生物信息學博士、主要從事腫瘤基因組相關研究，歡迎打擾
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Hi，很高興在@IT·互聯(lián)網(wǎng)專題遇見你。 收錄范圍：收錄IT&互聯(lián)網(wǎng)行業(yè)觀察與思考，數(shù)碼產(chǎn)品極客體驗分析等類型文章 投稿須知：http://www.itdecent.cn/p/4edc76104c27 專題主編：@若錦 http://www.itdecent.cn/u/e4c63b354a77 官方社群：可聯(lián)系添加 @若錦 加入專題官方社群交流、學習，添加時備注簡書ID。
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【群體遺傳】Treemix四倍體分析 & 最優(yōu)m值選擇距離上一次寫博客，已經(jīng)是上一次了。 之前已經(jīng)有生信菜鳥團前輩寫過關于Treemix的分析，但值得關注的是，現(xiàn)在的軟件大部分都只適用于二倍體，那今天介紹一下四倍體怎么進行Tre...
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重測序分析（15）GWAS分析實操（1）gwas_emmax介紹如何使用SNP數(shù)據(jù)進行GWAS分析，軟件選擇為emmax和tassel。 軟件選擇 emmaxplinkqqmanCMplot 數(shù)據(jù)準備 vcf文件：all_snp.vc...
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重測序分析（18）GWAS分析實操（4）gwas_tassel_mlm混合線性模型MLM：GLM模型中，如果兩個表型差異很大，但群體本身還含有其他的遺傳差異（如地域等），則那些與該表型無關的遺傳差異也會影響到相關性。MLM模型可以把群體結構的影...
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2022-12-14使用bedtools進行gwas基因注釋GWAS分析中，找到顯著性SNP，需要注釋，才能找到候選的基因。 什么是注釋呢？我們知道，GWAS的依據(jù)是snp與控制性狀的基因處于LD狀態(tài)，所以，我們才能推斷顯著性的SNP...
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各種文章中的關于有害突變的介紹及如何尋找及打分
1.zhangle(大論文） 所有SNPs變異經(jīng)由 ANNOVAR軟件進行注釋，首先，經(jīng)由兩步建立華南虎基因組注釋用的數(shù)據(jù)庫，使用軟件自帶的腳本，將基因組注釋文件進行轉化，參...
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Paleobiodb & Timetree | 查找物種分化時間構分歧時間樹的時候，找化石標定點，除了可以找文獻，也可以參考這倆網(wǎng)站 一、paleobiodb古生物化石數(shù)據(jù)庫 網(wǎng)址：https://www.paleobiodb.org/[...
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kaks calculator批量計算多個基因的選擇壓力kaks值文章來源：http://www.cnblogs.com/chenwenyan/ 1 文件準備 首先準備兩個文件，一個是基因的cds序列，一個是蛋白質(zhì)序列。 cds序列和蛋白質(zhì)...
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Kaks_calculator計算ka/ks 值
kaks_calculator可用來計算ka，ks值，后續(xù)可計算分化時間點等。 安裝 安裝ParaAT 在安裝kaks_calculator 之前安裝比對軟件paraAT，該...
