壓縮目錄 nohup tar -czvf ug0983.tar.gz /home/ug0983/ & 查看目錄大小 du -sh
發(fā)簡信
IP屬地：河南
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提取中國綿羊個(gè)體和質(zhì)控
修改樣品名稱 bcftools reheader -s changenamesheep3.txt sheep.commonchr.vcf.gz -o sheep3.vcf.g...
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ROH分析
cd /mnt/d/peng/henan/ROH conda activate seletionRlibrary(detectRUNS) 進(jìn)行ROH檢測 genotypeFi...
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氣候因子PCA，熱圖分析
df=read.csv("19en.csv", header=T, row.names=1)head(df)data.pca <- prcomp(df[,1:19])summ...
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Ne繪圖（折線圖）
ggplot(data = df, mapping = aes(x=year, y=value,linetype=type, colour=type, shape=type,...
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人類參考基因組下載比對
下載參考基因組wget https://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/all/GCA/000/001/405/GCA_000001405.28_GRCh3...
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sambada軟件的使用
1 SNP名稱替換 替換固定列的內(nèi)容 awk -F "\t" '{ OFS="\t" }{1"chr"2=4"'snp'"}1' goat232-1.map > goat23...
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NJ樹構(gòu)建（splitstree）
cd /mnt/d/peng/climate/paper-climate/climate-1/NJtreeplink --file 72breeds --indep-pai...
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SNP分析命令
E:\ > cd e:E:E:\ > cd plink-1E:\plink-1>plink –file test Map 更新Plink --goat --file data...
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structure2
library(LEA) 結(jié)果會(huì)生成test.geno文件的數(shù)據(jù). output = ped2lfmm("72breeds-ro.ped") 使用LEA進(jìn)行structure...