可以給一個老版本的鏈接嗎，萬分感謝
利用ggcor包繪制相關(guān)性組合圖及環(huán)狀熱圖ggcor包最初是因?yàn)槟芸焖賹?shí)現(xiàn)19年Science一組合相關(guān)性圖(上圖所示)變得流行起來，除此該包對熱圖、熱圖等等的可視化都是很方便快捷的，除了之前介紹過的幾種相關(guān)性圖幾種...
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努力努力再努力~<br>個人博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Flishensuo.github.io%2F" target="_blank">https://lishensuo.github.io/</a>
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您好，請問可以用kraken的--report輸出結(jié)果中的第一列作為物種豐度進(jìn)行后續(xù)計(jì)算嗎？ 因?yàn)槲覈L試用nr數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對，但是bracken不能處理蛋白序列，所以只能得到kraken的結(jié)果
Kraken2+Bracken
1. 簡介 Kraken2是一個基于k-mer算法的高精度宏基因組序列分類軟件，能夠快速的將測序reads進(jìn)行物種分類。 Kraken2官網(wǎng)[http://ccb.jhu.e...
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您好 我下載nr數(shù)據(jù)庫的時(shí)候出現(xiàn)了這樣的報(bào)錯，請問是怎么回事呢
Downloading nr database from server... rsync: [Receiver] failed to connect to ftp.ncbi.nlm.nih.gov (2607:f220:41e:250::12): Connection timed out (110)
rsync: [Receiver] failed to connect to ftp.ncbi.nlm.nih.gov (2607:f220:41e:250::10): Connection timed out (110)
rsync: [Receiver] failed to connect to ftp.ncbi.nlm.nih.gov (165.112.9.229): Connection timed out (110)
rsync: [Receiver] failed to connect to ftp.ncbi.nlm.nih.gov (130.14.250.7): Connection timed out (110)
rsync error: error in socket IO (code 10) at clientserver.c(137) [Receiver=3.2.3]如何構(gòu)建kraken2個性化數(shù)據(jù)庫
kraken2就不介紹了，是一款挺好用的快速比對宏基因組軟件。 現(xiàn)在有了nt數(shù)據(jù)庫下面animal的序列，那么如何構(gòu)建kraken2的數(shù)據(jù)庫呢？ 首先推薦把kraken2安裝...
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@ca716bd21444 就是樣品的環(huán)境信息
從NCBI-SRA和EBI-ENA數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù)
NCBI-SRA和EBI-ENA數(shù)據(jù)庫 SRA數(shù)據(jù)庫: Sequence Read Archive：隸屬NCBI (National Center for Biotechno...
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請問ENA數(shù)據(jù)庫怎么下載metadata 呢
從NCBI-SRA和EBI-ENA數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù)
NCBI-SRA和EBI-ENA數(shù)據(jù)庫 SRA數(shù)據(jù)庫: Sequence Read Archive：隸屬NCBI (National Center for Biotechno...
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@蜜罐兒_1747 你解決了嗎 好像解壓之后沒有，但是直接打開壓縮文件的話，可以看到這個文件
Flowjo軟件安裝
不在實(shí)驗(yàn)室，想分析一下流式的數(shù)據(jù)真是困難，于是乎決定在自己的電腦上安裝一個破解版的Flowjo。百度嘗試了各種下載版本，最終發(fā)現(xiàn)了一個靠譜的下載地址：Flowjo參考的下載地...
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請問 --keep-original-seq 這個參數(shù)要不要加上呢
VirSorter2識別病毒序列
從宏基因/轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中識別病毒信號缺少1. 廣譜基因marker 2. 數(shù)據(jù)庫代表 3. 有效工具。但VirSorter2很OK。 標(biāo)題：VirSorter2: a mult...
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您好，我安裝之后安裝文件夾里沒有crack這個文件夾，請問是怎么回事呢
Flowjo軟件安裝
不在實(shí)驗(yàn)室，想分析一下流式的數(shù)據(jù)真是困難，于是乎決定在自己的電腦上安裝一個破解版的Flowjo。百度嘗試了各種下載版本，最終發(fā)現(xiàn)了一個靠譜的下載地址：Flowjo參考的下載地...
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您好，請問您知道怎樣下載這1358個subsystems的具體fasta序列嗎
SEED數(shù)據(jù)庫簡介及使用
SEED是什么 SEED是Fellowship for Interpretation of Genomes (FIG)在2003年發(fā)起的一項(xiàng)無資金支持的的開源項(xiàng)目。該項(xiàng)目的核...
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多多分享。
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您好，我用kofamkoala的exec_annotation 的時(shí)候，不加-f mapper參數(shù)，有些序列有KO的比對結(jié)果(e值不大)，加-f參數(shù)的時(shí)候，輸出文件中 這些序列沒有相對應(yīng)的KO值。請問這是怎么回事呢？ 是不是按照predefined adaptive thresholds進(jìn)行篩選的呢？ 這個閾值是指什么，默認(rèn)值是多少呢
kofamscan注釋KEGG Orthology
記錄細(xì)菌基因組KEGG注釋方法。kofanscan可源碼安裝（參考鏈接）或者conda安裝（無需管理員權(quán)限，推薦）。數(shù)據(jù)庫需要額外單獨(dú)下載（參考鏈接）。 文章標(biāo)題：Kofam...
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您好，請問您是否知道如何用Anvio對已經(jīng)得到的bin(用其他軟件得到的bin)進(jìn)行去污染呢？
宏基因組數(shù)據(jù)分析流程代碼
熊金波實(shí)驗(yàn)室出品 整理歸納：Larry 本次學(xué)習(xí)使用的服務(wù)器IP地址和其用戶名賬戶密碼如下： 地址：gs0.genek.tv 用戶名：u3276 密碼：genek.tv（建議...
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您好，請問您是否知道如何用Anvio對已經(jīng)得到的bin進(jìn)行去污染呢？
宏基因組mapping和binning筆記整理
1、mapping（bowtie2）比對，估計(jì)基因豐度 2、利用contig的核酸組成和豐度的算法來binning，之后再進(jìn)行單菌組裝、宏基因組關(guān)聯(lián)分析等 Mapping簡介...
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生信，統(tǒng)計(jì)，人工智能<br><br>EasyGene<br><br>歡迎關(guān)注！
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植物逆境營養(yǎng)博士生，<br>喜歡折騰編程方面的東西，<br>愛好攝影，偶爾喜歡裝文藝。
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您好，用hmmscan搜索HMM庫，--domtblout的輸出結(jié)果中一條序列可能對應(yīng)多個結(jié)構(gòu)域；每個結(jié)構(gòu)域又有多個結(jié)果，對應(yīng)序列不同的位置. 請問 要想知道這條序列有幾個結(jié)構(gòu)域，以及結(jié)構(gòu)域分別對應(yīng)的位置，該怎樣篩選呢；序列上 兩個結(jié)構(gòu)域的位置能有重合嗎
HMMER3.1使用
最近在探索全基因組基因家族的分析方法，而找到某一家族需要通過保守結(jié)構(gòu)域來預(yù)測，從而找到物種的某一基因家族，從而進(jìn)行之后的分析。這里就需要用到HMMER3.1軟件，鑒定物種某一...
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@鞏翔宇I(lǐng)brahimovic 謝謝，抱歉我可能沒表達(dá)清楚。比如，--domtblout的輸出結(jié)果是這樣的：一條序列比對到ABC三個結(jié)構(gòu)域，ABC又分別有三行結(jié)果，對應(yīng)的是序列的不同位置，但是e-value是一樣的，也就是domtblout中有九行結(jié)果。我的疑問是：從第一行開始向下篩選，因?yàn)锳的三個結(jié)果對應(yīng)的位置是不一樣的，那么A的這三個結(jié)果只保留一個，還是全都保留呢；要是只保留一個的話 那么是不是篩選完A之后，對于B的三條結(jié)果，只要位置沒有和A重合，就保留，如果位置有重合，那么就不保留；最終ABC分別最多只保留一條結(jié)果
【HMMSCAN】使用pfam數(shù)據(jù)庫對多序列文件進(jìn)行結(jié)構(gòu)域注釋
寫在前面 做基因功能的人都會特別注意基因上有什么功能結(jié)構(gòu)域，通常我們認(rèn)為，結(jié)構(gòu)域決定了這個基因的功能。隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展，我們完全可以通過一級序列來預(yù)測該基因的結(jié)構(gòu)域，...
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您好，請問您知道如何用anvio對已經(jīng)得到的宏基因組bin進(jìn)行去污染嗎
使用anvi'o 進(jìn)行微生物pangenomics泛基因組分析
1.數(shù)據(jù)下載 2.數(shù)據(jù)解壓 2.泛基因組數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建 泛基因組分析 后面還可以對其泛基因組功能進(jìn)行分析，感興趣的大家去anvio網(wǎng)站學(xué)習(xí)吧！
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