列舉了19個(gè)OrgDB，物種對(duì)應(yīng)的全基因組注釋R包，方便根據(jù)EntreZ進(jìn)行基因的注釋分析等等 | 物種 | OrgDB || 按蚊（Anopheles） | org.Ag....
IP屬地：內(nèi)蒙古自治區(qū)
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常見(jiàn)的OrgDB包，方便對(duì)應(yīng)物種注釋
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Ensembl數(shù)據(jù)庫(kù)
簡(jiǎn)介 Ensembl ：http://www.ensembl.org/info/data/ftp/index.html，常用的參考基因組和GTF文件下載網(wǎng)站。 Ensembl...
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非度量多維尺度（NMDS）分析及R繪圖先上圖 注：填充顏色由AI處理。 （樣本和分組文件如下）（這里只是展示數(shù)據(jù)形式并不是原數(shù)據(jù)（分組名與代碼中不一樣）） vegan分析數(shù)據(jù) 行名樣本，列名物種，內(nèi)容豐度。 繪圖...
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單細(xì)胞測(cè)序和單細(xì)胞核測(cè)序的區(qū)別生物體正常的生理功能依賴于復(fù)雜的細(xì)胞及分子通過(guò)復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)相互作用推進(jìn)和完成，生物體的復(fù)雜程度在細(xì)胞類型、細(xì)胞比例、細(xì)胞的空間位置、細(xì)胞的基因表達(dá)、細(xì)胞間的通訊互作、染色質(zhì)的狀...
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@阿樂(lè)_01e9 FPKM; 建議先標(biāo)準(zhǔn)化后差異分析
一文做會(huì)漂亮的火山圖
一、通過(guò)limma包對(duì)輸入數(shù)據(jù)進(jìn)行處理 1、歸一化處理 在利用limma包進(jìn)行差異分析處理之前，要對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行歸一化處理： 在使用limma包之前首先要對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理 如...
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networkx + Cytoscape 構(gòu)建及可視化網(wǎng)絡(luò)圖本次筆記內(nèi)容：網(wǎng)絡(luò)圖的簡(jiǎn)要結(jié)構(gòu)以相關(guān)系數(shù)表為例：networkx構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)Cytoscape可視化網(wǎng)絡(luò)圖co-XXX network 網(wǎng)絡(luò)圖的簡(jiǎn)要結(jié)構(gòu) 網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)由點(diǎn)及連接點(diǎn)...
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scRNA-seq擬時(shí)分析 || Monocle2 踩坑教程擬時(shí)（pseudotime）分析，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過(guò)擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過(guò)程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過(guò)程，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
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001-Seurat介紹和數(shù)據(jù)質(zhì)控4.0 安裝包 加載所需要的包 清除環(huán)境， 讀取10x的數(shù)據(jù) BC10 文件夾內(nèi)容 scRNA.counts是一個(gè)S4對(duì)象。S4對(duì)象就像一顆大樹(shù)一樣，有主枝干，有分枝。 創(chuàng)建...
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周運(yùn)來(lái)，男，長(zhǎng)大了才會(huì)遇到的帥哥，穩(wěn)健，瀟灑，大方，靠譜。一段生信緣，一棵技能樹(shù)。生信技能樹(shù)核心成員，單細(xì)胞天地供稿人，簡(jiǎn)書創(chuàng)作者，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
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smart-seq2 實(shí)踐單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組：smart-seq2 參考資料： Smart-seq2 scRNA小鼠發(fā)育學(xué)習(xí)筆記: http://www.itdecent.cn/p/23a8fcb1292...
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HZAU植科院農(nóng)學(xué)本科畢業(yè)生<br>HZAU信息學(xué)院生信專業(yè)碩士畢業(yè)生<br>目前就職于國(guó)內(nèi)某知名藥企數(shù)據(jù)分析崗位<br>主要擅長(zhǎng)SAS,R,Python,Linux,Shell,Power BI,Power automatic<br>對(duì)爬蟲(chóng)、網(wǎng)站搭建感興趣<br><br>歡迎一起討論呀~<br>簡(jiǎn)書不定時(shí)查看，有需要?dú)g迎知乎私信:<br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.zhihu.com%2Fpeople%2Fcao-kai-30-84" target="_blank">https://www.zhihu.com/people/cao-kai-30-84</a>
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seurat-FindAllMarkers()源碼解析現(xiàn)在回想單細(xì)胞項(xiàng)目的一些常規(guī)分析，clusters/groups間的差異表達(dá)分析（differential expression analysis）幾乎是分析必備項(xiàng)，F(xiàn)ind...
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Seurat取子集時(shí)會(huì)用到的函數(shù)和方法在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中，在確定細(xì)胞類型后，除了可以進(jìn)行差異表達(dá)基因分析外，還可以針對(duì)單個(gè)細(xì)胞類型進(jìn)行分析特定分析，這時(shí)就需要我們提取細(xì)胞子集分開(kāi)處理了。 一、Seurat數(shù)據(jù)格式...
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Cellranger的下載、安裝
1. Cellranger的下載 此處以10X官網(wǎng)上最新的Cellranger版本為例下載，網(wǎng)址如下： 下載至某一文件夾，本例中以下載至software文件夾為例。 之后，進(jìn)...
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R語(yǔ)言如何多線程R語(yǔ)言如何多線程 相對(duì)于python或者perl來(lái)說(shuō)，R給我的感覺(jué)是速度不是太快，有時(shí)候部分程序是可以用多線程進(jìn)行并行運(yùn)算的。 這里介紹一個(gè)包parallel。 方法1： p...
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如何設(shè)計(jì)引物首先，選擇一部分的DNA序列 ，如黑色下劃線的部分引物序列粘貼到Primer:file-new-DNA序列-粘貼即可image.png無(wú)論設(shè)計(jì)上游還是下游引物，選擇as ls...
