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基因組相似性計算：ANI在比較基因組分析中，我們經(jīng)常需要分析不同基因組之間的進(jìn)化關(guān)系，例如我們可以使用標(biāo)記蛋白來構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。為了進(jìn)行定量的比較，我們還可以計算不同基因組之間的相似性或者進(jìn)化距離，...
發(fā)簡信
IP屬地：廣東
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Q：功能基因組學(xué)？功能基因組學(xué)（Functional genomics）是對基因組中基因與基因間區(qū)域如何參與不同生物學(xué)過程的研究。在實際過程中，我們經(jīng)常從“全基因組”角度（即包含所有或多個基因...
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基因組CRISPR序列及Cas酶預(yù)測原文鏈接：基因組CRISPR序列及Cas酶預(yù)測[https://mp.weixin.qq.com/s/ayOydVsG44Fdl41Uyuja4w] 01CRISPR簡介 C...
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基因組相似性計算：ANI
在比較基因組分析中，我們經(jīng)常需要分析不同基因組之間的進(jìn)化關(guān)系，例如我們可以使用標(biāo)記蛋白來構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。為了進(jìn)行定量的比較，我們還可以計算不同基因組之間的相似性或者進(jìn)化距離，...
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不客氣??
你知道如何聚類嗎？層次聚類與聚類樹
原文鏈接（可關(guān)注公眾號微生態(tài)與微進(jìn)化索取示例數(shù)據(jù)）： 層次聚類與聚類樹 比較聚類：我該劃分多少個聚類簇？ 聚類分析 在生態(tài)學(xué)研究當(dāng)中，有些環(huán)境中的對象是連續(xù)（或者離散）的，而...
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Iqtree2：新模型高效構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹
系統(tǒng)發(fā)育推斷（phylogenetic inference）的算法五花八門，從最簡單的UPGMA法，到鄰接法（neighbor joining）、最大簡約法（maximum ...
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關(guān)于生物進(jìn)化，研究者們存在哪些分歧？
關(guān)于生物進(jìn)化目前最大的爭議是什么？ 原文鏈接：關(guān)于生物進(jìn)化，研究者們存在哪些分歧？ 距離達(dá)爾文《物種起源》一書問世已經(jīng)160多年了，然而毫無疑問的是，生物進(jìn)化仍是有待解決的最...
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基因組相似性計算：ANI
在比較基因組分析中，我們經(jīng)常需要分析不同基因組之間的進(jìn)化關(guān)系，例如我們可以使用標(biāo)記蛋白來構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。為了進(jìn)行定量的比較，我們還可以計算不同基因組之間的相似性或者進(jìn)化距離，...
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組間差異分析：Metastats
文章來自公眾號：微生態(tài)與微進(jìn)化 Anosim、Adonis、MRPP等基于群落的組間差異分析可以快速的對分組的有效性進(jìn)行評估。然而，有時候我們還想進(jìn)一步知道不同區(qū)組的微生物群...
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神秘的細(xì)菌基因組：GC skew
科學(xué)就是整理事實，以便從中得出普遍的規(guī)律和結(jié)論。from 達(dá)爾文 原文鏈接： 每當(dāng)我們拼接出一個完整的細(xì)菌基因組時，總是迫不及待地畫出它的圖譜，一個常見的細(xì)菌基因組圖譜如下所...
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微生物群落展示：要酷酷的云字體！原文：微生物群落展示：要酷酷的云字體！ 每當(dāng)你需要展示微生物的群落結(jié)構(gòu) 你是不是已經(jīng)厭倦了 無休止的條形圖和熱圖 想不想要更大膽前衛(wèi)的展示方式？ 沒錯，它就是云字體！ 云字體...
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組間差異分析：Anosim無論是野外環(huán)境樣品，還是室內(nèi)試驗樣品，一般我們都會設(shè)置樣方或平行樣來增強分析的準(zhǔn)確性，必要時還會進(jìn)行區(qū)組設(shè)計，因此在數(shù)據(jù)分析中需要進(jìn)行組間差異的比較判別。然而對于微生物群落數(shù)...
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好書推薦——病毒宏基因組學(xué)：方法和指南
目前爆發(fā)的新冠狀病毒再次讓人們意識到了病毒的重要性。病毒不僅可以使包括人在內(nèi)的動植物致病，也對生態(tài)與進(jìn)化有著重要的作用，然而目前人們對其卻所知甚少，甚至不能構(gòu)造出完整、合理的...
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你知道如何聚類嗎？層次聚類與聚類樹原文鏈接（可關(guān)注公眾號微生態(tài)與微進(jìn)化索取示例數(shù)據(jù)）： 層次聚類與聚類樹 比較聚類：我該劃分多少個聚類簇？ 聚類分析 在生態(tài)學(xué)研究當(dāng)中，有些環(huán)境中的對象是連續(xù)（或者離散）的，而...
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數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化方法：該如何選擇？原文鏈接： 數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化方法：該如何選擇？ 什么是數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化？ 在微生物組學(xué)數(shù)據(jù)分析之前，我們常常需要根據(jù)數(shù)據(jù)量綱的不同以及分析方法的需要對數(shù)據(jù)進(jìn)行各種預(yù)處理，也即數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化。...
