1.沒有賬號(hào)的需要先注冊(cè)，審核要三天左右，如果學(xué)校之前沒人購買過，一般不會(huì)給你審核。這時(shí)候就直接發(fā)郵件購買，在它們的官網(wǎng)下載購買模板，然后填寫信息。 他們收到訂單之后，返回需...
發(fā)簡信
IP屬地：江西
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拼接序列為什么會(huì)出現(xiàn)短序列？擴(kuò)增子測序雙末端序列拼接的時(shí)候，往往會(huì)出現(xiàn)短序列 這些小于400bp一下的序列是否屬于我們想要的呢？ 短序列93 短序列146 短序列294 過濾長度小于396的序列 過濾所...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負(fù)了努力
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IQ-TREE的使用 - 超快速用極大似然法構(gòu)建進(jìn)化樹
寫在前面 我知道IQ-tree已經(jīng)有很長一段時(shí)間了。不過我一直并沒有使用它。主要原因是，常用的快速構(gòu)建ML樹的軟件是FastTree，如果要求準(zhǔn)確，我會(huì)在服務(wù)器上使用RaxM...
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ANI AAI TETRA Mash比較基因組導(dǎo)讀 比較平均核酸一致性average nucleotide identity（ANI）和氨基酸一致性amino acid identity（AAI）是比較基因組常用的兩種基...
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使用anvi'o 進(jìn)行微生物pangenomics泛基因組分析1.數(shù)據(jù)下載 2.數(shù)據(jù)解壓 2.泛基因組數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建 泛基因組分析 后面還可以對(duì)其泛基因組功能進(jìn)行分析，感興趣的大家去anvio網(wǎng)站學(xué)習(xí)吧！
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10-【BPGA】的安裝和使用
安裝時(shí)間：2021.2.17 1. 簡介 BPGA是一款快速的泛基因組分析軟件。似乎好像在windows上安裝較為方便。在Linux下沒有conda安裝版本，只能手動(dòng)進(jìn)行安裝...
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GTDB-tk注釋細(xì)菌基因組文獻(xiàn) 1標(biāo)題：A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea[https://www.natur...
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物種進(jìn)化樹構(gòu)建
使用單拷貝基因畫物種進(jìn)化樹 所需軟件： 步驟： python 腳本更改物種蛋白序列的ID 2)更改各個(gè)物種蛋白庫文件的名字，與序列ID的名字前半部分一致；例如Amborell...
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CA (Correspondence Analysis)筆記內(nèi)容：CA(Correspondence Analysis)CA的R實(shí)現(xiàn)、作圖及解讀與logistic regression的差別 CA(Correspondence A...
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建細(xì)菌進(jìn)化樹的策略前面寫了16S rDNA進(jìn)化樹[http://www.itdecent.cn/p/1738195eb1aa]。關(guān)于細(xì)菌基因組水平，下面記錄這篇文章用了三種不同的流程reco...
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2021-06-07 AAI計(jì)算一、AAI 氨基酸一致性amino acid identity（AAI）是獲得屬或更高分類群分類結(jié)構(gòu)的一種客觀方法。常用工具： CompareM：github說明[https...
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6-【FasTtree、RAxML-NG、IQtree】的安裝和使用（2021.3.16更新）初次記錄時(shí)間：2021.2.5 3.12更新說明：ML建樹對(duì)與模型的替代選擇比較敏感，因此增加了第四部分推測最佳模型的方法：jModeltest和ProtTest。3.16更...
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2021-6-7 UBCG使用一、軟件說明 引用此軟件：Na, S. I., Kim, Y. O., Yoon, S. H., Ha, S. M., Baek, I. & Chun, J. (2018)....
