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    VCF格式

    劉小澤寫于18.7.17所有的數(shù)據(jù),一旦要找變異位點(diǎn)信息,就離不開VCF。豆豆也是在寫一個(gè)重測(cè)序的操作流程,遇到了VCF文本,之前也是沒有了解過,這次再多學(xué)一個(gè)格式官方最新說...

  • GATK4 多個(gè)樣本GenotypeGVCFs前用 CombineGVCFs還是GenomicsDBImport

    我們知道,GATK 4 多個(gè)樣本joint genotyping用模塊GenotypeGVCFs, 目前GenotypeGVCFs只支持以下三種形式的輸入文件:1)a sin...

  • NGS數(shù)據(jù)下載

    本來想重復(fù)冷泉港Lippman 2017年在Cell上的一篇文章:Bypassing Negative Epistasis on Yield in Tomato Impose...

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    3. SNP Calling

    以GATK流程為例,簡單來說,SNP Calling主要包括以下幾步: 1. 給參考基因組建立索引:samtools faidx、bwa index, gatk Create...

  • 如何成為有效學(xué)習(xí)的高手

    最近在得到聽了這篇文章,感覺比較有用,會(huì)隨聽隨更新。 Day 1:高效學(xué)習(xí)的定義。 高效學(xué)習(xí),即找到最適合自己的學(xué)習(xí)手法,在相對(duì)短的時(shí)間內(nèi)集中注意力,以解決一個(gè)工作和生活當(dāng)中...

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    2. BSA的原理

    BSA(Bulked Segregant Analysis),集群分離分析或分離群體分組分析法。兩個(gè)特點(diǎn):1. 混池2. 性狀分離所以,BSA可以稱之為分析有性狀分離的群體分...

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    1. 熱身(案例及實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì))

    什么是BSA-seq BSA(Bulked Sergeant Analysis),即分離體分組混合分析法,也稱為集群分離分析法或混合分組分析法,是從近等基因系分析法演變而來的...

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