測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw r...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
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TCGA數(shù)據(jù)差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選，多因素cox建模，時(shí)間依賴ROC曲線及KM plot可視化） -
寶藏R包：TCGA的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘一站搞定
最近在看ceRNA的時(shí)候看到了一個(gè)寶藏R包，寫(xiě)包簡(jiǎn)化了芯片數(shù)據(jù)下游分析之后，我正想著寫(xiě)轉(zhuǎn)錄組下游分析的簡(jiǎn)化版，就看到了它。用起來(lái)~ 0.R包和數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 這里使用的是作者給的示...
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有些小錯(cuò)誤
TCGA數(shù)據(jù)下載-R包TCGAbiolinks下載數(shù)據(jù)
TCGAbiolinks 是一個(gè)用于TCGA數(shù)據(jù)綜合分析的R/BioConductor軟件包，能夠通過(guò)GDC Application Programming Interfac...
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TCGA文章復(fù)現(xiàn)——LncRNA-CRC預(yù)后Title:An Integrated Three-Long Non-coding RNA Signature Predicts Prognosis in Colorecta...
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ensembl_id轉(zhuǎn)換之兩種方法比較
一個(gè)基因在不同的數(shù)據(jù)庫(kù)有不同的名字：1.Entrez gene ID：我們一般說(shuō)的Gnen ID即Entrez gene ID，是用一串?dāng)?shù)字表示的（在NCBI里面用）2.Ge...
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強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)合的基因ID轉(zhuǎn)換劉小澤寫(xiě)于2020.5.28Ensemble轉(zhuǎn)Symbol其實(shí)不是這么簡(jiǎn)單，問(wèn)題百出，需要留意 0 今天遇到一個(gè)需求，先來(lái)看看 有這樣的四個(gè)文件，每個(gè)文件中都有兩列Ensem...
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從biomaRt到clusterProfiler
1.安裝 R 版本為3.5以上的需要以下命令 如果提示缺哪個(gè)包，則用以下命令安裝： 2.生物學(xué)ID轉(zhuǎn)換 ——做KEGG和GO分析之前需要對(duì)非NCBI ID的轉(zhuǎn)換為NCBI I...
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篩個(gè)差異基因?yàn)槭裁淳?分了？
今天跟大家分享的是2019年3月發(fā)表在J.Crohns.Colitis （IF：7.827）雜志上的一篇文章High-Throughput Identification of...
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TCGA數(shù)據(jù)下載-R包TCGAbiolinks下載數(shù)據(jù)
TCGAbiolinks 是一個(gè)用于TCGA數(shù)據(jù)綜合分析的R/BioConductor軟件包，能夠通過(guò)GDC Application Programming Interfac...
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數(shù)據(jù)分析|R-缺失值處理
本版塊打算分享一些數(shù)據(jù)分析過(guò)程中用到的數(shù)據(jù)清洗，統(tǒng)計(jì)分析，建立簡(jiǎn)單模型等。 拿到數(shù)據(jù)后，在清楚了分析需求后，別急著各種統(tǒng)計(jì)、模型一塊上，先給數(shù)據(jù)做個(gè)“清潔”再說(shuō)。數(shù)據(jù)中往往會(huì)...
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喜歡寫(xiě)代碼的外科醫(yī)生。
