本次筆記內(nèi)容：用ggpubr的stat_compare_means()給boxplot加上significant labels編寫(xiě)函數(shù)選擇P值小于某一值的pairs，并只在圖...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：黑龍江
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R使用筆記：ggplot2 & ggpubr 給boxplot添加significance levels -
R語(yǔ)言pheatmap熱圖色條控制小技巧本期介紹一個(gè)控制熱圖顏色范圍并規(guī)定指定值顏色的小技巧。 使用的是R語(yǔ)言的pheatmap包，先生成隨機(jī)數(shù)據(jù)： data1如下： 查看數(shù)據(jù)范圍： 使用上面的矩陣做熱圖，要求低值...
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宏基因組分析流程分析內(nèi)容如下圖所示： 具體分析步驟如下： 數(shù)據(jù)質(zhì)控，使用 kneaddata 軟件， 該軟件先調(diào)用 Trimmomatic 過(guò)濾數(shù)據(jù)，然后利用 bowtie2 或 bmtag...
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ggplot2繪圖學(xué)習(xí)-箱線圖和小提琴圖最近考種數(shù)據(jù)回來(lái)了，今年測(cè)得單株，本想用箱線圖表示，后來(lái)一并把小提琴圖也做了，順便做個(gè)筆記吧。 利用SUMIF對(duì)相同rowname數(shù)據(jù)合并 首先遇到了一個(gè)問(wèn)題，由于之前在收花...
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scRNA-seq擬時(shí)分析 || Monocle2 踩坑教程擬時(shí)（pseudotime）分析，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過(guò)擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過(guò)程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過(guò)程，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
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R語(yǔ)言可視化學(xué)習(xí)筆記之添加p-value和顯著性標(biāo)記上篇文章中提了一下如何通過(guò)ggpubr包為ggplot圖添加p-value以及顯著性標(biāo)記,本文將詳細(xì)介紹。利用數(shù)據(jù)集ToothGrowth進(jìn)行演示 比較方法 R中常用的比較方...
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主要轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫(kù)
TRANSFAC 數(shù)據(jù)庫(kù) 有兩個(gè)版本，公開(kāi)版和專業(yè)版 JASPAR數(shù)據(jù)庫(kù) JASPAR是收集有關(guān)轉(zhuǎn)錄因子與DNA結(jié)合位點(diǎn)模體的最全面的公開(kāi)的數(shù)據(jù)庫(kù)，該數(shù)據(jù)庫(kù)眾所包含的數(shù)據(jù)都經(jīng)...
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用Seurat移除細(xì)胞周期的影響
如何用Seurat去除細(xì)胞周期對(duì)下游分析的影響? 首先，我們基于G2/M和S期的標(biāo)志物表達(dá)給每個(gè)細(xì)胞賦值評(píng)分。這些標(biāo)志物集合與他們的表達(dá)水平應(yīng)當(dāng)成反比的關(guān)系，而且兩者都不表達(dá)...
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使用monocle包進(jìn)行pseudotime分析
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊(cè)”! monocle是一個(gè)專門(mén)用于分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的R包，提供了聚類，pseudotime, 差異分析等多種功能，該項(xiàng)目的網(wǎng)址如下 https://...
