目錄 一、簡介 二、讀取分子1.讀取SMILES/SMARTS2.讀取.sdf3.讀取.mol4.讀取.mol25.讀取其他格式 三、輸出分子1.輸出SMILES/SMART...
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RDKit|一站式搞定分子讀取、輸出、可視化
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Seurat分組隨機選取細胞數(shù)實戰(zhàn)（隨機采樣后找亞群DEG） 2022-06-01
關鍵詞 隨機取樣細胞 Downsample cells 分組隨機選取細胞 適用背景 之前的博客提到，R語言處理大數(shù)據(jù)效率較低，耗時長，一種解決方案是可以轉(zhuǎn)用Python語言流...
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轉(zhuǎn)錄組有參分析之STAR比對及可變剪切
轉(zhuǎn)錄組有參分析之STAR比對及可變剪切 STAR比對的特點： 速度快 準確度高 3'reads soft clip genomeLoad LoadAndKeep 多個比對共享...
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scRNA-Seq | Seurat 包原理解析seurat 涉及的數(shù)據(jù)分析包括很多步驟。之前只顧著干活兒，也沒有系統(tǒng)的整理過分析中的具體內(nèi)容。這里就參照網(wǎng)上大神們分享的帖子，來梳理一下。 一、讀入數(shù)據(jù)。 Read10X(...
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seurat-NormalizeData()源碼解析年底復盤，發(fā)現(xiàn)很多知識點理解并不深入，想對這些不清晰的知識點重新梳理一下。 一、NormalizeData()歸一化 考慮到文庫測序深度的影響，我們需要對單細胞counts矩...
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Monocle3：擬時序分析寫在前面：今天突然想寫這個教程，花了一下午看資料，其實我前面是有一些基礎的，但是看的還是會很亂，所以想把這個包的脈絡寫一下，希望能夠可以跟大家討論一下并且自己以后使用這個包的...
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Seurat取子集時會用到的函數(shù)和方法在單細胞數(shù)據(jù)分析中，在確定細胞類型后，除了可以進行差異表達基因分析外，還可以針對單個細胞類型進行分析特定分析，這時就需要我們提取細胞子集分開處理了。 一、Seurat數(shù)據(jù)格式...
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分泌蛋白基因列表下載1. 數(shù)據(jù)下載 在讀Single-Cell Reconstruction of Progression Trajectory Reveals Intervention Pri...
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內(nèi)皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化EndMT1. 簡介 EndMT是指在多種刺激因素作用下，內(nèi)皮細胞失去其原有特征并向間充質(zhì)細胞進行轉(zhuǎn)化（肌成纖維細胞、平滑肌細胞等）的過程，其結(jié)果是ECs在極性、形態(tài)和功能等方面發(fā)生重...
