今天有一個需求，就是要將gtf中的轉(zhuǎn)錄本轉(zhuǎn)成fasta序列，一開始是想著用bedtools getfasta實現(xiàn)，awk取出來坐標做成bed文件輸入bedtools，但是結(jié)果...
IP屬地：西藏
-
gffread - gtf/gff文件轉(zhuǎn)fasta序列 -
4?? 核酸序列特征分析(3):啟動子及轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點預測和轉(zhuǎn)錄終止信號預測序列比對和序列特征分析總目錄 啟動子Promoter是位于基因5'端上游的DNA序列，調(diào)控基因表達。作用方式是通過與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合。關(guān)于啟動子更詳細的簡文請看查找一個基因的啟動...
-
在shell or R 中判斷一個文件是否為空。
1. shell 中判斷文件是否存在或者是否為空文本 在lunix中寫腳本時，總免不了判斷文件是否存在，文件內(nèi)容是否為空的等操作。而這些操作都可以用test指令來實現(xiàn)，可通過...
-
公號：Python大數(shù)據(jù)分析，關(guān)注送10G資料
-
conda 鏡像報錯
近使用conda安裝包錯誤，一直報連不上網(wǎng)，后來查看一下原因。是因為清華鏡像改了，塞了個文件夾（修改.condarc文件，在后面加上平臺名如lunix-64/，win-64/...
-
-
最佳BT種子下載網(wǎng)站（2018年）海盜灣（The Pirate Bay，縮寫：TPB）是由瑞典的一個民間反版權(quán)組織海盜署（Piratbyr?n）成立于2003年，最初僅為瑞典語站點。后來發(fā)展成為獨立的組織，2...
-
大數(shù)據(jù)系統(tǒng)發(fā)育學的原理、機遇和陷阱（一）最近幾天讀文獻，讀到了一篇2019年Andrew D. Young 和Jessica P. Gillung發(fā)表在Phylogenomics關(guān)于系統(tǒng)發(fā)育學的綜述Phylogen...
-
paml計算dn/ds的小實例更新：20190319 使用EasyCodeML完成dnds的計算，自己嘗試了分支模型和位點模型的計算，簡直不要太容易！ 更新：20190314 教程 http://wiki...
-
用以判斷選擇壓力的Ka/Ks的計算前言 最近在看一些關(guān)于生態(tài)、遺傳、基因組進化等的文獻，其中有個很多人用的也用了很久的用以判斷物種選擇壓力的數(shù)值，（Ka/Ks）。發(fā)現(xiàn)在國內(nèi)的資料中比較少，即使有，也只是教大家...
-
mpileup命令參數(shù)和結(jié)果詳解
mpileup是samtools的一個命令，用來生存bcf文件，然后再用bcftools進行SNP和Indel的分析。另外，bcftools是samtools的附帶軟件。 1...
