R語言繪圖包系列： R語言繪圖包01--優(yōu)秀的拼圖包patchwork[http://www.itdecent.cn/p/e57555d48c91] R語言繪圖包02--熱...
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R語言繪圖包08--森林圖的繪制：forestplot -
復(fù)現(xiàn)一篇高分(IF = 11.274)孟德爾隨機化分析文章-day1
Title: Association between Human Blood Metabolome and the Risk of Alzheimer's Disease L...
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COSG細胞標記基因鑒定
基于余弦相似度的COSG算法，其核心思想是通過比較基因在n維細胞空間的向量夾角大小來描述基因在所有細胞中表達模式的相似性 ； 這里pd即panda，可以查詢pd.DataFr...
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文獻學(xué)習(xí)050--[sc+st]心臟成纖維細胞通過Htra3-TGF-β-IGFBP7軸調(diào)節(jié)心衰的發(fā)展組織纖維化和器官功能障礙是包括心力衰竭在內(nèi)的與年齡相關(guān)疾病的標志，但這兩種事件是否存在共同的誘發(fā)途徑仍然未知。通過scRNA-seq、空間轉(zhuǎn)錄組和genetic pertur...
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單細胞數(shù)據(jù)整合-1：Harmony原理介紹和官網(wǎng)教程1. 原理介紹 官網(wǎng)：https://github.com/immunogenomics/harmony[https://github.com/immunogenomics/...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組亞群分析
作者：堯小飛審稿：童蒙編輯：angelica 引言 在上一篇文章單細胞轉(zhuǎn)錄組(Single cell RNA)概述，我們對單細胞轉(zhuǎn)錄組進行了簡單的介紹及其分析必備所需矩陣的獲...
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多個10x單細胞對象的合并和批次校正--seurat錨點整合+Harmony練習(xí)數(shù)據(jù)集的GEO編號：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
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Seurat包之導(dǎo)入單細胞數(shù)據(jù)方式匯總挖掘公共單細胞數(shù)據(jù)集時，會遇到常見各種單細胞測序數(shù)據(jù)格式?，F(xiàn)總結(jié)如下，方便自己日后調(diào)用，以創(chuàng)建Seurat對象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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手動下載GEO數(shù)據(jù)
當(dāng)直接用R函數(shù)getGEO下載表達譜信息和平臺信息報錯時，那就全都手動下載，下載GSE135820_series_matrix.txt.gz（包含表達譜和需要整理的Label...
