在看文獻Single-cell RNA sequencing of blood antigen-presenting cells in severe COVID-19 rev...
IP屬地：香港
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DoRothEA：scRNAseq轉(zhuǎn)錄因子活性預測工具 -
單細胞分析之細胞交互-3：CellChat常用的細胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲存受體、配體以及兩種相互作用...
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太優(yōu)秀了！
環(huán)境配置筆記7-解決hdf5r安裝時遇到的無數(shù)的坑
安裝hdf5r包時報錯： checking for h5cc... no checking for h5pcc... no checking for HDF5 librari...
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文獻學習023--[sc]腫瘤浸潤髓系細胞的pan-cancer單細胞轉(zhuǎn)錄圖譜張澤民老師2021年2月份發(fā)表在cell上的文章 Tumor-infiltrating myeloid cells (TIMs) 是腫瘤進展的關鍵調(diào)解者，但是它們在不同腫瘤間...
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詳細介紹新版SingleR進行單細胞自動化鑒定
作者：堯小飛審稿：童蒙編輯：amethyst 引言 隨著10xGenomics單細胞轉(zhuǎn)錄組技術的普及，現(xiàn)在的單細胞轉(zhuǎn)錄組分析越來越普及，得到的單細胞數(shù)據(jù)越來越多。然而單細胞轉(zhuǎn)...
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免疫細胞注釋-2：髓系細胞scRNAseq免疫細胞注釋： 免疫細胞注釋-1：T細胞[http://www.itdecent.cn/p/0127c9b380c9] 免疫細胞注釋-2：髓系細胞[http...
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2022-10-18Cancer Cell | AI集成腫瘤多模態(tài)數(shù)據(jù)：數(shù)據(jù)融合和關聯(lián)發(fā)現(xiàn) 原創(chuàng)huacishu圖靈基因2022-10-18 10:11發(fā)表于江蘇 收錄于合集#前沿生物大數(shù)據(jù)分析...
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免疫基因組指標的計算（6個）1.Mutation load 腫瘤突變負荷 2.新抗原負荷（Neoantigen load） 配對樣本的全外的.bam數(shù)據(jù)，第一步通過POLYSOLVER tool工具對每...
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【陪你學·生信】六、當你有一段待分析的氨基酸序列
這一推送將簡單介紹： 1.尋找蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域 2.簡單預測序列的理化性質(zhì) 4. 預測蛋白酶降解位點 5.預測卷曲螺旋區(qū)域（coiled-coil domains） 6. 預測翻...
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免疫組庫分析軟件MiXCR的安裝和使用安裝 conda安裝 普通安裝 在Mac OS X上使用Homebrew或者在Linux系統(tǒng)上使用linuxbrew安裝 將已經(jīng)安裝的MiXCR更新到最新版本 手動安裝 在r...
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AUCell：計算單細胞轉(zhuǎn)錄組的每個細胞中特定基因集的活性程度AUC允許在單細胞rna數(shù)據(jù)集中識別具有活性基因集（如gene signature,gene module）的細胞。AUCell使用曲線下面積來計算輸入基因集的一個關鍵子集是...
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NGS二代測序技術與轉(zhuǎn)化醫(yī)學研究--1.腫瘤體細胞突變部分NGS腫瘤體細胞突變檢測 樣本類型：組織樣本（新鮮組織+石蠟切片）以及cfDNA樣本 可查閱2017年 FDA批準的FoundationOne CDx?和MSK-IMPAC...
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TRIPOD聲明-臨床預測模型報告規(guī)范預測模型的研究報告規(guī)范我們清楚了嗎？本文是筆者本人學習筆記,做一小結(jié)，主要內(nèi)容是來自 Tripod 2015 statement，筆者做了部分解讀。僅供大家參考學習，原文版權...
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scanpy官方教程2022||02-細胞發(fā)育/分化軌跡推斷學習資料來源：scanpy主頁：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io/...
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Week30 — 常染色體單等位基因的隨機表達Week 30: 2018— 12.3-12.8Title: Random monoallelic expression of autosomal genes: stocha...
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10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）RNA速率分析之scVelo今天我們測試一下軟件scVelo，這個軟件應該很多人都用過了，但是玩的好的人，應該沒幾個。 加載 讀取數(shù)據(jù)（loom, h5ad, csv）, 我的數(shù)據(jù)是根據(jù)velocyto...
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loomR介紹及使用指南隨著單細胞技術的發(fā)展，數(shù)據(jù)量增加使得計算需求呈指數(shù)增長。分析單細胞數(shù)據(jù)時，使用稀100000個細胞的系數(shù)矩陣處理對于Seurat 來說就很有挑戰(zhàn)性。HDF5 格式現(xiàn)在被用于儲...