聲明：因為本人使用過程中遇到了很多原來人碰得到的問題，放防止以后遺忘，所以做一下記錄，因為前總結(jié)的很到位，所以直接引用到自己日常記錄，供日后查閱。 主要引用為：【原創(chuàng)文章】辣...
IP屬地：四川
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2021-05-25 picard和beagle軟件使用過程中遇到的各種問題 -
基因組注釋01# | 重復(fù)序列注釋（RepeatModler+RepeatMasker）寫在前面 進行這部分重復(fù)序列提取和注釋，主要是為了屏蔽基因組的重復(fù)序列，以保證后面基因結(jié)構(gòu)注釋的準確性。大致的流程如下：1.首先使用RepeatModler對組裝好的基因組進...
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monocle3 的安裝monocle2在解決細胞軌跡排布結(jié)果可讀性上確實讓人歡喜，但monocle2有個致命的確定，就是分析的細胞數(shù)目有限，最近在分析一個65000多個細胞時的數(shù)據(jù)量時，在orde...
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單細胞測序上游分析-從原始數(shù)據(jù)到cellranger定量單細胞系列教程目錄索引,持續(xù)更新...[http://www.itdecent.cn/p/98fc6c80c216] 為避免造成環(huán)境污染，建議使用conda創(chuàng)建隔離環(huán)境進行...
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2021-01-04根據(jù)SNP驗證自然選擇—XPEHH分析轉(zhuǎn)載自https://mp.weixin.qq.com/s/1IM6KSCGIq0cUJhKKXVcIw 背景 選擇清除分析是常用于鑒定群體基因組水平受選擇區(qū)域的一種方法，其...
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細胞器基因組（葉綠體、線粒體）組裝神器GetOrganelle介紹
GetOrganelle是中國科學(xué)院昆明植物研究所金建軍和郁文彬兩位老師共同開發(fā)的質(zhì)體組裝軟件，論文發(fā)表在Genome Biology[https://genomebiolo...
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SV工具包SURVIVOR的使用
SURVIVOR 是一套用于模擬/評估 SV、合并和比較樣本內(nèi)及樣本間 SV 的工具集，其還可對SV進行重新格式化及進行統(tǒng)計總結(jié)，其他詳細信息也可參考工具的wiki。 安裝 ...
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SV 合并軟件 SURVIVOR
SURVIVOR 軟件的功能： 1)Simulate SVs and evaluate existing callers.2) Merge and compare SVs w...
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SV VCF格式的說明及轉(zhuǎn)換不同的結(jié)構(gòu)變異（structural variation，SV）鑒定工具鑒定出的VCF結(jié)果文件格式不盡相同，但也不是完全沒有規(guī)律可循，主要的格式就有兩種，分別是： BND n...
