北京基因組所研究生<br><br>Focus on Bioinformatics and Machine-Learning<br><br>Follow me on Github: <a href="https://github.com/Ming-Lian" rel="nofollow" target="_blank">https://github.com/Ming-Lian</a><br><br>跳出局部最優(yōu)，搜索全局最優(yōu)
IP屬地：江蘇
-
-
RNA速率：細胞內(nèi)部的指南針博文名稱：RNA Velocity: The Cell’s Internal Compass博文鏈接：https://towardsdatascience.com/rna-v...
-
sctransform預(yù)處理后，如何進行差異表達分析一、seurat執(zhí)行差異表達分析 根據(jù)單細胞數(shù)據(jù)預(yù)處理的方式不同（lognormalize和sctransform），執(zhí)行差異表達分析代碼有所不同，這個需要注意。我當時請教過...
-
-
10X空間轉(zhuǎn)錄組的文獻思路簡單分析作者，追風(fēng)少年i 七夕馬上就要到了，古人描寫七夕的詩句很多，不過小時候背的就記得一首 迢迢牽牛星，皎皎河漢女。纖纖擢素手，札札弄機杼。終日不成章，泣涕零如雨。河漢清且淺，相去...
-
@八重_967e 配置好環(huán)境，應(yīng)該是可以的吧，我只是剛好服務(wù)器是linux系統(tǒng)的
SCENIC安裝踩坑教程
一、官方提供的安裝方法 #詳細的安裝教程參考官網(wǎng) https://github.com/aertslab/SCENIC 安裝代碼如下 在安裝SCENIC之前，請按照以下代碼安...
-
【空間轉(zhuǎn)錄組】MIA分析之前講過一篇空間轉(zhuǎn)錄組的文獻，里面首次提出了Multimodal intersection analysis(MIA)的空間轉(zhuǎn)錄組分析思路。 MIA分析可以用來評估空間上某個...
-
富集分析的原理與實現(xiàn)
一般做完差異分析都會做這一步，目的是找到差異基因富集到的通路，進而與生物學(xué)意義聯(lián)系起來。具體的統(tǒng)計方法很簡單，這篇筆記里面的代碼可以從零搭建一個富集分析工具。 后臺回復(fù)202...
-
單細胞分析實錄(18): 基于CellPhoneDB的細胞通訊分析及可視化 (上篇)
細胞通訊分析可以給我們一些細胞類群之間相互調(diào)控/交流的信息，這種細胞之間的調(diào)控主要是通過受配體結(jié)合，傳遞信號來實現(xiàn)的。不同的分化、疾病過程，可能存在特異的細胞通訊關(guān)系，因此闡...
-
R 創(chuàng)建循壞變量名
目的：創(chuàng)建循環(huán)變量名"xxx.pdf" ，其中xxx是基因名 eg:gene=c("gene1","gene2",......) class(gene) --->chara...
-
R包絞盡腦汁安裝失敗解決新方案
該R包在cran中并未上傳，而是選擇托管在了github中 if 你擁有多臺服務(wù)器 那么可通過以下方案解決R包安裝失敗的問題 在我租用服務(wù)器1中安裝 安裝成功后，將安裝包下載...
-
如何研究目標基因的上下游
這里就是為了記錄一下實驗涉及的思路 eg：我之前的研究中發(fā)現(xiàn)某基因的過表達可以促進腫瘤凋亡，如果我想研究它受到上游哪些基因的調(diào)控或者調(diào)控哪些下游基因，應(yīng)該怎么做呢? 如果研究...
-
轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)大亂燉一、檢索已驗證的調(diào)控單基因的轉(zhuǎn)錄因子 1、在線查詢數(shù)據(jù)庫 (http://evexdb.org/)，是以PubMed和PubMed Central中發(fā)表文章的摘要和全文為依據(jù)...
-
SCENIC安裝踩坑教程一、官方提供的安裝方法 #詳細的安裝教程參考官網(wǎng) https://github.com/aertslab/SCENIC 安裝代碼如下 在安裝SCENIC之前，請按照以下代碼安...
-
inferCNV判斷惡性上皮細胞
一、輸入文件要求 運行infercnv之前，需要準備三個文件：1、單細胞表達矩陣文件；2、細胞類型注釋文件；3、基因坐標文件。 inferCNV示例數(shù)據(jù) oligodendr...
-
R包inferCNV rjags安裝
install.packages("rjags")Installing package into ‘/home/lfr/R/x86_64-pc-linux-gnu-libra...
