請問下構(gòu)建數(shù)據(jù)庫會得到數(shù)據(jù)庫文件嗎？我按照這個構(gòu)建，沒有得到數(shù)據(jù)庫文件，在注釋的時候提示下載這個數(shù)據(jù)庫文件，但是下載失敗，請問這怎么解決?。恐x謝！
snpEff構(gòu)建物種數(shù)據(jù)庫及完成vcf變異文件注釋1. 如果在沒有jdk12的conda下安裝snpeff，會報錯 解決方法（針對非root用戶） 參考：http://www.itdecent.cn/p/3e3ebd397...
我用EVM的腳本轉(zhuǎn)換老師報錯，把miniprot的gff轉(zhuǎn)為EVM的gff，請問有遇到過的嗎？
EVM基因組注釋合并，你真的做對了嗎？基因組注釋這個東西攻略是五花八門，有些地方其實寫錯了，作者還以為很對，為什么呢，因為EVIDENCEModerler經(jīng)常在錯誤的輸入文件下也能跑，只是你不知道罷了。 今天帶大...
您好，請問下miniprot得到的gff格式化，怎么轉(zhuǎn)變?yōu)镋VM可使用的格式啊，謝謝！
EVM基因組注釋合并，你真的做對了嗎？基因組注釋這個東西攻略是五花八門，有些地方其實寫錯了，作者還以為很對，為什么呢，因為EVIDENCEModerler經(jīng)常在錯誤的輸入文件下也能跑，只是你不知道罷了。 今天帶大...
@zz_a46c 參數(shù)設(shè)置有問題，你是默認參數(shù)吧
應(yīng)該是最新最詳細的MUMmer中文使用說明如何使用MUMmer比對大片段序列 測序技術(shù)剛開始發(fā)展的時候，大家得到的序列都是單個基因的長度，所以一般都是逐個基因的比較，用的都是BLAST或FASTA通過逐個基因聯(lián)配的方...
大佬，請問下您這8層文件是怎么來的，這個才是關(guān)鍵
十二. Circos基因組作圖前言 最近進行基因組數(shù)據(jù)分析，繪制圈圖，想做兩個基因組的比較分析，通過查詢文獻，發(fā)現(xiàn)棉花基因組圈圖在細節(jié)方面做的較好，主要就是染色體排布中間對稱，這樣共線性連線就不會出現(xiàn)交叉...
我之前用過eggNOG注釋，然后做go和kegg，似乎kegg結(jié)果很少??！
本地搭建植物KEGG數(shù)據(jù)庫及進行注釋KEGG數(shù)據(jù)庫包含豐富的功能信息及通路注釋，可由此了解生物系統(tǒng)的功能和效用。 而官方已經(jīng)不再免費提供FTP下載氨基酸以及核酸序列庫，并且KAAS和Kofam等官方工具，要么在...
用PMAT跑不出來，很復雜沒有辦法解環(huán)，試試這個軟件，但是請問下第三步和第四步的配置文件該怎么修改??？謝謝各位大佬！
跟著Briefings in Bioinformatics學數(shù)據(jù)分析：植物線粒體基因組組裝流程GSAT初步嘗試論文 Master graph: an essential integrated assembly model for the plant mitogenome based ...
請問下怎么設(shè)置線程啊，按照這個線程設(shè)置報錯
「三代組裝」使用Canu對三代測序進行基因組組裝Canu簡介 目前Canu已經(jīng)更新到2.0版本，本文用的是Cau1.6版本，一些參數(shù)可能存在變動，請注意分辨。 Canu是Celera的繼任者，能用于組裝PacBio和Nan...
絕了，怎么安裝都報錯！
比較基因組學之共線性工具JCVI安裝及使用比較基因組學之共線性工具JCVI安裝及使用 jcvi及依賴的安裝 $ conda create -n jcvi -c bioconda -c conda-forge jcvi...
請問呢下minimap2要運行多久，結(jié)果文件多大啊，太慢了
De novo組裝#04 | 基因組去冗余（purge_dups）寫在前面 冗余序列的產(chǎn)生和多種因素有關(guān)，如 CLR 的測序錯誤，基因組自身的雜合性和重復序列的影響等等，purge_dups軟件能根據(jù)read深度分析組裝中haplotigs...
據(jù)說Autohic可以自動更正和調(diào)整，但是我用了效果很差，800多M的基因組，經(jīng)過他調(diào)整就只有60多M了，這肯定不行啊
【基因組組裝】HiC掛載軟件以及如何用Juice_box手工糾錯？1.常用HiC掛載軟件 ALLHiC張興坦老師專為多倍體和高雜合度物種基因組掛載開發(fā)。如果是復雜基因組，肯定是首選。對于簡單基因組，我跑了下，結(jié)果不佳。提了issue，張老師...
老板寫的不錯，很詳細，我要用二代reads和pacbio revio HIFI reads來polish，請問配置文件該怎么修改啊？就是第四種polish吧，大佬？謝謝！
De novo組裝#05 | 基因組糾錯polish（racon+pilon, nextpolish）寫在前面 在進行染色體掛載之前一般對得到的 "primary assembly"（主要組裝/初始組裝結(jié)果）進行進一步的優(yōu)化，以減少錯誤，提高基因組的質(zhì)量和準確性。然后再將這些...
請問下得到全長轉(zhuǎn)錄本后，怎么得到consensus sequences？謝謝大佬
全長轉(zhuǎn)錄組 | Oxford Nanopore (ONT) 三代全長轉(zhuǎn)錄組分析流程 -- 數(shù)據(jù)質(zhì)控和預處理ONT全長轉(zhuǎn)錄組測序是指基于牛津納米孔公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）三代測序平臺進行的全長轉(zhuǎn)錄組測序。利用三代測序平臺長度長 （lo...
您好，我nanopore測的全長轉(zhuǎn)錄本，無參考基因組，pychopper得到全長數(shù)據(jù)，我后續(xù)該怎么得到consensus sequences？謝謝！
全長轉(zhuǎn)錄組 | Iso-Seq 三代測序數(shù)據(jù)分析流程 (PacBio) （2）-- pigeon通過isoseq collapse和pigeon，我們最終能得到帶有基因注釋的表達矩陣，后續(xù)基因的差異分析，差異基因的KEGG注釋等都和二代RNA-seq類似了。 Isose...
請問你輸入reads呢？
線粒體組裝軟件（1）Mitofinder軟件介紹 聽名字就可以猜出來Mitofinder是一個專門用于組裝線粒體基因組的軟件，該軟件運行于liunx平臺，不僅可以用于組裝線粒體的基因組還可以用于注釋線粒體基因組，不...
請問下運行快嗎？200G二代數(shù)據(jù)，20線程大概多久可以運行完成??？
基因組組裝—SOAPdenovo2的使用一、簡介 SOAPdenovo2是用于short-read組裝的軟件，能夠組裝出類似人類基因組大小的de novo草圖。SOAPdenovo主要用于大型植物和動物基因組的組裝...
請問下conda安裝的，沒有mitfi這個文件，是怎么回事啊？然后tRNA注釋就運行不了，然后報錯就停止運行了？麻煩大佬看到回復下，謝謝！
線粒體基因組的組裝和注釋（MitoFinder ）之前有過用二代測序的數(shù)據(jù)組裝植物葉綠體基因組昆蟲線粒體的經(jīng)歷，用的是單位的超算（Linux系統(tǒng)）。 這里的二代測序數(shù)據(jù)是全基因組的淺層測序數(shù)據(jù)，因為葉綠體和線粒體是多拷貝的，...
大佬這好詳細，謝謝了
De novo組裝#07 | 染色體掛載 （allhic，3d-dna）寫在前面 初始組裝經(jīng)過基因組糾錯（polish）以及去冗余（purge）之后，就可以將其掛載到染色體上，使其由contig/scaffold級別的基因組提升到chromoso...
