經(jīng)典的GWAS原理圖，補(bǔ)一個(gè)在這里 GWAS是找與當(dāng)前性狀相關(guān)的snppheWAS是找與當(dāng)前snp相關(guān)的性狀 那么這樣看，GWAS可以通過(guò)單個(gè)研究來(lái)做，pheWAS基本上就是...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：重慶
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【MR】pheWAS -
單細(xì)胞RNAseq常規(guī)分析流程（10X）降維聚類，類型鑒定，差異分析 近年來(lái)，單細(xì)胞測(cè)序的成本逐漸降低，使得大眾研究從組織水平轉(zhuǎn)移到單個(gè)細(xì)胞水平的分析成為可能。本文主要是簡(jiǎn)單介紹一下SingleCellRNAseq...
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孟德?tīng)栯S機(jī)化發(fā)高分SCI必備的一些基本概念及計(jì)算-MAF
大家好，孟德?tīng)栯S機(jī)化很多人都是從TwoSampleMR包入手學(xué)習(xí)的，很多GWAS的概念如果不搞清楚，寫(xiě)SCI的時(shí)候容易犯一些概念性的錯(cuò)誤，低分的雜志可能大家都很水，可能也就一...
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拯救你那些富集不到結(jié)果的基因數(shù)據(jù)整理 因?yàn)檫@個(gè)是我學(xué)生的真實(shí)數(shù)據(jù)，所以就不方便放出來(lái)給大家做示例文件了，可以只看代碼，或者拿自己的數(shù)據(jù)練練手。 975個(gè)基因做不出GO富集，我的第一反應(yīng)是孩子學(xué)藝不精，然...
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VCF文件參數(shù)解讀VCF (variant callformat) 文件記錄了所有樣品基因組中所有位置變異（主要包括SNP和InDel）信息。后續(xù)幾乎所有分析內(nèi)容都是基于此文件，如進(jìn)化樹(shù)分析、...
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多組學(xué)水平的孟德?tīng)栯S機(jī)化分析+three-step SMR 應(yīng)用實(shí)操
多組學(xué)分析：在基因表達(dá)、表觀遺傳、蛋白、單細(xì)胞及微生物組學(xué)等水平上，利用組學(xué)數(shù)據(jù)比較不同組學(xué)水平的疾病和健康對(duì)照，從而鑒定潛在的致病機(jī)制。 藥物靶點(diǎn)孟德?tīng)栯S機(jī)化分析：探究是其...
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生信數(shù)據(jù)庫(kù)ID大總結(jié)&ID轉(zhuǎn)換方法
首先介紹下各個(gè)ID的轉(zhuǎn)換，比較便捷的有： 1.在線的：Uniprot ： ID mapping 工具，可以批量轉(zhuǎn)換和下載https://www.uniprot.org/id-...
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論孟德?tīng)栯S機(jī)化與單細(xì)胞聯(lián)合研究的可能性因?yàn)槲易约貉芯康念I(lǐng)域跨單細(xì)胞、QTL、以及孟德?tīng)栯S機(jī)化，所以就一直在思考這個(gè)問(wèn)題：?jiǎn)渭?xì)胞能不能和孟德?tīng)栯S機(jī)化聯(lián)合起來(lái)研究？ 這方面的文章或者研究比較少。兩個(gè)組學(xué)能夠聯(lián)合我能想...
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GWAS分析-P值和beta值的愛(ài)恨相殺 (六)前面已經(jīng)簡(jiǎn)單介紹過(guò)GWAS的概念，GWAS分析中所用到的文件以及分析流程，我們?cè)贕WAS分析結(jié)果文件中經(jīng)常會(huì)看到beta值和P值，他們分別代表什么意思？這兩個(gè)值又有什么關(guān)系呢...
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— ggforce（形狀）前言 ggforce 是 ggplot2 的一個(gè)擴(kuò)展包，提供了許多自定義的工具函數(shù)，可以更方便地為圖形添加不同的形狀、線條等注釋，更靈活的分面圖形繪制 使用 安裝使用 1. ...
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基因芯片數(shù)據(jù)分析-2: Quantile normalization
分位數(shù)歸一化就是將多種分布映射到同一種分布?？梢灾付ㄒ粋€(gè)參考分布，將其映射到其它的統(tǒng)計(jì)分布；或者從需要處理的這些不同數(shù)據(jù)中計(jì)算出一個(gè)參考分布。 原理實(shí)現(xiàn)： 存在一個(gè)原始數(shù)組如...
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R小tip（八）熱圖添加顯著性標(biāo)志我們這次討論下如何在熱圖上標(biāo)記顯著性標(biāo)記 參考：https://mp.weixin.qq.com/s/5tHE5apk2SwDmcSLYQx48Q
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R程序執(zhí)行結(jié)果的輸出sink()內(nèi)容來(lái)自：《R語(yǔ)言數(shù)據(jù)挖掘》第2版 薛薇 編著 R程序的執(zhí)行結(jié)果默認(rèn)輸出到控制臺(tái)上。當(dāng)處理的數(shù)據(jù)量較大，計(jì)算結(jié)果較多時(shí)，往往希望在計(jì)算結(jié)果輸出到控制臺(tái)的同時(shí)，將其保存到一個(gè)指...
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孟德?tīng)栯S機(jī)化法（Mendelian randomization method）寫(xiě)在前面：知識(shí)真是越看越多，聰明的人類總能想出各種辦法來(lái)尋找這世界萬(wàn)物中的各種聯(lián)系。文獻(xiàn)中讀到Mendelian randomization method and a Men...
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生信筆記5-GWAS與eQTL引言 GWAS與eQTL都是用于研究基因位點(diǎn)與表型之間關(guān)系的手段，彼此之間存在很多的區(qū)別與聯(lián)系。 GWAS 全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome Wide Association ...
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我是外科醫(yī)生，所以很粗暴的喲！～～<br>歡迎大家關(guān)注微博“醫(yī)學(xué)小蛋散”哦～<br>讓學(xué)醫(yī)快樂(lè)～ <br>記錄行醫(yī)之旅～
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eQTL就那樣～（2）前言 我還未想到這個(gè)專題叫什么...... 暫定“XXX就那樣”？ 6.GTEx數(shù)據(jù)庫(kù)是什么？ “人類GWAS-轉(zhuǎn)錄組-疾病表型補(bǔ)完計(jì)劃”，噢不，基因型-組織表達(dá)計(jì)劃（G...
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一個(gè)暴露對(duì)應(yīng)所有結(jié)局-孟德?tīng)栯S機(jī)化研究發(fā)nature communications大家好，好久不見(jiàn)。休息了一段時(shí)間，同時(shí)去找工作去啦！今天我們來(lái)看一篇難度不高，但是工作量不算小的文章，同時(shí)學(xué)習(xí)一下怎么提升自己孟德?tīng)栯S機(jī)化研究的level。文章：Geneti...
