diamond的安裝與使用 ClustalW 的安裝 bedtools的安裝使用 利用blast的結(jié)果構(gòu)建bed文件,再利用bedtools軟件根據(jù)bed文件將balst的序...
diamond的安裝與使用 ClustalW 的安裝 bedtools的安裝使用 利用blast的結(jié)果構(gòu)建bed文件,再利用bedtools軟件根據(jù)bed文件將balst的序...
【記錄使用,官方原文請(qǐng)參考:Quick Start (Square Bin) - Stereopy[https://stereopy.readthedocs.io/en/v1...
軌跡分析系列: 單細(xì)胞之軌跡分析-1:RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析(Pseudot...
一、ScaleData()簡(jiǎn)介 單細(xì)胞基因表達(dá)counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)NormalizeData()歸一化處理后,還需要進(jìn)行scale標(biāo)準(zhǔn)化。ScaleData()[http...
mgtak 共有 3 種主要模式:call、bcall、tenx 每種模式輸出相同的文件,根據(jù)輸入數(shù)據(jù)的來(lái)源和格式以及計(jì)算資源,選擇合適的模式;和 2 種支持模式:check...
在使用 Signac 進(jìn)行 scATAC-seq 分析時(shí),在 Rstudio 中加載 Signac 發(fā)生警告: 如何處理??? 嘗試1:更新 Biostrings R 包 好...
參照 Signac 官方分析流程 Analyzing PBMC scATAC-seq ? Signac (stuartlab.org)[https://stuartlab.o...
參考 cellranger-atac 官方流程: Single Cell ATAC - Official 10x Genomics Support[https://www.1...
寫(xiě)在前面 沒(méi)錯(cuò),標(biāo)題黨就是我!這幾天在忙課題的一些東西,其中涉及到一些 PhasiRNA 數(shù)據(jù)分析。討論了一下,發(fā)現(xiàn)了一些陳年老 bugs。主要原因在于需求變了,所以代碼邏輯...
我也遇到了這個(gè)問(wèn)題,需要查看gene2ko 與ko2pathway的數(shù)據(jù),列名中包含KO的字母的大小寫(xiě)是否一致,和對(duì)應(yīng)列名下面的KOid是否是一致的格式。若是不一樣需要設(shè)置成一致。
自己構(gòu)建物種包OrgDb,然后用clusterProfiler富集分析利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析時(shí),發(fā)現(xiàn)網(wǎng)上沒(méi)有物種包OrgDb,利用網(wǎng)上教程構(gòu)建了一個(gè)。主要參考了劉小澤的簡(jiǎn)書(shū),特別感謝一下?。?! emapper首先得到注釋...
主要從如何看圖、用圖與作圖三個(gè)方面來(lái)對(duì)箱線圖進(jìn)行理解和總結(jié)。 1、看圖 如圖所示,箱線圖是將一組數(shù)據(jù)按照大小順序排列后進(jìn)行繪制的,包含6個(gè)數(shù)據(jù)節(jié)點(diǎn),分別表示出數(shù)據(jù)的上邊緣、上...
一. 更新R 二. 更改R的工作路徑 1.臨時(shí)修改工作路徑: 查看工作路徑:getwd()臨時(shí)修改工作路徑:setwd("path_what_you_want") 2.永久...
伴隨著電腦開(kāi)機(jī),軟件就自己打開(kāi)運(yùn)行。 打開(kāi)電腦的文件夾,在文件搜索欄輸入: C:\Users\Administrator\AppData\Roaming\Microsoft\...
序列比對(duì)和序列特征分析總目錄 網(wǎng)址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi運(yùn)行方式:本地或web 基本的BLAST工具包括: bla...
GitHub上對(duì)此描述的也是很詳細(xì): https://github.com/davidemms/OrthoFinder[https://github.com/davidemm...
一、軟件安裝 軟件安裝可以參考Jimmy寫(xiě)的軟件的安裝代碼:生物信息學(xué)常見(jiàn)1000個(gè)軟件的安裝代碼!http://www.biotrainee.com/thread-856-...