好多同學(xué)詢問孟德爾隨機(jī)化的問題，我再來嘗試著梳理一遍，希望對大家有所幫助，首先看下圖1分鐘，盯著看將下圖印在腦海中： [圖片上傳失敗...(image-9bf17c-1668...
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R數(shù)據(jù)分析：孟德爾隨機(jī)化實(shí)操
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除了GWAS Catalog，還可以用CAUSALdb數(shù)據(jù)庫做GWAS要查詢以往的 GWAS 研究結(jié)果，可以使用 GWAS Catalog。GWAS Catalog 包含的信息非常多，不過有時可能滿足不了需要。介紹一個叫 CAUSALdb 的數(shù)...
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R數(shù)據(jù)分析：工具變量回歸與孟德爾隨機(jī)化，實(shí)例解析
原諒我又拖更好久，沒辦法，欸，就是懶，但是所有的單子都是保質(zhì)保量完成的哈。，今天給大家寫工具變量和孟德爾隨機(jī)化，文章略微有些長，請大家準(zhǔn)備好清醒的頭腦，和半個小時的閱讀時間哈...
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孟德爾隨機(jī)化(Mendelian Randomization) 統(tǒng)計(jì)功效（power）和樣本量計(jì)算1 統(tǒng)計(jì)功效（power）概念 統(tǒng)計(jì)功效（power）指的是在原假設(shè)為假的情況下，接受備擇假設(shè)的概率。 用通俗的話說就是，P<0.05時，結(jié)果顯著（接受備擇假設(shè)）; 在此結(jié)論...
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TwoSampleMR：兩樣本孟德爾隨機(jī)化孟德爾隨機(jī)化推斷暴露因素與健康結(jié)局的因果關(guān)系[http://www.itdecent.cn/p/8ac31267d3d8] 主要步驟：1. 讀取暴露因素GWAS數(shù)據(jù)選取合適...
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參考文獻(xiàn)排版，這幾點(diǎn)非常重要！之前和大家多次聊過參考文獻(xiàn)的排版。?? Zotero | 有了Zotero，參考文獻(xiàn)排版不再煩惱！ 定制版GB/T 7714來了，究竟有多好用？| Zotero 今天繼續(xù)介紹...
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熱圖 | 轉(zhuǎn)錄組樣品表達(dá)量相關(guān)系數(shù)矩陣寫在前面 很多時候，我們做完轉(zhuǎn)錄組，會想著看看樣品與樣品之間的表達(dá)相關(guān)性如何？依此，可以看看是否存在異常樣品，也或許可以找到一些生物學(xué)相關(guān)問題。常常，我會使用 R 語言的 C...
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基于R語言繪制Network幾種方式平時對于網(wǎng)絡(luò)圖的繪制，一般我們都會在R中生成邊和點(diǎn)列表后導(dǎo)入到Cytoscape和Gephi等的本地工具軟件當(dāng)中，而R語言中也自帶有不少優(yōu)秀的包也可精美的可視化我們的數(shù)據(jù)，所...
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GOplot | 更美觀的富集分析可視化GOplot | 更美觀的富集分析可視化 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 GOplot使用了zscore概念，但其并不是指Z-score標(biāo)準(zhǔn)化，而是指每個GO term下上調(diào)(logFC>0)基因...
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基于short reads的結(jié)構(gòu)變異鑒定工具的綜合評價本文的部分內(nèi)容來源于“Comprehensive evaluation and characterisation of short read general-purpose ...
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69種軟件檢測WGS結(jié)構(gòu)變異SV的算法評估前言 最近在研究低深度WGS數(shù)據(jù)檢測SV變異，測試了很多個軟件，一直沒有一個準(zhǔn)確的結(jié)論。周一很巧地發(fā)現(xiàn)了這篇文章，作者收集了市面上幾乎所有的SV檢測工具，用真實(shí)數(shù)據(jù)和模擬數(shù)據(jù)...
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每周文獻(xiàn) 2021-11-21大家好，本周給大家分享的是近日發(fā)表在PNAS上關(guān)于與螞蟻群體性別比例和社會結(jié)構(gòu)相關(guān)的連鎖超極基因的一篇文章。 文章題目：Linked supergenes underlie ...
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GWAS分析 (一)接觸全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）已經(jīng)一年半有余，從剛開始對GWAS的全然無知到現(xiàn)在慢慢了解，越來越能體會到這項(xiàng)技術(shù)的了不起。同時，越來越多的科研工作者也在使用這項(xiàng)技術(shù)，然后就...
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插件 | Website Awesome 收錄有趣的科研的常用的網(wǎng)站~寫在前面 今天是周二，吃完午飯回到電腦前，想著看個動漫休閑一下。But，我還是忘了網(wǎng)址到底是啥？對于一個沒有做網(wǎng)頁收藏夾的人來說，確實(shí)是麻煩。類似的場景常常發(fā)生在： 下載文獻(xiàn)...
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擴(kuò)增子分析軟件QIIME2 必知必會擴(kuò)增子一站式分析平臺QIIME nature||qiime 2018年1月QIIME2全面接檔QIIME1 極簡操作 QIIME2是微生物組分析流程QIIME的全新版,采用P...
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我的掙扎 與 TBtools 的開發(fā)到底還是寫了一篇推文，卻著實(shí)想不到一個合適的題目?？赡苓@是我寫過最長的一篇推文，約莫萬字。這篇推文的主要內(nèi)容應(yīng)該包括： TBtools 開發(fā)為了什么？ TBtools 是怎么...
