一、簡介 SOAPdenovo2是用于short-read組裝的軟件，能夠組裝出類似人類基因組大小的de novo草圖。SOAPdenovo主要用于大型植物和動物基因組的組裝...
發(fā)簡信
IP屬地：甘肅
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基因組組裝—SOAPdenovo2的使用 -
測序數(shù)據(jù)的深度、覆蓋度等計算Coverage Depth 覆蓋深度 mapping depth 基因組被測序片段（短讀 short reads）“覆蓋”的強度有多大？ 每一堿基的覆蓋率是基因組堿基被測序...
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Augustus 基因從頭預(yù)測
目前的從頭預(yù)測軟件大多是基于HMM(隱馬爾科夫鏈)和貝葉斯理論，通過已有物種的注釋信息對軟件進行訓練，從訓練結(jié)果中去推斷一段基因序列中可能的結(jié)構(gòu)，在這方面做的最好的工具是AU...
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vcf_to_ped_convert.pl 使用指南最近在做遺傳統(tǒng)計學的作業(yè)，卻慘遭ensembl背刺具體表現(xiàn)為線上工具連接1kGenome數(shù)據(jù)庫失效 不過在工具的index頁面[https://www.ensembl.org...
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lab1-數(shù)據(jù)預(yù)處理本節(jié)要點： 缺失值處理 歸一化 數(shù)據(jù)導(dǎo)入 缺失值處理 若缺失值的個數(shù)大于10，忽略該元組 剩余元組中的缺失值用相應(yīng)列的平均值代替 輸出處理后數(shù)據(jù)的行數(shù)和列數(shù) 歸一化 最小-最...
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1025利用熵評估基因表達的不穩(wěn)定性作業(yè)要求： 根據(jù)給定的兩個數(shù)據(jù)文件genefile.txt（基因表達譜）和geneid（基因ID號），利用熵值評價各個基因的表達穩(wěn)定性，并找出前10個表達最不穩(wěn)定的基因（可能...
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一個愛讀書，喜歡旅游，不會說話的IT懶癌。
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lab2-DEG_heatmap-st練習1：從PDAC-NET.txt表達譜中獲得PDAC和NET的差異基因，(顯著性水平為0.05 ，fdr 控制在0.01)并對上述差基因畫熱圖。 heatmap必備包 以下...
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1013基因組信息-關(guān)聯(lián)檢驗作業(yè)沾點數(shù)學的東西總能讓我琢磨好一陣子。完成作業(yè)順便復(fù)習一下知識點解答一下自己的疑惑。 關(guān)聯(lián)檢驗中 期望值 的理解 以題目信息為例 這是實際觀察到的一個狀態(tài) 一看到這個列聯(lián)表，讓...
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lab1_練習1, 2練習一 用mas5方法計算每個探針的表達是否是真實的，可以用mas5calss()實現(xiàn)，結(jié) 果中P,M,A分別表示present(表達),margina,absent(未表達...
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affy 包處理affymetrix 表達譜芯片在正式開始操作前做了一些資料的收集，正好搜到了18級學姐的CSDN文章，從她的作業(yè)流程中參考了很多↓ 用Bionconductor的affy包處理.cel文件_affy包怎么...
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生物統(tǒng)計學 | Fisher精確檢驗
最近論文吃緊，本來想搞搞群體多樣性的，無奈沒時間，為了保持簡書上我這個號殘余的一點熱乎氣，今天晚上分享一篇8年前寫的舊文，主要講Fisher檢驗的，有些不盡如意的地方稍作了一...
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