IQ-tree也是一款最大似然法構(gòu)建進化樹的軟件，目前IQ-tree已經(jīng)更新到2.0版本功能和性能也有很大的提升，主要有四大功能，高效建樹（efficient tree re...
IP屬地：廣東
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IQtree：使用 SNP 數(shù)據(jù)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹 -
RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析一、安裝軟件 1、HISAT2 將reads比對到基因組上 2、StringTie 將比對好的reads進行拼裝并預計表達水平 3、SAM tools 課上已經(jīng)用sudo a...
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水稻轉(zhuǎn)錄組分析Hisat2+Stringtie+Deseq2
關(guān)于流程： Nature Communications 文章 《Gaining comprehensive biological insight into the trano...
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snpEff注釋水稻基因組1安裝方法 首先安裝好java環(huán)境，通過官網(wǎng)下載最新版本的軟件壓縮包，然后解壓即可，最好安裝在自己熟悉的目錄下。 java檢測 java -version 配置數(shù)據(jù)庫 有一些...
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dos2unix安裝
軟件地址https://sourceforge.net/projects/dos2unix/ 1.服務器上下載 wget https://zenlayer.dl.source...
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ANNOVAR注釋水稻基因組
軟件： 1gffread conda install -c bioconda gffread gffread NIP-T2T.gff3 -T -o nip_t2t.gtf 2...
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最后結(jié)果沒看懂，顯著位點是Chr1__272173254。但是最后區(qū)間怎么是Chr1__272167657:Chr1__272167710，怎么會不包含顯著位點？
11.GWAS：確定候選區(qū)間
確定了與表型顯著的SNP位點后，通常會選擇在顯著性位點所在位置前后，各一定的距離內(nèi)，確定候選區(qū)間，進行候選基因挖掘，而這個距離如何確定？9.5 GWAS顯著SNP篩選及曼哈頓...
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BSA 操作實戰(zhàn)
2.1. bwa建立索引文件 bwa index-a bwtsw-p zm437/home/chaim/disk/zm437/Zea_mays.AGPv4.dna.tople...
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您好 (6) 將野生型親本的reads重新比對到新構(gòu)建的野生型參考基因組上
找由于錯配導致的變異位點，用于后續(xù)的排除和過濾
使用軟件：bwa、cover refine、cover call 這個里面用的軟件找不見呀使用MutMap快速定位突變基因：流程篇
在上一篇文章《使用MutMap快速定位突變基因：原理篇》中，我對MutMap的原理進行的簡單的介紹。在本篇教程中，我會對MutMap分析的流程及分析過程中使用到的軟件及其參數(shù)...
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@wo_monic 我也是突變體，我是黃瓜，有一個雜合種子之后自交后分離，我用分離之后的正常表型和突變表型去混兩個池，用這兩個池去找snp。。。。你這是沒有做雜交，之后用原始野生型和突變后代做的混池啊。。。。那你還在“二、GATK變異檢測”的“1.2合并之前生成的GVCF文件到一個文件?！敝邪延H本野生型和突變后代找i出的snp和一起再去和參考基因組比。。?？梢詥?？
BSA分析：GATK4的使用(包括bwa)
注意：版本不同，命令會不一致。一定要用對應的版本。 需要登錄google賬戶 GATK3的下載地址[https://console.cloud.google.com/stor...
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BSA分析：GATK4的使用(包括bwa)
注意：版本不同，命令會不一致。一定要用對應的版本。 需要登錄google賬戶 GATK3的下載地址[https://console.cloud.google.com/stor...
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您好我在看您的文章，BSA分析：GATK4的使用(包括bwa)，里面有一點不懂，就是二、GATK變異檢測的1.21.2合并之前生成的GVCF文件到一個文件 這個是把兩個子代的池的測序數(shù)據(jù)合并？我按這個合并出來之后跑完之后出現(xiàn)的是每個染色體每個位置的突變，而不是一般混池的結(jié)果（每個染色體每個位置是兩個子代池的突變情況）。。。您這2447-20和119-8是兩個子代池的代碼嗎？？還有一開始介紹的數(shù)據(jù)存放位置，里面的數(shù)據(jù)119-8測序原始數(shù)據(jù)1和119-8測序原始數(shù)據(jù)2，還有那個origin 是怎么回事呀。。。我的測序數(shù)據(jù)只有4個文件（2個子代池，每個子代池的正反測序數(shù)據(jù)）。請教您一下。。
BSA分析：GATK4的使用(包括bwa)
注意：版本不同，命令會不一致。一定要用對應的版本。 需要登錄google賬戶 GATK3的下載地址[https://console.cloud.google.com/stor...
