發(fā)簡信
IP屬地：青海
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Hi-C分析練習（從fastq文件到contact矩陣）最近紐約復工，因為每天要做實驗（還得全程戴口罩，非常悶得慌），比不了之前每天都在家可以為所欲為的自學生信，所以更新也少了很多~ Hi-C的技術相關背景學習筆記我在之前有寫過（...
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平凡的生信之路<br>HUBU<br>UCAS<br>NUS<br>PKU
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比較基因組學常用分析軟件和分析方法
轉(zhuǎn)載自https://blog.csdn.net/qq_36608036/article/details/109466468[https://blog.csdn.net/qq...
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「基因組學」使用CAFE進行基因家族擴張收縮分析環(huán)境準備 安裝軟件: 參考「基因組學」使用OrthoFinder進行直系同源基因分析 安裝OrthoFinder，然后再安裝CAFE 數(shù)據(jù)準備: 一共會分析mouse, r...
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【比較基因組】共線性分析（WGDI）如果一個物種在進化過程中發(fā)生了多倍體化，那么，在基因組上就會存在一些共線性區(qū)域（即兩個區(qū)域之間的基因是旁系同源基因，其基因的排布順序基本一致）。多倍化以及后續(xù)的基因丟失和二倍...
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GWAS與基因表達量的聯(lián)合分析前言 我們知道GWAS描述的是snp與表型之間的關系，即利用線性模型尋找與某種性狀顯著相關聯(lián)的位點。但是發(fā)揮生物學功能的往往是蛋白質(zhì)，蛋白質(zhì)是由轉(zhuǎn)錄本翻譯而來，那么建立基因表...
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滑窗統(tǒng)計基因組的一些特征值比如基因密度和GC含量1.劃分窗口bedtools makewindows -g Chr.length -w 50000 > 50k.windows 2.計算每個滑窗內(nèi)基因的數(shù)量 #同理可以...
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deeptools工具系列——比較不同bw_bam的信號差異目錄 前言 bamCompare 工具1.1 工具原理1.2 使用說明1.3 使用實例 bigwigCompare 工具2.1 使用說明2.2 使用實例 前言 今天主要介紹下...
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如何高效而且優(yōu)雅地比較多物種的不同基因組區(qū)域？寫在前面 高通量測序技術的普及，帶來的是遍地的基因組。昨日，OneKP項目又發(fā)了一個Paper【因為很久以前他們就發(fā)過，數(shù)據(jù)也早就可以獲取】。他們再發(fā)多少paper，事實上，...
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跟著Nature Communications學數(shù)據(jù)分析：基因組水平的比對鑒定結(jié)構(gòu)變異論文 Pan-genome inversion index reveals evolutionary insights into the subpopulation stru...
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GenomeSyn基因組共線性及結(jié)構(gòu)變異可視化工具三代Pacbio和Nanopore測序技術的快速發(fā)展推動了比較基因組學領域的進步，泛基因組構(gòu)建和結(jié)構(gòu)變異識別成為該領域研究前沿。其中，共線性分析是比較基因組學的重要組成部分，...
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宏基因組學/群體遺傳學 方向
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Select進階查詢·查詢結(jié)果處理
一、定義： 對用select 命令查找到的數(shù)據(jù)再做處理， 類似于系統(tǒng)命令管道 例如 ps aux | grep httpd 二、語法格式： 語法格式1：不加條...
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Hi-C 進行染色體掛載Hi-C 技術原理 Hi-C是染色質(zhì)區(qū)域捕獲（Chromosome conformation capture）與高通量測序（High-throughput sequencin...
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復現(xiàn)一篇高分(IF = 11.274)孟德爾隨機化分析文章-day3話不多說，直接上代碼 部分結(jié)果展示 step 5. 所有SNP的F-stat值都大于10，因此都納入分析中 step 6. 異質(zhì)性檢測結(jié)果 p = 0.3858222 > 0...
