?今天介紹DNA或蛋白質序列的兩兩比對（pairwise comparisons），除了具體操作，還加入了一些理論知識。 通過比對可以確定兩序列是否同源，找到序列中的結構域，...
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【陪你學·生信】八、序列兩兩比對的理論和操作
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微信公眾號番茄隨筆
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組學工具合集
組學工具合集 整理了一些目前知道的與組學相關的工具，可能不全面，歡迎補充 基因組學 一代組裝 Celera Assembler: 最具代表性的工具 二代組裝 Minia SP...
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拾壹-Linux下Rserve開機自啟動
一、奇怪的開端 為什么我要這樣做？這是一個謎團，可能因為我無聊，也可能因為我真的實在太無聊，可是就這樣了。我實在喜歡上R語言了，對比Python來說，這個挑戰(zhàn)難度太大了?。?...
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聊聊R語言中t轉置函數
t()給定矩陣或數據框x，t函數返回x的轉置。 在對data.frame進行t()操作時需要注意，避免數字變成字符串。 1. 矩陣轉置 矩陣里面所有內容都是相同類型數據，使用...
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6-【FasTtree、RAxML-NG、IQtree】的安裝和使用（2021.3.16更新）初次記錄時間：2021.2.5 3.12更新說明：ML建樹對與模型的替代選擇比較敏感，因此增加了第四部分推測最佳模型的方法：jModeltest和ProtTest。3.16更...
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STAR安裝與使用首先，先回顧一下STAR的使用流程： 安裝最新版本的STAR可以使用conda 但是當我使用最新版本的STAR跑之前版本STAR建立的index時，遇到這樣的報錯： 因此，我...
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蛋白序列亞細胞定位工具評測
CELLO v.2.5: subCELlular LOcalization predictor 蛋白亞細胞定位訪問網址：http://cello.life.nctu.edu....
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山東省花生研究所
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Python 相關性分析 顯著性檢驗
Pandas中有pandas.DataFrame.corr和pandas.Series.corr兩個方法進行相關性的計算，第一個針對整個dataframe數據返回一個矩陣，第...
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Python argv函數簡介
如果想對python腳步傳參數，那么就需要命令行參數的支持了，這樣可以省的每次去改腳步了。例如： 這個腳本運行時，如果直接輸入： 返回結果如下： 因為要求需要 4 個參數，實...
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samtools merge命令
samtools merge命令的功能描述： 當有多個樣本的bam文件時，可以使用samtools的merge命令將這些bam文件進行合并為一個bam文件。Merge命令將多...
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用faCount計算有效基因組大小
faCount是UCSC中的一個工具，UCSC的安裝可以看我的相關筆記。faCount可以統(tǒng)計得到基因組數據中的總堿基數和基因組裝配中缺失堿基數（即被標位N的堿基）。有效基因...
