diamond的安裝與使用 ClustalW 的安裝 bedtools的安裝使用 利用blast的結(jié)果構(gòu)建bed文件，再利用bedtools軟件根據(jù)bed文件將balst的序...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：浙江
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blast構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)、多序列比對(duì)
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Stereopy -- 華大空轉(zhuǎn)分析【記錄使用，官方原文請(qǐng)參考：Quick Start (Square Bin) - Stereopy[https://stereopy.readthedocs.io/en/v1...
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
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seurat-ScaleData()源碼解析一、ScaleData()簡(jiǎn)介 單細(xì)胞基因表達(dá)counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)NormalizeData()歸一化處理后，還需要進(jìn)行scale標(biāo)準(zhǔn)化。ScaleData()[http...
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mtscATAC-seq 使用 mgatk 鑒定高質(zhì)量變異
mgtak 共有 3 種主要模式：call、bcall、tenx 每種模式輸出相同的文件，根據(jù)輸入數(shù)據(jù)的來(lái)源和格式以及計(jì)算資源，選擇合適的模式；和 2 種支持模式：check...
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R：加載 Signac，警告 ‘sort’存在多個(gè)方法表
在使用 Signac 進(jìn)行 scATAC-seq 分析時(shí)，在 Rstudio 中加載 Signac 發(fā)生警告： 如何處理？？？ 嘗試1：更新 Biostrings R 包 好...
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單細(xì)胞 scATAC 分析 -- Signac（二）參照 Signac 官方分析流程 Analyzing PBMC scATAC-seq ? Signac (stuartlab.org)[https://stuartlab.o...
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單細(xì)胞 scATAC 分析 -- cellranger-atac（一）參考 cellranger-atac 官方流程： Single Cell ATAC - Official 10x Genomics Support[https://www.1...
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世上至強(qiáng) 植物PhasiRNA 數(shù)據(jù)分析流程！寫(xiě)在前面 沒(méi)錯(cuò)，標(biāo)題黨就是我！這幾天在忙課題的一些東西，其中涉及到一些 PhasiRNA 數(shù)據(jù)分析。討論了一下，發(fā)現(xiàn)了一些陳年老 bugs。主要原因在于需求變了，所以代碼邏輯...
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我也遇到了這個(gè)問(wèn)題，需要查看gene2ko 與ko2pathway的數(shù)據(jù)，列名中包含KO的字母的大小寫(xiě)是否一致，和對(duì)應(yīng)列名下面的KOid是否是一致的格式。若是不一樣需要設(shè)置成一致。
自己構(gòu)建物種包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析時(shí)，發(fā)現(xiàn)網(wǎng)上沒(méi)有物種包OrgDb，利用網(wǎng)上教程構(gòu)建了一個(gè)。主要參考了劉小澤的簡(jiǎn)書(shū)，特別感謝一下?。?！ emapper首先得到注釋...
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個(gè)人向ggplot2箱線圖總結(jié)主要從如何看圖、用圖與作圖三個(gè)方面來(lái)對(duì)箱線圖進(jìn)行理解和總結(jié)。 1、看圖 如圖所示，箱線圖是將一組數(shù)據(jù)按照大小順序排列后進(jìn)行繪制的，包含6個(gè)數(shù)據(jù)節(jié)點(diǎn)，分別表示出數(shù)據(jù)的上邊緣、上...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負(fù)了努力
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R的更新、工作路徑、安裝包一. 更新R 二. 更改R的工作路徑 1.臨時(shí)修改工作路徑： 查看工作路徑：getwd()臨時(shí)修改工作路徑：setwd("path_what_you_want") 2.永久...
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開(kāi)機(jī)自啟動(dòng)
伴隨著電腦開(kāi)機(jī)，軟件就自己打開(kāi)運(yùn)行。 打開(kāi)電腦的文件夾，在文件搜索欄輸入： C:\Users\Administrator\AppData\Roaming\Microsoft\...
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2?? 雙序列比對(duì)(2)：BLAST詳細(xì)操作:web版和linux版序列比對(duì)和序列特征分析總目錄 網(wǎng)址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi運(yùn)行方式：本地或web 基本的BLAST工具包括： bla...
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OrthoFinder
GitHub上對(duì)此描述的也是很詳細(xì)： https://github.com/davidemms/OrthoFinder[https://github.com/davidemm...
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安裝軟件、conda的重新安裝及其使用
一、軟件安裝 軟件安裝可以參考Jimmy寫(xiě)的軟件的安裝代碼：生物信息學(xué)常見(jiàn)1000個(gè)軟件的安裝代碼！http://www.biotrainee.com/thread-856-...
