PSMC軟件分析群體歷史有效群體大小流程 1 文件轉(zhuǎn)換 基因組文件格式為.bam，callsnp之后，再轉(zhuǎn)換為.fq.gz格式才能做為PSMC輸入文件 bcftools mp...
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PSMC軟件分析群體歷史有效群體大小步驟（bcftools+PSMC)）
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2022-10-10 samtools分析測序基因組的depth和coverage
對基因組測序完成后，我們經(jīng)常需要統(tǒng)計測序深度（depth）和對基因組的覆蓋率（coverage） 這兩個概念有時候不太好區(qū)分，有時coverage也表示測序深度x. 我們用s...
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多款軟件進(jìn)行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools
vcf文件儲存的是樣本的變異信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式進(jìn)行分析，最終會獲得單個樣本的變異數(shù)據(jù)。這種文件很難對同組不同樣本進(jìn)行差異...
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報錯'namespace:rvcheck'沒有出口‘get_aes_var’這個對象
安裝ggtree，library時報錯'namespace:rvcheck'沒有出口‘get_aes_var’這個對象。原因是版本問題，新的版本修改了ggtree需要的一些函...
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Dfoil - 推斷祖先基因流-2. 在一篇講泥炭蘚的MBE看到了dfoil的使用 《Extensive Genome-Wide Phylogenetic Discordance Is Due to In...
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python中與系統(tǒng)發(fā)育相關(guān)的模塊最近在學(xué)習(xí) Bioinformatics with python cookbook 這本書第六章 Phylogenetics 的內(nèi)容，了解到python中與系統(tǒng)發(fā)育相關(guān)的兩個...
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種群動態(tài)歷史評估方法之 SFS（Site/Allele Frequency Spectrum）SFS的基本理解、介紹的一篇文章：https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...
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生信小工具專題：BBTools/BBMap Suite 的使用 (2)
接著上一次內(nèi)容繼續(xù)介紹，BBTools、BBMap中的一些實用的小工具。 BBMap Read Merger 合并雙末端（PE）reads,在預(yù)期中這些reads有重疊的位置...
