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【R語(yǔ)言】解決GO富集分析繪圖，標(biāo)簽重疊問(wèn)題前面小編給大家詳細(xì)介紹過(guò) ?GO簡(jiǎn)介及GO富集結(jié)果解讀[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s%...
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作者大大，請(qǐng)問(wèn)定量分析那里篩選出顯著相關(guān)且相關(guān)系數(shù)的絕對(duì)值大于 0.6 的基因，0.6我篩出來(lái)的基因太少?zèng)]有顯著富集的通路，可以改成0.1嗎，這樣合理嗎？
TCGA 數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn) —— GSVA、ssGSEA 和單基因富集分析
前言 前面，我們介紹過(guò)了差異基因的功能富集分析，今天，我們對(duì)這部分的內(nèi)容作一些補(bǔ)充 主要介紹一下 GEVA、ssGSEA 和單基因的富集分析 GSVA 我們知道，GSEA 富...
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請(qǐng)問(wèn)對(duì)正負(fù)基因做富集應(yīng)該怎么做呢
基因相關(guān)性的計(jì)算
在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組解析肥厚性心肌病發(fā)病機(jī)制[http://www.itdecent.cn/p/f270b9431427]里面看到計(jì)算某基因與其它基因的相關(guān)性 方法里寫(xiě)的是這樣做...
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gelnet(X, y, l1, l2)
Error in gelnet(X, y, l1, l2) : Unknown label type
y must be a numeric vector, a 2-level factor or NULL，請(qǐng)問(wèn)這個(gè)怎么解決呢TCGA 數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn) —— 干性指數(shù)（mRNAsi、mDNAsi）
前言 干細(xì)胞(stem cells, SC)是人體內(nèi)具有自我復(fù)制和多向分化潛能的原始細(xì)胞，而這種自我更新和分化為成熟細(xì)胞的能力稱(chēng)為干性 腫瘤干細(xì)胞 (cancer stem ...
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請(qǐng)問(wèn)你解決了嗎
cMAP新版clue的使用——query
之前在Connectivity Map(cMap)的探索應(yīng)用（二）中提到了兩種cmap在線(xiàn)分析網(wǎng)站，一個(gè)是build2 ；另一個(gè)是CLUE平臺(tái)。bulid2在cMAP在線(xiàn)分析...
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你好，我的計(jì)算量太大，您文章中說(shuō)的用亞群的平均表達(dá)量來(lái)計(jì)算具體應(yīng)該怎么做呢？
ReactomeGSA：高效的單細(xì)胞通路分析工具
前情提要： SPATA：基因集驅(qū)動(dòng)的空間轉(zhuǎn)錄組分析框架[http://www.itdecent.cn/p/81ce67b27529]enrichplot||基因富集結(jié)果可視...
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差異分析|使用limma包獲取本章節(jié)數(shù)據(jù)和代碼：關(guān)注微信公眾號(hào)：小杜的生信筆記（ID：Du_Bioinformatics），回復(fù)關(guān)鍵詞：limma差異分析 ----------------------...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)構(gòu)建肝細(xì)胞癌的免疫抑制譜人肝細(xì)胞癌是一種高死亡率的原發(fā)性肝癌，也是全球范圍最常見(jiàn)的惡性腫瘤之一。遺傳、表觀遺傳改變和病毒感染是肝癌的主要誘發(fā)因素。由于復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移率高，肝細(xì)胞癌的死亡率較高。為了研究人...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘-第四期-肝細(xì)胞癌（HCC）
文章來(lái)源：生信技能樹(shù)原文：GEO數(shù)據(jù)挖掘-第四期-肝細(xì)胞癌（HCC） 疾病背景 肝細(xì)胞癌（HCC），起源于肝細(xì)胞，是全球第七大常見(jiàn)癌癥。 每年全球約診斷HCC病例50萬(wàn)例，約...
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單細(xì)胞分析實(shí)錄(12): 如何推斷腫瘤細(xì)胞
公眾號(hào)后臺(tái)回復(fù)20210418，獲取本文的測(cè)試數(shù)據(jù) 1. 回顧 前面我已經(jīng)講解了inferCNV的基本用法[http://www.itdecent.cn/p/c01f56b...
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2022-01-17 多個(gè)樣本單細(xì)胞分析流程讀數(shù)據(jù) 合并數(shù)據(jù)，創(chuàng)建seurat對(duì)象 合并樣本的數(shù)據(jù)可以使用cbind（） 基因數(shù)相同時(shí)或者用merge（） ...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負(fù)了努力
