(duì)了嗎？
基因組注釋這個(gè)東西攻略是五花八門，有些地方其實(shí)寫錯(cuò)了，作者還以為很對(duì)，為什么呢，因?yàn)镋VIDENCEModerler經(jīng)常在錯(cuò)誤的輸入文件下也能跑，只是你不知道罷了。 今天帶大...
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PacBio 甲基化分析
PB甲基化流程（Revio和Sequel II）眾所周知，PacBio的下機(jī)數(shù)據(jù)是可以用于提取甲基化信息的，顯示在BAM里就是ML和MM的tag（熟悉BAM格式的應(yīng)該比較清楚...
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ONT r10芯片甲基化分析攻略還發(fā)在https://github.com/gotouerina/GenomeMethPipeline[https://github.com/gotouerina/Gen...
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基因組注釋 從頭預(yù)測(cè)到合并流程
本攻略最早更新在https://github.com/gotouerina/Annotation[https://github.com/gotouerina/Annotati...
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超快超省存儲(chǔ)的三維基因組分析方法三維互作這塊的兩大巨頭是juicer 和 hic-pro，這兩個(gè)東西確實(shí)都很久了，一個(gè)基于BWA一個(gè)基于Bowtie。說(shuō)實(shí)話個(gè)人很討厭這種把比對(duì)軟件捆綁在一起的pipelin...
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Nanopore甲基化提取2024
ONT甲基化下機(jī)數(shù)據(jù)是fast5格式，比較大，先轉(zhuǎn)成pod5，提取和儲(chǔ)存更方便 先裝一個(gè)pod5，用pip 然后直接轉(zhuǎn)就行 轉(zhuǎn)完了用dorado做basecalling do...
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基因組比對(duì)信息分析工具更新預(yù)告
maffilter，看名字是一個(gè)過(guò)濾maf的工具，實(shí)際上，他比過(guò)濾MAF擁有更多的功能，甚至能構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。 文章在2014年發(fā)表于BMC genomics (https:...
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比較基因組學(xué)Cactus初探
11.21更新，本文內(nèi)容包括Cactus進(jìn)行無(wú)參基因組比對(duì)的詳細(xì)教程。 你說(shuō)的對(duì)，但是Cactus是一款開(kāi)源的，發(fā)表過(guò)正刊的，高度權(quán)威的基因組比對(duì)軟件.jpg Cactus是...
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freebayes快速群體call snp流程優(yōu)化
過(guò)濾和比對(duì)沒(méi)什么好說(shuō)的，fastp + bwa足夠 重點(diǎn)是call snp這塊，GATK作為精度最高的東西，運(yùn)行速度也是最慢的，卡的要死。有人提出可以使用freebayes進(jìn)...