PSMC軟件分析群體歷史有效群體大小流程 1 文件轉(zhuǎn)換 基因組文件格式為.bam，callsnp之后，再轉(zhuǎn)換為.fq.gz格式才能做為PSMC輸入文件 bcftools mp...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：河北
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PSMC軟件分析群體歷史有效群體大小步驟（bcftools+PSMC)）
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2022-10-10 samtools分析測(cè)序基因組的depth和coverage
對(duì)基因組測(cè)序完成后，我們經(jīng)常需要統(tǒng)計(jì)測(cè)序深度（depth）和對(duì)基因組的覆蓋率（coverage） 這兩個(gè)概念有時(shí)候不太好區(qū)分，有時(shí)coverage也表示測(cè)序深度x. 我們用s...
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多款軟件進(jìn)行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools
vcf文件儲(chǔ)存的是樣本的變異信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式進(jìn)行分析，最終會(huì)獲得單個(gè)樣本的變異數(shù)據(jù)。這種文件很難對(duì)同組不同樣本進(jìn)行差異...
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報(bào)錯(cuò)'namespace:rvcheck'沒(méi)有出口‘get_aes_var’這個(gè)對(duì)象
安裝ggtree，library時(shí)報(bào)錯(cuò)'namespace:rvcheck'沒(méi)有出口‘get_aes_var’這個(gè)對(duì)象。原因是版本問(wèn)題，新的版本修改了ggtree需要的一些函...
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Dfoil - 推斷祖先基因流-2. 在一篇講泥炭蘚的MBE看到了dfoil的使用 《Extensive Genome-Wide Phylogenetic Discordance Is Due to In...
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python中與系統(tǒng)發(fā)育相關(guān)的模塊最近在學(xué)習(xí) Bioinformatics with python cookbook 這本書(shū)第六章 Phylogenetics 的內(nèi)容，了解到python中與系統(tǒng)發(fā)育相關(guān)的兩個(gè)...
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種群動(dòng)態(tài)歷史評(píng)估方法之 SFS（Site/Allele Frequency Spectrum）SFS的基本理解、介紹的一篇文章：https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...
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生信小工具專題：BBTools/BBMap Suite 的使用 (2)
接著上一次內(nèi)容繼續(xù)介紹，BBTools、BBMap中的一些實(shí)用的小工具。 BBMap Read Merger 合并雙末端（PE）reads,在預(yù)期中這些reads有重疊的位置...
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科研文章發(fā)表的成功要素
由于臨近博士畢業(yè)，沒(méi)有再進(jìn)行更多的生信技能的學(xué)習(xí)，主要精力都是放在文章發(fā)表，畢業(yè)論文寫(xiě)作方面。今天的推文繼續(xù)和大家分享一篇非常好的文章“What makes a plant ...
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群體遺傳學(xué)之個(gè)體間遺傳距離及其計(jì)算方法
01-Definition Genetic Distance Genetic distance is the degree of genetic difference (ge...
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WGD（全基因組復(fù)制）分析——Ka/Ks及4Dtv值計(jì)算一、4Dtv（四倍簡(jiǎn)并位點(diǎn)顛換率）的定義 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative) third-codon tr...
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全基因組復(fù)制分析（WGD）-4DTV值1、4倍簡(jiǎn)并位點(diǎn)（fourfold degenerate site） （1）如果密碼子的某個(gè)位點(diǎn)上任何核苷酸都編碼同樣的氨基酸，則稱這個(gè)位點(diǎn)為4倍簡(jiǎn)并位點(diǎn)。（2）例如甘氨酸密...
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基因組共線性工具M(jìn)CScanX使用說(shuō)明MCScanX是檢測(cè)基因共線性和進(jìn)化分析的常用工具之一，2012發(fā)表至今引用數(shù)200+，作者之一的唐海寶老師是國(guó)內(nèi)植物基因組學(xué)生信分析、軟件開(kāi)發(fā)領(lǐng)域的大拿，在學(xué)習(xí)使用MCSc...
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clusterProfiler: 分析+可視化GO和KEGG富集的轉(zhuǎn)錄組R包寫(xiě)作之友 基因和基因簇的功能譜 (functional profiles) 的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析及可視化 G Yu, LG Wang, Y Han, QY He. clusterPr...
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LD衰減圖的理解與應(yīng)用
在群體遺傳學(xué)研究中，LD連鎖不平衡分析是最常見(jiàn)的分析內(nèi)容，也是關(guān)聯(lián)分析的基礎(chǔ)。如何正確理解并且進(jìn)行相關(guān)的LD連鎖不平衡分析是群體遺傳中很基本的一件事情。下面和大家一起學(xué)習(xí)一下...
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@Gifts_1423 raxml iqtree 都可以
三種方法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù) 學(xué)習(xí)筆記
所用數(shù)據(jù)為一個(gè)屬內(nèi)不同種不同群體的葉綠體基因組序列，數(shù)量為80條。 發(fā)現(xiàn)用全長(zhǎng)序列建樹(shù)的時(shí)候，不適合選用太多外類(lèi)群，否則ML法中會(huì)導(dǎo)致屬內(nèi)分枝的枝長(zhǎng)特別短。原因應(yīng)該是基因間隔...
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vcf文件與vcftools（一）在用于存儲(chǔ)reads比對(duì)結(jié)果的SAM/BAM格式提出之后（2009年），用于存儲(chǔ)變異檢測(cè)結(jié)果的格式VCF( variant call format )也被提出（2010年），...
