clusterProfiler 是業(yè)界大神Y叔寫的一個(gè)R包，可以用來做各種富集分析，如GO、KEGG、DO（Disease Ontology analysis）、Reacto...
IP屬地：北京
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GEO數(shù)據(jù)挖掘小嘗試：（三）利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析 -
你到底想要什么樣的umap/tsne圖？隨著生物學(xué)背景知識(shí)的增加，單細(xì)胞圖譜的可視化直接用10X的Loup或者seurat的Dimplot函數(shù)直接繪制的umap/tsne圖往往很難達(dá)到要求了，這就要求我們提高繪圖技...
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scRNAseq || 堆疊小提琴圖(StackedVlnPlot)的4種實(shí)現(xiàn)方式??最近一直在學(xué)習(xí)單細(xì)胞方面的知識(shí)，無意中看到別人的帖子在分享如何畫堆疊的小提琴圖(StackedVlnPlot)，順便就學(xué)習(xí)了一下。發(fā)現(xiàn)StackedVlnPlot圖確實(shí)看...
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討厭又迷人的reads去重復(fù)在NGS分析入門階段，我們不需要考慮太多的細(xì)節(jié)，只用知道一個(gè)分析的大致流程并完整跑下來即可。太多的細(xì)節(jié)，只會(huì)讓我們對(duì)于分析產(chǎn)生莫須有的恐懼，因此一些“無關(guān)緊要“細(xì)節(jié)就被我們刻...
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【單細(xì)胞入門必讀】單細(xì)胞RNA-seq技術(shù)和數(shù)據(jù)分析簡介
Single-Cell RNA-Seq Technologies and Related Computational Data Analysis 單細(xì)胞RNA測序(scRNA...
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RNA-seq完整分析過程linux基本命令 第六章 Linux文件與目錄管理 極客學(xué)院服務(wù)器 高通量相關(guān)基礎(chǔ)知識(shí) 生信一百講 1、 Anaconda Anaconda是一個(gè)Python下和Canop...
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中心極限定理的最最通俗解釋一、什么是中心極限定理 在適當(dāng)?shù)臈l件下，大量相互獨(dú)立隨機(jī)變量的均值經(jīng)適當(dāng)標(biāo)準(zhǔn)化后依分布收斂于正態(tài)分布。每次從這些總體中隨機(jī)抽取 n 個(gè)抽樣，一共抽 m 次。 然后把這 m 組...
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NGS 數(shù)據(jù)過濾之 Trimmomatic 詳細(xì)說明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數(shù)據(jù)過濾對(duì)后續(xù)分析至關(guān)重要，去除一些無用的序列也可以提高后續(xù)分析的準(zhǔn)確率和效率。Trimmomatic 是...
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（避坑）samtools bedcov 和 bedtools coverage 的區(qū)別
今天在Biostar上看到了這個(gè)關(guān)于samtools bedcov vs. bedtools coverage 問題的討論（https://www.biostars.org...
