轉(zhuǎn)錄組分析（三）--GO及KEGG富集分析及可視化（包括條形圖及氣泡圖）（對差異基因的可視化）GO分析（上下調(diào)基因分開做，可用于BP,CC,MF分開畫圖） GO分析（上下調(diào)一起做，強(qiáng)烈推薦，可以看整體結(jié)果，并可選取其中的部分畫圖） GO 條形圖（上下調(diào)一起，不過BP,...
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2025-05-02 | GWAS分析-包含LD信息的Locuszoom圖的繪制在進(jìn)行GWAS分析之后呢，我們通常會通過LD clumpping得到lead SNP，然而這些lead SNP在基因組中會與其他SNP有比較強(qiáng)烈的連鎖，這時就需要我們以圖的形...
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跟著Nature Communications學(xué)作圖：R語言ggtern包畫三元相圖（Ternary plots ）論文 A highly conserved core bacterial microbiota with nitrogen-fixation capacity inhabit...
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文獻(xiàn)分享 | Nat Genet：常見 SNP 可以解釋人類身高的大部分遺傳因素●英文題目：《Common SNPs explain a large proportion of the heritability for human height》 ●期刊...
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@碎冰冰_60d6 如果要計算會很麻煩哦，要知道SNP的連鎖信息以及重組率等等，所以我記得這幾個需要遺傳距離的軟件我們一般用物理距離代替了
群體適應(yīng)性分析——選擇信號
●選擇信號：生物在自然選擇或人工選擇過程中，由于選擇作用在基因組上留下的遺傳多態(tài)性降低、連鎖不平衡等選擇印記?！襁x擇性清除（selective sweep）：受選擇基因座位的...
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組會論文 | Nat Genet：大規(guī)模多性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析鑒定數(shù)百個青光眼風(fēng)險位點(diǎn)《Large-scale multitrait genome-wide association analyses identify hundreds of glaucoma ...
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2024-11-30 | 群體遺傳變異——SNP及INDEL calling進(jìn)行群體遺傳學(xué)分析的前提是我們得得到變異信息，之前已經(jīng)介紹了如何進(jìn)行CNV的識別，那么本文來介紹下如何識別基因組中分布更多、更常見的變異SNP（INDEL順帶） 二代測序 r...
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@假如我重生了 就是盡可能把每個snp按照他本來的基因組位置排上去，這樣接近實(shí)際情況
2024-09-05 | ggplot繪制曼哈頓圖----受夠了有些包的自定義限制
整體腳本如下，需要你的文件包含CHR BP P三列，無所謂順序，也無所謂有啥其他列，只要有這三列即可 結(jié)果如下
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2024-10-16 | GWAS數(shù)據(jù)SNP rsID的注釋
當(dāng)我們拿到某個研究的GWAS summary data時，因?yàn)榇蠖嗍嵌鷾y序的緣故，它的SNP ID可能不是正常的rsid，但是，我們下游有些分析卻要用到rsid，這時我們會...
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2024-09-05 | ggplot繪制曼哈頓圖----受夠了有些包的自定義限制整體腳本如下，需要你的文件包含CHR BP P三列，無所謂順序，也無所謂有啥其他列，只要有這三列即可 結(jié)果如下
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2024-08-31 | mwget----wget的升級版，超快的下載工具
mwget，m就是multi多線程的意思。mwget是wget的升級版，支持多線程下載，且默認(rèn)為短點(diǎn)續(xù)傳。 1、軟件安裝 當(dāng)然，我是推薦直接在github下載編譯好的包的，省...
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【Python生信編程筆記】一 、介紹最近想學(xué)一下生信編程，但是由于自己是生物專業(yè)，對計算機(jī)編程也不是太了解，所以感覺還是有很大困難。其實(shí)自己對編程還是有一定興趣，以前也有自學(xué)過JAVA，不過現(xiàn)在大家編程好像都用...
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2024-04-11 | Jupyter Book & Github Pages--撰寫網(wǎng)頁書
在我們學(xué)習(xí)某些東西的時候，經(jīng)常會用pdf、markdown文件或者ipynb文件等去記錄一些分析過程，但是如果文件比較多并且比較長的時候，后面查閱起來會很麻煩。因此，想著用J...
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2024-04-09 | ggplot各種圖展示最近在學(xué)習(xí)R，在這里介紹下ggplot繪制的各種圖形及代碼，還是非常好用的 1 數(shù)據(jù) 用的數(shù)據(jù)是R中自帶的mpg數(shù)據(jù)集，長這樣（部分） manufacturermodeldi...
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scRNA-seq｜Seurat 整合分析簡介 單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)集的整合（例如跨實(shí)驗(yàn)批次、供體或條件）通常是 scRNA-seq 工作流程中的重要步驟。整合分析可以幫助匹配跨數(shù)據(jù)集的共享細(xì)胞類型和狀態(tài)，這可以提高統(tǒng)計能...