R語言繪圖包系列： R語言繪圖包01--優(yōu)秀的拼圖包patchwork[http://www.itdecent.cn/p/e57555d48c91] R語言繪圖包02--熱...
發(fā)簡信
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R語言繪圖包08--森林圖的繪制：forestplot -
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復(fù)現(xiàn)一篇高分(IF = 11.274)孟德爾隨機化分析文章-day1
Title: Association between Human Blood Metabolome and the Risk of Alzheimer's Disease L...
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聚焦「 數(shù)據(jù)科學(xué) | 深度學(xué)習(xí) | 生命科學(xué) | Python | 機器學(xué)習(xí) 」等前沿交叉學(xué)科，定期分享理論教程與應(yīng)用實踐等。
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公眾號 生信小課堂
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COSG細胞標(biāo)記基因鑒定
基于余弦相似度的COSG算法，其核心思想是通過比較基因在n維細胞空間的向量夾角大小來描述基因在所有細胞中表達模式的相似性 ； 這里pd即panda，可以查詢pd.DataFr...
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文獻學(xué)習(xí)050--[sc+st]心臟成纖維細胞通過Htra3-TGF-β-IGFBP7軸調(diào)節(jié)心衰的發(fā)展組織纖維化和器官功能障礙是包括心力衰竭在內(nèi)的與年齡相關(guān)疾病的標(biāo)志，但這兩種事件是否存在共同的誘發(fā)途徑仍然未知。通過scRNA-seq、空間轉(zhuǎn)錄組和genetic pertur...
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單細胞數(shù)據(jù)整合-1：Harmony原理介紹和官網(wǎng)教程1. 原理介紹 官網(wǎng)：https://github.com/immunogenomics/harmony[https://github.com/immunogenomics/...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組亞群分析
作者：堯小飛審稿：童蒙編輯：angelica 引言 在上一篇文章單細胞轉(zhuǎn)錄組(Single cell RNA)概述，我們對單細胞轉(zhuǎn)錄組進行了簡單的介紹及其分析必備所需矩陣的獲...
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老師您好，可以求分享一下sc_function.R文件嗎？
多個10x單細胞對象的合并和批次校正--seurat錨點整合+Harmony
練習(xí)數(shù)據(jù)集的GEO編號：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
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多個10x單細胞對象的合并和批次校正--seurat錨點整合+Harmony練習(xí)數(shù)據(jù)集的GEO編號：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
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Seurat包之導(dǎo)入單細胞數(shù)據(jù)方式匯總挖掘公共單細胞數(shù)據(jù)集時，會遇到常見各種單細胞測序數(shù)據(jù)格式。現(xiàn)總結(jié)如下，方便自己日后調(diào)用，以創(chuàng)建Seurat對象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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手動下載GEO數(shù)據(jù)
當(dāng)直接用R函數(shù)getGEO下載表達譜信息和平臺信息報錯時，那就全都手動下載，下載GSE135820_series_matrix.txt.gz（包含表達譜和需要整理的Label...
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國自然課題干貨分享！銅死亡相關(guān)的ceRNA課題設(shè)計思路你還在為想不到國自然基金課題而發(fā)愁？作為碩士研究生、博士研究生，很快就要開題了，但是自己沒有找到課題的頭緒，整天在為開題的事情而發(fā)愁？現(xiàn)在好了，我們將銅死亡相關(guān)的ceRNA課...
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【細胞通訊】CellChat前面關(guān)于細胞通訊的理論學(xué)習(xí)提到過，鄰接型的傳遞主要包含我們所熟知的神經(jīng)信號傳遞和抗原呈遞，主要是細胞表明配體-受體的相互作用。而擴散型的信號傳遞方式則是以分泌蛋白為主，例如很...
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【細胞互作】細胞互作/通訊（一）古語云：天下大勢，合久必分，分久必合。可見，人類在漫長的文明發(fā)展過程中總結(jié)出來：合作是提高生產(chǎn)效率最好的辦法。而細胞在多細胞生命體形成之初就已經(jīng)明白了合作的重要性，各種細胞類...
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單細胞分析之細胞交互-5：NicheNet多組間互作比較常用的細胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲存受體、配體以及兩種相互作用...
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Seurat4.0系列教程1：標(biāo)準(zhǔn)流程時代的洪流奔涌而至，單細胞技術(shù)也從舊時王謝堂前燕，飛入尋常百姓家。雪崩的時候，沒有一片雪花是無辜的，你我也從素不相識，到被一起卷入單細胞天地。R語言和Seurat已以勢如破竹...
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