聲明:因?yàn)楸救耸褂眠^(guò)程中遇到了很多原來(lái)人碰得到的問(wèn)題,放防止以后遺忘,所以做一下記錄,因?yàn)榍翱偨Y(jié)的很到位,所以直接引用到自己日常記錄,供日后查閱。 主要引用為:【原創(chuàng)文章】辣...
聲明:因?yàn)楸救耸褂眠^(guò)程中遇到了很多原來(lái)人碰得到的問(wèn)題,放防止以后遺忘,所以做一下記錄,因?yàn)榍翱偨Y(jié)的很到位,所以直接引用到自己日常記錄,供日后查閱。 主要引用為:【原創(chuàng)文章】辣...
寫(xiě)在前面 進(jìn)行這部分重復(fù)序列提取和注釋,主要是為了屏蔽基因組的重復(fù)序列,以保證后面基因結(jié)構(gòu)注釋的準(zhǔn)確性。大致的流程如下:1.首先使用RepeatModler對(duì)組裝好的基因組進(jìn)...
monocle2在解決細(xì)胞軌跡排布結(jié)果可讀性上確實(shí)讓人歡喜,但monocle2有個(gè)致命的確定,就是分析的細(xì)胞數(shù)目有限,最近在分析一個(gè)65000多個(gè)細(xì)胞時(shí)的數(shù)據(jù)量時(shí),在orde...
單細(xì)胞系列教程目錄索引,持續(xù)更新...[http://www.itdecent.cn/p/98fc6c80c216] 為避免造成環(huán)境污染,建議使用conda創(chuàng)建隔離環(huán)境進(jìn)行...
轉(zhuǎn)載自https://mp.weixin.qq.com/s/1IM6KSCGIq0cUJhKKXVcIw 背景 選擇清除分析是常用于鑒定群體基因組水平受選擇區(qū)域的一種方法,其...
GetOrganelle是中國(guó)科學(xué)院昆明植物研究所金建軍和郁文彬兩位老師共同開(kāi)發(fā)的質(zhì)體組裝軟件,論文發(fā)表在Genome Biology[https://genomebiolo...
SURVIVOR 是一套用于模擬/評(píng)估 SV、合并和比較樣本內(nèi)及樣本間 SV 的工具集,其還可對(duì)SV進(jìn)行重新格式化及進(jìn)行統(tǒng)計(jì)總結(jié),其他詳細(xì)信息也可參考工具的wiki。 安裝 ...
SURVIVOR 軟件的功能: 1)Simulate SVs and evaluate existing callers.2) Merge and compare SVs w...
不同的結(jié)構(gòu)變異(structural variation,SV)鑒定工具鑒定出的VCF結(jié)果文件格式不盡相同,但也不是完全沒(méi)有規(guī)律可循,主要的格式就有兩種,分別是: BND n...
染色體SV (Structural Variation)變異包含Insertion、Deletion、Duplication、Inversions、Translocation...
Manta輸出VCF文件 Manta運(yùn)行完畢后,將在$ {MANTA_ANALYSIS_PATH}/results/variants目錄下輸出一組VCF格式的結(jié)果文件。 如果...
1前言 ROH參數(shù)的設(shè)置越看越復(fù)雜《How to study runs of homozygosity using PLINK? A guide for analyzing ...
前言 ??做生分析有時(shí)候需要從基因組fasta文件中提取基因的序列,對(duì)于這個(gè)需求有不少現(xiàn)成的軟件可以來(lái)實(shí)現(xiàn),今天來(lái)跟大家分享4款可以完成這個(gè)需求的軟件,廢話不多說(shuō)了,直接來(lái)看...
參考文獻(xiàn):Yang Z. 2014. Molecular evolution: a statistical approach. Oxford(England): Oxford...
今天對(duì)次生代謝產(chǎn)物基因簇(BGCs)的氨基酸序列比對(duì)的時(shí)候,看到結(jié)果文件里有%identity和%similarity兩類(lèi)輸出結(jié)果。 上次比較了標(biāo)準(zhǔn)差和標(biāo)準(zhǔn)誤(【現(xiàn)學(xué)現(xiàn)賣(mài)】標(biāo)...
MITOS2可用于注釋后生動(dòng)物以及真菌等線粒體基因組注釋,主要注釋線粒體18個(gè)核心基因(atp6 atp8 atp9 cob cox1 cox2 cox3 dpo lagli...
有時(shí)候,我們會(huì)拿到一棵「很大很大的」樹(shù),比如可能有幾千個(gè)節(jié)點(diǎn)?;蛘哒f(shuō),幾千個(gè)蛋白序列推斷出來(lái)的進(jìn)化樹(shù)。對(duì)于這類(lèi)巨大樹(shù),可視化比較麻煩,探索上也麻煩。那么可以使用Dendros...
Trinity是Broad Institute和Hebrew University of Jerusalem開(kāi)發(fā)的RNA-Seq數(shù)據(jù) 轉(zhuǎn)錄組組裝工具,包括三個(gè)模塊, Inch...
有時(shí)候,大家做實(shí)驗(yàn)以小鼠為模型,但希望查看與之對(duì)應(yīng)的人同源基因。像這種情況,我們可以不需要進(jìn)行序列比對(duì)來(lái)查找,因?yàn)楸容^麻煩。使用公共數(shù)據(jù)可能更高效。 1.基于NCBI Hom...