Smart-seq： Smart-seq2的前身是Smart-seq，它是首個用于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序的方法。Smart-seq的提出可以追溯到2012年，它的原理是通過在反轉(zhuǎn)錄...
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Smart-seq2(一)
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cellranger(三)
4.cellranger aggr[https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/...
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cellranger(二)
使用 cellranger提供了五個分析模塊用于分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組相關(guān)產(chǎn)品 1.cellranger mkfastq[https://support.10xgenomics.c...
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cellranger(一)
上一節(jié)我們學(xué)習(xí)了10X Genomics[http://bioschool.cn/omics/scrna/10x-genomics/]的測序原理，這節(jié)我們來看看如何使用官方推...
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Linux命令 grep
grep 是一個在Linux/Unix系統(tǒng)中用于搜索文本的強大命令。它通過正則表達式來匹配文本，并輸出包含匹配模式的行。以下是 grep 命令的基本用法和一些常見選項。 基本...
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單細(xì)胞ATAC分析標(biāo)準(zhǔn)流程（詳細(xì)版）背景：單細(xì)胞ATAC分析流程介紹。 1.為什么做單細(xì)胞ATAC分析？ 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析的是單細(xì)胞分辨率上不同細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)錄組（mRNA）差異，由中心法則可以知道，生物發(fā)生的過...
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Trimmomatic數(shù)據(jù)質(zhì)控
生信分析中最常見的數(shù)據(jù)格式應(yīng)該就是fastq了。我們最初拿到的數(shù)據(jù)也是fastq格式。通常情況下，原始下機數(shù)據(jù)經(jīng)過拆分之后獲得的數(shù)據(jù)中會包含有低質(zhì)量、N(未知堿基)、接頭序列...
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Linux命令 awk案例
使用的示例文件如下： 輸出指定列： 指定分隔符： 注：FS的優(yōu)先級高于-F，即同時指定-F和FS時會使用FS參數(shù) 插入字段： 解釋：默認(rèn)-F參數(shù)為空白或者Tab鍵，1表示第一...
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Linux命令 awk
簡介 AWK[https://www.gnu.org/software/gawk/manual/gawk.html] 是一種處理文本文件的語言，是一個強大的文本分析工具。 之...
