聲明：因?yàn)楸救耸褂眠^程中遇到了很多原來人碰得到的問題，放防止以后遺忘，所以做一下記錄，因?yàn)榍翱偨Y(jié)的很到位，所以直接引用到自己日常記錄，供日后查閱。 主要引用為：【原創(chuàng)文章】辣...
IP屬地：寧夏
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2021-05-25 picard和beagle軟件使用過程中遇到的各種問題 -
基因組注釋01# | 重復(fù)序列注釋（RepeatModler+RepeatMasker）寫在前面 進(jìn)行這部分重復(fù)序列提取和注釋，主要是為了屏蔽基因組的重復(fù)序列，以保證后面基因結(jié)構(gòu)注釋的準(zhǔn)確性。大致的流程如下：1.首先使用RepeatModler對組裝好的基因組進(jìn)...
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monocle3 的安裝monocle2在解決細(xì)胞軌跡排布結(jié)果可讀性上確實(shí)讓人歡喜，但monocle2有個致命的確定，就是分析的細(xì)胞數(shù)目有限，最近在分析一個65000多個細(xì)胞時的數(shù)據(jù)量時，在orde...
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單細(xì)胞測序上游分析-從原始數(shù)據(jù)到cellranger定量單細(xì)胞系列教程目錄索引,持續(xù)更新...[http://www.itdecent.cn/p/98fc6c80c216] 為避免造成環(huán)境污染，建議使用conda創(chuàng)建隔離環(huán)境進(jìn)行...
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2021-01-04根據(jù)SNP驗(yàn)證自然選擇—XPEHH分析轉(zhuǎn)載自https://mp.weixin.qq.com/s/1IM6KSCGIq0cUJhKKXVcIw 背景 選擇清除分析是常用于鑒定群體基因組水平受選擇區(qū)域的一種方法，其...
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細(xì)胞器基因組（葉綠體、線粒體）組裝神器GetOrganelle介紹
GetOrganelle是中國科學(xué)院昆明植物研究所金建軍和郁文彬兩位老師共同開發(fā)的質(zhì)體組裝軟件，論文發(fā)表在Genome Biology[https://genomebiolo...
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SV工具包SURVIVOR的使用
SURVIVOR 是一套用于模擬/評估 SV、合并和比較樣本內(nèi)及樣本間 SV 的工具集，其還可對SV進(jìn)行重新格式化及進(jìn)行統(tǒng)計(jì)總結(jié)，其他詳細(xì)信息也可參考工具的wiki。 安裝 ...
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SV 合并軟件 SURVIVOR
SURVIVOR 軟件的功能： 1)Simulate SVs and evaluate existing callers.2) Merge and compare SVs w...
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SV VCF格式的說明及轉(zhuǎn)換不同的結(jié)構(gòu)變異（structural variation，SV）鑒定工具鑒定出的VCF結(jié)果文件格式不盡相同，但也不是完全沒有規(guī)律可循，主要的格式就有兩種，分別是： BND n...
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manta分析SV的結(jié)果有點(diǎn)懵染色體SV (Structural Variation)變異包含Insertion、Deletion、Duplication、Inversions、Translocation...
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一文讀懂SV檢測軟件Manta的結(jié)果文件Manta輸出VCF文件 Manta運(yùn)行完畢后，將在$ {MANTA_ANALYSIS_PATH}/results/variants目錄下輸出一組VCF格式的結(jié)果文件。 如果...
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ROH分析流程及各種參數(shù)的選取1前言 ROH參數(shù)的設(shè)置越看越復(fù)雜《How to study runs of homozygosity using PLINK? A guide for analyzing ...
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可以從fasta中提取基因序列的4款軟件
前言 ??做生分析有時候需要從基因組fasta文件中提取基因的序列，對于這個需求有不少現(xiàn)成的軟件可以來實(shí)現(xiàn)，今天來跟大家分享4款可以完成這個需求的軟件，廢話不多說了，直接來看...
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溯祖理論(coalescent theory)：Fisher-Wright模型以及中性溯祖參考文獻(xiàn)：Yang Z. 2014. Molecular evolution: a statistical approach. Oxford(England): Oxford...
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【現(xiàn)學(xué)現(xiàn)賣】序列比對之identity VS similarity
今天對次生代謝產(chǎn)物基因簇（BGCs）的氨基酸序列比對的時候，看到結(jié)果文件里有%identity和%similarity兩類輸出結(jié)果。 上次比較了標(biāo)準(zhǔn)差和標(biāo)準(zhǔn)誤（【現(xiàn)學(xué)現(xiàn)賣】標(biāo)...
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動物線粒體基因組注釋軟件MITOS2安裝與使用
MITOS2可用于注釋后生動物以及真菌等線粒體基因組注釋，主要注釋線粒體18個核心基因（atp6 atp8 atp9 cob cox1 cox2 cox3 dpo lagli...
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Dendroscope 超大型進(jìn)化樹可視化探索 | 生信分析常用GUI軟件介紹與安裝有時候，我們會拿到一棵「很大很大的」樹，比如可能有幾千個節(jié)點(diǎn)?；蛘哒f，幾千個蛋白序列推斷出來的進(jìn)化樹。對于這類巨大樹，可視化比較麻煩，探索上也麻煩。那么可以使用Dendros...
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使用Trinity進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組組裝Trinity是Broad Institute和Hebrew University of Jerusalem開發(fā)的RNA-Seq數(shù)據(jù) 轉(zhuǎn)錄組組裝工具，包括三個模塊， Inch...
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如何快速查找物種間對應(yīng)的同源基因有時候，大家做實(shí)驗(yàn)以小鼠為模型，但希望查看與之對應(yīng)的人同源基因。像這種情況，我們可以不需要進(jìn)行序列比對來查找，因?yàn)楸容^麻煩。使用公共數(shù)據(jù)可能更高效。 1.基于NCBI Hom...