@嚴思遠 非常感謝你的支持，那篇文章沒刪，只是被簡書鎖定了，說我文章里包含鏈接。我已經(jīng)把鏈接刪除了，希望文章可以早日解封。很高興能幫助到你，一起加油！
暫別簡書，后會有期我不是老師，也不是大神，更不是前輩。我只是個普通的科研工作者，一個只想努力變得更好的人。 來到簡書快3年了，期間寫了不少的筆記。很多的筆記是在疫情嚴重時wfh的時候?qū)懙?。至?..
發(fā)簡信
IP屬地：北京
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暫別簡書，后會有期
我不是老師，也不是大神，更不是前輩。我只是個普通的科研工作者，一個只想努力變得更好的人。 來到簡書快3年了，期間寫了不少的筆記。很多的筆記是在疫情嚴重時wfh的時候?qū)懙?。至?..
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@MonicaYang 在我文章開頭：本篇代碼參考出處里，具體哪篇文章記不住了
WGCNA學習筆記
本篇代碼參考文章:1.生信菜鳥團：一文學會WGCNA分析2.WGCNA（加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡分析）3.WGCNA分析，簡單全面的最新教程4.WGCNA實戰(zhàn)練習5.STEP6:W...
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你可以不加這個篩選標準，根據(jù)你的數(shù)據(jù)。我也只是按照其他教程加的篩選標準
WGCNA學習筆記
本篇代碼參考文章:1.生信菜鳥團：一文學會WGCNA分析2.WGCNA（加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡分析）3.WGCNA分析，簡單全面的最新教程4.WGCNA實戰(zhàn)練習5.STEP6:W...
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https://github.com/alexdobin/STAR/issues/164
比對軟件STAR的使用
在之前的學習和練習里，比對這一步我使用過bowtie2（DNA比對）和hisat2（RNA-seq比對），現(xiàn)在學習另一個很火的軟件：STAR。STAR能夠發(fā)現(xiàn)非典型拼接和嵌合...
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StatQuest-你想很輕松的理解Covariance和Correlation嗎?(Part 2)上一個StatQuest視頻講解了covariance的相關(guān)知識，這一個視頻解釋了correlation的知識點。筆記是根據(jù)視頻整理的，有些截圖并沒有根據(jù)視頻里的順序來放。依...
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StatQuest-你想很輕松的理解Covariance和Correlation嗎?(Part 1)很久沒學習StatQuest了，于是閑暇時間又打開繼續(xù)學習。對于Covariance和Correlation分成了兩個視頻，主講人用了非常非常非常......簡單的例子讓你理...
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洛克菲勒大學2021年生信課2：Introduction to R, session 2上一篇文章是R語言的入門。涉及了一些最最基礎的知識，主要包括R里的幾種數(shù)據(jù)類型。建議R語言零基礎的同學把第一講理解并掌握后，再進行這一講的學習。這一部分主要涉及了R語言中的循...
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洛克菲勒大學2021年生信課1：Introduction to R, session 1R語言零基礎同學看過來了，Rockefeller University最新的生信公開課。因為這個系列的課有PPT，所以我直接把PPT貼上來了，就不自己逐字逐句的打了（我好懶）...
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@牽著一只羊Amy 感謝指出錯誤，已經(jīng)更正
增強子(enhancer)靶向表觀基因組編輯技術(shù)enCRISPRa和enCRISPRi文獻學習
文獻題目：Interrogation of Enhancer Function by Enhancer-Targeting CRISPR Epigenetic Editing...
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需要CUT&RUN實驗的同學請注意：我的這篇筆記里提到的protocol在上周五更新了（https://www.epicypher.com/resources/protocols/cutana-cut-and-run-protocol/）。最新版的protocol里提到對于貼壁細胞，可以用低濃度胰酶進行最短時間消化。原文如下：
EpiCypher has compared different methods of collecting adherent cells for CUT&RUN, including cell scraping, trypsin, and accutase. We analyzed the impact of each method on the cell adsorption rate onto ConA beads, using MCF-7 cells. Based on these optimization experiments, we recommend a very mild trypsin treatment (0.05% trypsin at 37°C, minimal incubation time as optimized for cell type). This method detaches and monodisperses cells, resulting in >95% adsorption onto beads. The cells are collected and pelleted by centrifugation for ~3 min at 600 x g, RT. Proceed directly to the CUT&RUN wash steps. Trypsin is then washed away by subsequent washes that are a standard part of the CUT&RUN protocol.CUT&RUN實驗原理和步驟
這篇筆記是記錄CUT&RUN實驗的具體步驟。因為下周就要做CUT&RUN了，首先就要先熟悉一下實驗步驟。雖然有紙質(zhì)版的protocol，但是老板推薦我去試劑盒官網(wǎng)看一下視頻，...
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如何查詢NCBI里基因信息的所有歷史版本最近更新頻率很慢，因為我忙于課題，沒有很多大塊的時間進行學習。現(xiàn)在深刻的體會到實驗室的氛圍如果很好的話（這里的氛圍指的是同學以及老板），做起實驗來也是充滿動力的，而且心情也會...
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@Bioinfo魚 官網(wǎng)上有寫支持的物種有哪些
使用HINT-ATAC進行ATAC-Seq的footprinting分析
關(guān)于ATAC-seq分析，在網(wǎng)上看到兩篇關(guān)于同一片綜述的翻譯，寫的很好：ATAC-seq數(shù)據(jù)分析工具的比較和推薦（Genome Biology綜述）ATAC-seq生信分析綜...
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@Norman_f578 取交集
如何把從TCGA下載的HTseq count轉(zhuǎn)換成FPKM
如果你下載了TCGA數(shù)據(jù)庫里的count數(shù)據(jù)，想把它轉(zhuǎn)換成FPKM應該怎么做呢？參考文章：１．Htseq Count To Fpkm ２．【原創(chuàng)】R語言實戰(zhàn)：read cou...
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@Cooperstation 組蛋白修飾在不同類型細胞里的基因組分布是不同的。你需要自己做ChIP-seq或者CUT&RUN來鑒定
ChIP-seq實踐(H3K27Ac,enhancer的篩選和enhancer相關(guān)基因的GO分析)
在實踐之前，我先查找了一下有關(guān)組蛋白修飾的知識點：（參考文章：http://www.itdecent.cn/p/8aca72809c5c） 組蛋白修飾能預測染色質(zhì)的類型（異...
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自己用就行，如果要轉(zhuǎn)載是必須說明一下的
關(guān)于簡書筆記的一些想法
在簡書上做筆記已經(jīng)快兩年了，在記錄筆記的過程中自己學到了很多，同時也想把自己看到的知識分享給有同樣需要的人。然而在這個過程中，也讓我見識到了各式各樣的人。有很多同學發(fā)簡信和我...
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關(guān)于簡書筆記的一些想法在簡書上做筆記已經(jīng)快兩年了，在記錄筆記的過程中自己學到了很多，同時也想把自己看到的知識分享給有同樣需要的人。然而在這個過程中，也讓我見識到了各式各樣的人。有很多同學發(fā)簡信和我...
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【Nature Review Cancer】癌癥中染色質(zhì)修飾的“l(fā)anguage”這篇文獻閱讀筆記是一篇綜述筆記，這篇綜述于今年5月17日發(fā)表在Nature Review Cancer上，題目是“The language of chromatin modi...