R語言繪圖包系列： R語言繪圖包01--優(yōu)秀的拼圖包patchwork[http://www.itdecent.cn/p/e57555d48c91] R語言繪圖包02--熱...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：云南
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R語言繪圖包08--森林圖的繪制：forestplot -
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復(fù)現(xiàn)一篇高分(IF = 11.274)孟德爾隨機(jī)化分析文章-day1
Title: Association between Human Blood Metabolome and the Risk of Alzheimer's Disease L...
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聚焦「 數(shù)據(jù)科學(xué) | 深度學(xué)習(xí) | 生命科學(xué) | Python | 機(jī)器學(xué)習(xí) 」等前沿交叉學(xué)科，定期分享理論教程與應(yīng)用實(shí)踐等。
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公眾號(hào) 生信小課堂
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COSG細(xì)胞標(biāo)記基因鑒定
基于余弦相似度的COSG算法，其核心思想是通過比較基因在n維細(xì)胞空間的向量夾角大小來描述基因在所有細(xì)胞中表達(dá)模式的相似性 ； 這里pd即panda，可以查詢pd.DataFr...
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文獻(xiàn)學(xué)習(xí)050--[sc+st]心臟成纖維細(xì)胞通過Htra3-TGF-β-IGFBP7軸調(diào)節(jié)心衰的發(fā)展組織纖維化和器官功能障礙是包括心力衰竭在內(nèi)的與年齡相關(guān)疾病的標(biāo)志，但這兩種事件是否存在共同的誘發(fā)途徑仍然未知。通過scRNA-seq、空間轉(zhuǎn)錄組和genetic pertur...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合-1：Harmony原理介紹和官網(wǎng)教程1. 原理介紹 官網(wǎng)：https://github.com/immunogenomics/harmony[https://github.com/immunogenomics/...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組亞群分析
作者：堯小飛審稿：童蒙編輯：angelica 引言 在上一篇文章單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組(Single cell RNA)概述，我們對(duì)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了簡(jiǎn)單的介紹及其分析必備所需矩陣的獲...
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老師您好，可以求分享一下sc_function.R文件嗎？
多個(gè)10x單細(xì)胞對(duì)象的合并和批次校正--seurat錨點(diǎn)整合+Harmony
練習(xí)數(shù)據(jù)集的GEO編號(hào)：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
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多個(gè)10x單細(xì)胞對(duì)象的合并和批次校正--seurat錨點(diǎn)整合+Harmony練習(xí)數(shù)據(jù)集的GEO編號(hào)：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
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Seurat包之導(dǎo)入單細(xì)胞數(shù)據(jù)方式匯總挖掘公共單細(xì)胞數(shù)據(jù)集時(shí)，會(huì)遇到常見各種單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)格式。現(xiàn)總結(jié)如下，方便自己日后調(diào)用，以創(chuàng)建Seurat對(duì)象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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手動(dòng)下載GEO數(shù)據(jù)
當(dāng)直接用R函數(shù)getGEO下載表達(dá)譜信息和平臺(tái)信息報(bào)錯(cuò)時(shí)，那就全都手動(dòng)下載，下載GSE135820_series_matrix.txt.gz（包含表達(dá)譜和需要整理的Label...
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國(guó)自然課題干貨分享！銅死亡相關(guān)的ceRNA課題設(shè)計(jì)思路你還在為想不到國(guó)自然基金課題而發(fā)愁？作為碩士研究生、博士研究生，很快就要開題了，但是自己沒有找到課題的頭緒，整天在為開題的事情而發(fā)愁？現(xiàn)在好了，我們將銅死亡相關(guān)的ceRNA課...
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【細(xì)胞通訊】CellChat前面關(guān)于細(xì)胞通訊的理論學(xué)習(xí)提到過，鄰接型的傳遞主要包含我們所熟知的神經(jīng)信號(hào)傳遞和抗原呈遞，主要是細(xì)胞表明配體-受體的相互作用。而擴(kuò)散型的信號(hào)傳遞方式則是以分泌蛋白為主，例如很...
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【細(xì)胞互作】細(xì)胞互作/通訊（一）古語云：天下大勢(shì)，合久必分，分久必合?？梢姡祟愒诼L(zhǎng)的文明發(fā)展過程中總結(jié)出來：合作是提高生產(chǎn)效率最好的辦法。而細(xì)胞在多細(xì)胞生命體形成之初就已經(jīng)明白了合作的重要性，各種細(xì)胞類...
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-5：NicheNet多組間互作比較常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲(chǔ)存受體、配體以及兩種相互作用...
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Seurat4.0系列教程1：標(biāo)準(zhǔn)流程時(shí)代的洪流奔涌而至，單細(xì)胞技術(shù)也從舊時(shí)王謝堂前燕，飛入尋常百姓家。雪崩的時(shí)候，沒有一片雪花是無辜的，你我也從素不相識(shí)，到被一起卷入單細(xì)胞天地。R語言和Seurat已以勢(shì)如破竹...
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