一：軟件安裝 二：程序運行 1.wgd mcl鑒定基因組內(nèi)的同源基因 輸出文件夾里面有兩個文件： *.tsv: BLASTP的outfmt6輸出結果*.tsv.mcl: MC...
發(fā)簡信
IP屬地：吉林
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WGD全基因組復制 -
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mcmctree估算物種分歧時間推斷物種系統(tǒng)發(fā)育關系以及分歧時間對探討物種起源與演化具有重要意義。通過最大似然法（ML）構建物種進化樹以及估算物種分化時間在比較基因組學的研究進展中已經(jīng)成為了必不可少的“套路...
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2022《Cell》枯葉蛺蝶屬揭示山地生物多樣性演化和遺傳機制生物多樣性包括 物種多樣性、遺傳多樣性和生態(tài)系統(tǒng)多樣性，其成因是生物學中的核心問題之一。陸地環(huán)境中，山區(qū)生態(tài)系統(tǒng)蘊藏著異常多樣的陸地生物多樣性，可能的解釋包括巨大的海拔梯度變...
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學會正確選擇多序列比對（coding-sequences）軟件前幾天，實驗室的師弟師妹通過本地blast獲取一些沒有基因組注釋物種的蛋白編碼序列。原本以為可以快速地進行下一步的選擇壓力分析，沒想到卻在多序列比對這一環(huán)節(jié)出現(xiàn)了棘手的問題。...
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純二代測序從頭組裝基因組基因組組裝 基因組組裝一般分為三個層次，contig, scaffold和chromosomes. contig表示從大規(guī)模測序得到的短讀(reads)中找到的一致性序列。組...
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如何處理組裝中的污染序列
轉自：https://mp.weixin.qq.com/s/8t7rNrp82tnoTW5LN_ck3g[https://mp.weixin.qq.com/s/8t7rNrp...
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學習Linux的循環(huán): 批量blast
最常用的Linux循環(huán)應該是for和while，記錄兩個直接輸入command的實例（輸出Ta開頭的所有文件名字）： 開始正片：使用同一個query批量blast文件夾下所有...
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八個題目帶你看懂正則表達式前言 無論是寫代碼還是腳本，當我們要處理字符串或者提煉重要信息的時候，正則表達式都可以是我們的好幫手。 不過很多同學都有一種這樣的感觸，正則 = 天書 ，比如下面的郵箱表達式...
