個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問(wèn))
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：云南
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@小鐘不吃香菜 他本身就已經(jīng)排好序了吧？
使用TBtools進(jìn)行本地blast并根據(jù)blast結(jié)果提取相關(guān)序列
TBtools 是一個(gè)集合了超多生信處理的小工具，非常方便，而且是無(wú)命令行的操作，入門(mén)門(mén)檻極低。開(kāi)發(fā)者是華南農(nóng)業(yè)大學(xué)陳程杰博士，TBtools文章地址：https://www...
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不太清楚你這什么情況，但是你那路徑上有三個(gè)問(wèn)號(hào) 你看看是不是路徑上有中文
Rstudio WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please do...
最近安裝R包時(shí)出現(xiàn)“WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installe...
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我沒(méi)用biogeo 不過(guò)這個(gè)擴(kuò)散事件，你重建了之后應(yīng)該就有的
使用BAMM估算分化速率
BAMM(Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures)是一種根據(jù)系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)對(duì)物種形成、滅絕和性狀進(jìn)化的復(fù)雜動(dòng)力學(xué)建模的程序...
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應(yīng)該沒(méi)那么慢吧 不知道你那數(shù)據(jù)量多大 我這200個(gè)樣的數(shù)據(jù)也是幾個(gè)小時(shí)就跑完了
使用bammtools對(duì)bamm分析結(jié)果可視化
BAMM的全稱(chēng)是Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures，使用的方法就是貝葉斯，運(yùn)行后首先就要看看運(yùn)行是否收斂 結(jié)果如下...
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您好：我在wgd ksd 這一步報(bào)錯(cuò)了，能幫忙看一下么
報(bào)錯(cuò)信息很長(zhǎng)，結(jié)尾大概是這樣
_parse_codeml_out(codeml_out='/home/uni08/cmunego/software/wgd/example/test/ks_tmp.3b8ab51173d958/GF_000001.codeml')
63 likelihood = re.compile('lnL\s*=(\D*\d+.\d+)')
64
65 # read codeml output file
66 with open(codeml_out, 'r') as f:
67 fcont = f.read()
---> 68 n = int(fcont.split("\n")[3].split()[2].strip())
n = undefined
fcont.split.split.strip = undefined
69 codeml_results = fcont.split('pairwise comparison')[-1].split("\n\n\n")[1:]
70 if len(codeml_results) != n*(n-1)/2:
71 logging.error("Not all gene pairs present in {}".format(codeml_out))
72 return None, None
IndexError: list index out of rangeWGD全基因組復(fù)制
一：軟件安裝 二：程序運(yùn)行 1.wgd mcl鑒定基因組內(nèi)的同源基因 輸出文件夾里面有兩個(gè)文件： *.tsv: BLASTP的outfmt6輸出結(jié)果*.tsv.mcl: MC...
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WGD全基因組復(fù)制一：軟件安裝 二：程序運(yùn)行 1.wgd mcl鑒定基因組內(nèi)的同源基因 輸出文件夾里面有兩個(gè)文件： *.tsv: BLASTP的outfmt6輸出結(jié)果*.tsv.mcl: MC...
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@Yorleleiyo 提最長(zhǎng)的
使用paml計(jì)算kaks值練習(xí)
感謝大壯大佬的教程，教程來(lái)源 https://zhuanlan.zhihu.com/p/105159767[https://zhuanlan.zhihu.com/p/1051...
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使用bammtools對(duì)bamm分析結(jié)果可視化BAMM的全稱(chēng)是Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures，使用的方法就是貝葉斯，運(yùn)行后首先就要看看運(yùn)行是否收斂 結(jié)果如下...
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@王雪琴_e546 提示你文件是空的 你看看自己的命令有沒(méi)有什么問(wèn)題
細(xì)胞器基因組（葉綠體、線粒體）組裝神器GetOrganelle介紹
GetOrganelle是中國(guó)科學(xué)院昆明植物研究所金建軍和郁文彬兩位老師共同開(kāi)發(fā)的質(zhì)體組裝軟件，論文發(fā)表在Genome Biology[https://genomebiolo...
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使用blast建立數(shù)據(jù)庫(kù)并提取相關(guān)序列
1. 安裝blast 2. BLAST數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建 3. 運(yùn)行blast 從上一步中獲得的blast結(jié)果的list，blast結(jié)果文件中只能提取比對(duì)上的相同字段，不能提取bl...
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使用gmap 進(jìn)行基因組結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
可以直接用conda安裝 如下步驟假設(shè)你有一個(gè)基因組序列和一個(gè)參考的同種或近緣CDS序列，分別命名為"genome.fa"和"cds.fa" （其中g(shù)enome是作為refe...
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用excel vlookup函數(shù)根據(jù)表格中某一列的部分?jǐn)?shù)據(jù)提取對(duì)應(yīng)行的全部?jī)?nèi)容list沒(méi)有換行，可以復(fù)制到word中，將分隔符換成 ^p進(jìn)行換行 1. 復(fù)制母表格 2. 在復(fù)制的表格中新建一個(gè)sheet 3. 將目標(biāo)列復(fù)制到新sheet的第一列，第一行...
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基因組結(jié)構(gòu)注釋1. 組裝基因組質(zhì)控 得到組裝好的基因組序列之后，首先要使用多種方法評(píng)估組裝質(zhì)量。這里用到2款可用于基因組組裝質(zhì)量評(píng)估的軟件——QUAST和BUSCO。 1.1 quast—...
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kill命令結(jié)束后臺(tái)任務(wù)
先用top -l 查看正在后臺(tái)運(yùn)行的任務(wù) kill [PID] 按PID名字結(jié)束后臺(tái)任務(wù)killall -9 [COMMAND] 結(jié)束所有相同COMMAND的任務(wù)如 就刪除...
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Error in check.tree(tree) : 'tree' must be ultrametric系統(tǒng)樹(shù)不是二叉樹(shù)的解決方法
很多軟件運(yùn)行需要二叉樹(shù)，但是往往我們運(yùn)行得到的不是標(biāo)準(zhǔn)二叉樹(shù)，可以使用ape R 包進(jìn)行轉(zhuǎn)換報(bào)錯(cuò)信息：Error in check.tree(tree) : 'tree' m...
