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IQtree：使用 SNP 數(shù)據(jù)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)IQ-tree也是一款最大似然法構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)的軟件，目前IQ-tree已經(jīng)更新到2.0版本功能和性能也有很大的提升，主要有四大功能，高效建樹(shù)（ef...
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水稻轉(zhuǎn)錄組分析Hisat2+Stringtie+Deseq2
關(guān)于流程： Nature Communications 文章 《Gaining comprehensive biological insight...
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snpEff注釋水稻基因組1安裝方法 首先安裝好java環(huán)境，通過(guò)官網(wǎng)下載最新版本的軟件壓縮包，然后解壓即可，最好安裝在自己熟悉的目錄下。 java檢測(cè) java -ve...
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dos2unix安裝
軟件地址https://sourceforge.net/projects/dos2unix/ 1.服務(wù)器上下載 wget https://zen...
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安裝htslib
最開(kāi)始準(zhǔn)備克隆代碼，老是出錯(cuò) git clone --recurse-submodules https://github.com/samtool...
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ANNOVAR注釋水稻基因組
軟件： 1gffread conda install -c bioconda gffread gffread NIP-T2T.gff3 -T -...
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BSA 操作實(shí)戰(zhàn)
2.1. bwa建立索引文件 bwa index-a bwtsw-p zm437/home/chaim/disk/zm437/Zea_mays....