距離上一次寫(xiě)博客，已經(jīng)是上一次了。 之前已經(jīng)有生信菜鳥(niǎo)團(tuán)前輩寫(xiě)過(guò)關(guān)于Treemix的分析，但值得關(guān)注的是，現(xiàn)在的軟件大部分都只適用于二倍體，那今天介紹一下四倍體怎么進(jìn)行Tre...
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【群體遺傳】Treemix四倍體分析 & 最優(yōu)m值選擇 -
重測(cè)序分析（15）GWAS分析實(shí)操（1）gwas_emmax介紹如何使用SNP數(shù)據(jù)進(jìn)行GWAS分析，軟件選擇為emmax和tassel。 軟件選擇 emmaxplinkqqmanCMplot 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 vcf文件：all_snp.vc...
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重測(cè)序分析（18）GWAS分析實(shí)操（4）gwas_tassel_mlm混合線性模型MLM：GLM模型中，如果兩個(gè)表型差異很大，但群體本身還含有其他的遺傳差異（如地域等），則那些與該表型無(wú)關(guān)的遺傳差異也會(huì)影響到相關(guān)性。MLM模型可以把群體結(jié)構(gòu)的影...
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2022-12-14使用bedtools進(jìn)行g(shù)was基因注釋GWAS分析中，找到顯著性SNP，需要注釋，才能找到候選的基因。 什么是注釋呢？我們知道，GWAS的依據(jù)是snp與控制性狀的基因處于LD狀態(tài)，所以，我們才能推斷顯著性的SNP...
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各種文章中的關(guān)于有害突變的介紹及如何尋找及打分
1.zhangle(大論文） 所有SNPs變異經(jīng)由 ANNOVAR軟件進(jìn)行注釋，首先，經(jīng)由兩步建立華南虎基因組注釋用的數(shù)據(jù)庫(kù)，使用軟件自帶的腳本，將基因組注釋文件進(jìn)行轉(zhuǎn)化，參...
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Paleobiodb & Timetree | 查找物種分化時(shí)間構(gòu)分歧時(shí)間樹(shù)的時(shí)候，找化石標(biāo)定點(diǎn)，除了可以找文獻(xiàn)，也可以參考這倆網(wǎng)站 一、paleobiodb古生物化石數(shù)據(jù)庫(kù) 網(wǎng)址：https://www.paleobiodb.org/[...
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kaks calculator批量計(jì)算多個(gè)基因的選擇壓力kaks值文章來(lái)源：http://www.cnblogs.com/chenwenyan/ 1 文件準(zhǔn)備 首先準(zhǔn)備兩個(gè)文件，一個(gè)是基因的cds序列，一個(gè)是蛋白質(zhì)序列。 cds序列和蛋白質(zhì)...
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Kaks_calculator計(jì)算ka/ks 值
kaks_calculator可用來(lái)計(jì)算ka，ks值，后續(xù)可計(jì)算分化時(shí)間點(diǎn)等。 安裝 安裝ParaAT 在安裝kaks_calculator 之前安裝比對(duì)軟件paraAT，該...
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跟著Nature Communications學(xué)作圖：R語(yǔ)言ggplot2做堆積柱形圖展示群體基因組學(xué)的結(jié)果論文 Genomic insights into local adaptation and future climate-induced vulnerability of a...
