背景 上次選擇了一個(gè)新開(kāi)發(fā)的跨平臺(tái)歸一化工具 MatchMixeR，（失敗了），但是在文章里發(fā)現(xiàn)作者把自己的工具與已有的工具進(jìn)行比較，順藤摸瓜發(fā)現(xiàn)已經(jīng)有了很多類似的工具。 “...
IP屬地：上海
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【搬磚】整理datasets——去除批次效應(yīng) -
什么是RIN值？樣本提取是實(shí)驗(yàn)關(guān)鍵一環(huán)，沒(méi)有好的樣本，一切數(shù)據(jù)就猶如沒(méi)有地基的大廈，蓋得越高，傾覆的概率就會(huì)越大！所以開(kāi)展好一個(gè)實(shí)驗(yàn)，首先要從評(píng)價(jià)核酸質(zhì)量是否達(dá)標(biāo)開(kāi)始，RIN值是樣本檢測(cè)中比...
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轉(zhuǎn)錄組RNA-SEQ上游分析2020安裝配置conda 使用清華源下載sh腳本并安裝 下載完成后直接運(yùn)行腳本文件bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh。需要輸入yes然后等...
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篩檢和診斷實(shí)驗(yàn)的區(qū)別篩檢實(shí)驗(yàn)和診斷實(shí)驗(yàn)的區(qū)別 篩檢（screening） 通過(guò)快速的檢驗(yàn)、檢查或其他措施，將可能有病但表面上健康的人，同那些可能無(wú)病的人區(qū)別開(kāi)來(lái)。 篩檢不是診斷實(shí)驗(yàn)，僅是一種初步...
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繼續(xù)來(lái)看pheatmap那些有趣的事情劉小澤寫(xiě)于2020.5.18上次看了熱圖如何去掉聚類樹(shù)的同時(shí)保留聚類的順序 ，有朋友留言給出了其他的解決方法，非常感謝！文中會(huì)給出答案另外，這次還是帶著數(shù)據(jù)，去看看pheat...
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徒手學(xué)習(xí)facets CNV分析結(jié)果Copy number variation analysis - facets facets 是存儲(chǔ)在 GitHub 上的R包。 factes 的開(kāi)發(fā)基于 ASCN(all...
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突變分析神器: 有一堆基因變異位點(diǎn)SNP，?你可以分析點(diǎn)什么
如果你做了全基因組、全外顯子組或者targeted sequencing，拿到了一堆基因變異位點(diǎn)（SNP），下一步你該分析點(diǎn)什么？ 如果還沒(méi)有頭緒，你可以認(rèn)識(shí)一下這個(gè)神器：m...
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「熱圖」ComplexHeatmap展示單細(xì)胞聚類實(shí)用Seurat自帶的熱圖函數(shù)DoHeatmap繪制的熱圖，感覺(jué)有點(diǎn)不上檔次，于是我嘗試使用ComplexHeatmap這個(gè)R包來(lái)對(duì)結(jié)果進(jìn)行展示。 個(gè)人覺(jué)得好的熱圖有三個(gè)要素...
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生物基礎(chǔ)知識(shí)-CDS、ORF、啟動(dòng)子、終止子、轉(zhuǎn)錄因子、UTR劉小澤寫(xiě)于2020.2.8大概回顧一下基礎(chǔ)知識(shí) 一：ORF與CDS ORF：open reading frame（開(kāi)放閱讀框） 它是理論上的蛋白編碼區(qū)，一般是先在DNA序列中...
