博文名稱:RNA Velocity: The Cell’s Internal Compass博文鏈接:https://towardsdatascience.com/rna-v...
一、seurat執(zhí)行差異表達分析 根據(jù)單細胞數(shù)據(jù)預(yù)處理的方式不同(lognormalize和sctransform),執(zhí)行差異表達分析代碼有所不同,這個需要注意。我當時請教過...
作者,追風(fēng)少年i 七夕馬上就要到了,古人描寫七夕的詩句很多,不過小時候背的就記得一首 迢迢牽牛星,皎皎河漢女。纖纖擢素手,札札弄機杼。終日不成章,泣涕零如雨。河漢清且淺,相去...
@八重_967e 配置好環(huán)境,應(yīng)該是可以的吧,我只是剛好服務(wù)器是linux系統(tǒng)的
SCENIC安裝踩坑教程一、官方提供的安裝方法 #詳細的安裝教程參考官網(wǎng) https://github.com/aertslab/SCENIC 安裝代碼如下 在安裝SCENIC之前,請按照以下代碼安...
之前講過一篇空間轉(zhuǎn)錄組的文獻,里面首次提出了Multimodal intersection analysis(MIA)的空間轉(zhuǎn)錄組分析思路。 MIA分析可以用來評估空間上某個...
一般做完差異分析都會做這一步,目的是找到差異基因富集到的通路,進而與生物學(xué)意義聯(lián)系起來。具體的統(tǒng)計方法很簡單,這篇筆記里面的代碼可以從零搭建一個富集分析工具。 后臺回復(fù)202...
細胞通訊分析可以給我們一些細胞類群之間相互調(diào)控/交流的信息,這種細胞之間的調(diào)控主要是通過受配體結(jié)合,傳遞信號來實現(xiàn)的。不同的分化、疾病過程,可能存在特異的細胞通訊關(guān)系,因此闡...
目的:創(chuàng)建循環(huán)變量名"xxx.pdf" ,其中xxx是基因名 eg:gene=c("gene1","gene2",......) class(gene) --->chara...
該R包在cran中并未上傳,而是選擇托管在了github中 if 你擁有多臺服務(wù)器 那么可通過以下方案解決R包安裝失敗的問題 在我租用服務(wù)器1中安裝 安裝成功后,將安裝包下載...
這里就是為了記錄一下實驗涉及的思路 eg:我之前的研究中發(fā)現(xiàn)某基因的過表達可以促進腫瘤凋亡,如果我想研究它受到上游哪些基因的調(diào)控或者調(diào)控哪些下游基因,應(yīng)該怎么做呢? 如果研究...
一、檢索已驗證的調(diào)控單基因的轉(zhuǎn)錄因子 1、在線查詢數(shù)據(jù)庫 (http://evexdb.org/),是以PubMed和PubMed Central中發(fā)表文章的摘要和全文為依據(jù)...
一、官方提供的安裝方法 #詳細的安裝教程參考官網(wǎng) https://github.com/aertslab/SCENIC 安裝代碼如下 在安裝SCENIC之前,請按照以下代碼安...
一、輸入文件要求 運行infercnv之前,需要準備三個文件:1、單細胞表達矩陣文件;2、細胞類型注釋文件;3、基因坐標文件。 inferCNV示例數(shù)據(jù) oligodendr...
install.packages("rjags")Installing package into ‘/home/lfr/R/x86_64-pc-linux-gnu-libra...